Ignore:
Timestamp:
Feb 11, 2016, 8:03:36 AM (9 years ago)
Author:
Frederik Heber <heber@…>
Branches:
Action_Thermostats, Add_AtomRandomPerturbation, Add_FitFragmentPartialChargesAction, Add_RotateAroundBondAction, Add_SelectAtomByNameAction, Added_ParseSaveFragmentResults, AddingActions_SaveParseParticleParameters, Adding_Graph_to_ChangeBondActions, Adding_MD_integration_tests, Adding_ParticleName_to_Atom, Adding_StructOpt_integration_tests, AtomFragments, Automaking_mpqc_open, AutomationFragmentation_failures, Candidate_v1.5.4, Candidate_v1.6.0, Candidate_v1.6.1, ChangeBugEmailaddress, ChangingTestPorts, ChemicalSpaceEvaluator, CombiningParticlePotentialParsing, Combining_Subpackages, Debian_Package_split, Debian_package_split_molecuildergui_only, Disabling_MemDebug, Docu_Python_wait, EmpiricalPotential_contain_HomologyGraph, EmpiricalPotential_contain_HomologyGraph_documentation, Enable_parallel_make_install, Enhance_userguide, Enhanced_StructuralOptimization, Enhanced_StructuralOptimization_continued, Example_ManyWaysToTranslateAtom, Exclude_Hydrogens_annealWithBondGraph, FitPartialCharges_GlobalError, Fix_BoundInBox_CenterInBox_MoleculeActions, Fix_ChargeSampling_PBC, Fix_ChronosMutex, Fix_FitPartialCharges, Fix_FitPotential_needs_atomicnumbers, Fix_ForceAnnealing, Fix_IndependentFragmentGrids, Fix_ParseParticles, Fix_ParseParticles_split_forward_backward_Actions, Fix_PopActions, Fix_QtFragmentList_sorted_selection, Fix_Restrictedkeyset_FragmentMolecule, Fix_StatusMsg, Fix_StepWorldTime_single_argument, Fix_Verbose_Codepatterns, Fix_fitting_potentials, Fixes, ForceAnnealing_goodresults, ForceAnnealing_oldresults, ForceAnnealing_tocheck, ForceAnnealing_with_BondGraph, ForceAnnealing_with_BondGraph_continued, ForceAnnealing_with_BondGraph_continued_betteresults, ForceAnnealing_with_BondGraph_contraction-expansion, FragmentAction_writes_AtomFragments, FragmentMolecule_checks_bonddegrees, GeometryObjects, Gui_Fixes, Gui_displays_atomic_force_velocity, ImplicitCharges, IndependentFragmentGrids, IndependentFragmentGrids_IndividualZeroInstances, IndependentFragmentGrids_IntegrationTest, IndependentFragmentGrids_Sole_NN_Calculation, JobMarket_RobustOnKillsSegFaults, JobMarket_StableWorkerPool, JobMarket_unresolvable_hostname_fix, MoreRobust_FragmentAutomation, ODR_violation_mpqc_open, PartialCharges_OrthogonalSummation, PdbParser_setsAtomName, PythonUI_with_named_parameters, QtGui_reactivate_TimeChanged_changes, Recreated_GuiChecks, Rewrite_FitPartialCharges, RotateToPrincipalAxisSystem_UndoRedo, SaturateAtoms_findBestMatching, SaturateAtoms_singleDegree, StoppableMakroAction, Subpackage_CodePatterns, Subpackage_JobMarket, Subpackage_LinearAlgebra, Subpackage_levmar, Subpackage_mpqc_open, Subpackage_vmg, Switchable_LogView, ThirdParty_MPQC_rebuilt_buildsystem, TrajectoryDependenant_MaxOrder, TremoloParser_IncreasedPrecision, TremoloParser_MultipleTimesteps, TremoloParser_setsAtomName, Ubuntu_1604_changes, stable
Children:
cbd409
Parents:
45b45d
git-author:
Frederik Heber <heber@…> (02/08/16 15:47:17)
git-committer:
Frederik Heber <heber@…> (02/11/16 08:03:36)
Message:

FIX: Long-range forces were not added onto atom's forces.

  • this was with highest level forces obtained from fragmentation for the short-range interactions but not for the long-range interactions.
  • TESTS: added additional tests to Fragmentation AnalyseFragmentationResults to compare long-range forces written to tremolo file in the same way as is already done with short-range.
  • TESTFIX: Needed to re-calculate all Fragment result files, did for short-range and both long-range versions. Energies slightly changed and thus also derived values.
File:
1 edited

Legend:

Unmodified
Added
Removed

  • tests/regression/Fragmentation/AnalyseFragmentationResults/post/ShortRange/BondFragment_IndexedEnergy.dat

    r45b45d rd93d2c  
    11index   level   keyset  energy_total_value      energy_nuclear_repulsion_value  energy_electron_coulomb_value   energy_electron_exchange_value  energy_correlation_value        energy_overlap_value    energy_kinetic_value    energy_hcore_value      energy_total_contribution       energy_nuclear_repulsion_contribution   energy_electron_coulomb_contribution    energy_electron_exchange_contribution   energy_correlation_contribution energy_overlap_contribution     energy_kinetic_contribution     energy_hcore_contribution
    2 0       1       {0}     -40.18038993    13.43691297     32.61702034     -6.564735648    0       5       20.10496802     -59.93976181    -40.18038993    13.43691297     32.61702034     -6.564735648    0       5       20.10496802     -59.93976181
    3 1       1       {1}     -40.18037566    13.43284734     32.61287197     -6.564210629    0       5       20.10403717     -59.93497935    -40.18037566    13.43284734     32.61287197     -6.564210629    0       5       20.10403717     -59.93497935
    4 2       1       {6}     -40.18038816    13.43640541     32.61650248     -6.564670102    0       5       20.1048518      -59.93916477    -40.18038816    13.43640541     32.61650248     -6.564670102    0       5       20.1048518      -59.93916477
    5 3       1       {7}     -40.18037566    13.43284739     32.61287198     -6.564210625    0       5       20.10403718     -59.93497938    -40.18037566    13.43284739     32.61287198     -6.564210625    0       5       20.10403718     -59.93497938
    6 4       1       {12}    -40.1803882     13.43640539     32.61650249     -6.564670114    0       5       20.1048518      -59.93916478    -40.1803882     13.43640539     32.61650249     -6.564670114    0       5       20.1048518      -59.93916478
    7 5       1       {13}    -40.18037741    13.4333549      32.61338975     -6.564276169    0       5       20.10415341     -59.93557635    -40.18037741    13.4333549      32.61338975     -6.564276169    0       5       20.10415341     -59.93557635
    8 6       2       {0,1}   -79.19642678    42.35948136     80.10518334     -12.46958252    0       9       39.6529433      -134.2486978    1.164338809     15.48972104     14.87529104     0.6593637551    0       -1      -0.5560619005   -14.37395661
    9 7       2       {1,6}   -79.19642785    42.35875999     80.10443682     -12.46951436    0       9       39.65281877     -134.2478739    1.16433598      15.48950723     14.87506237     0.6593663752    0       -1      -0.556070196    -14.3737298
    10 8       2       {6,7}   -79.19643465    42.34889743     80.09464967     -12.46914677    0       9       39.65205031     -134.2374678    1.164329166     15.47964462     14.8652752      0.6597339595    0       -1      -0.5568386634   -14.36332365
    11 9       2       {7,12}  -79.19642787    42.35876        80.10443681     -12.46951436    0       9       39.65281878     -134.2478739    1.164335984     15.48950723     14.87506234     0.6593663753    0       -1      -0.556070194    -14.37372979
    12 10      2       {12,13} -79.1964268     42.35948134     80.10518329     -12.46958253    0       9       39.6529433      -134.2486978    1.164338811     15.48972106     14.87529105     0.6593637551    0       -1      -0.5560619006   -14.37395663
    13 11      3       {0,1,6} -118.2143337    83.02424587     139.3349982     -18.37392136    0       13      59.20309407     -220.3029223    -0.00185473094  11.73885186     11.73825005     0.0009648831856 0       6.128431096e-14 0.001369177547  -11.74132994
    14 12      3       {1,6,7} -118.2143329    83.00532869     139.3159874     -18.3730179     0       13      59.20137036     -220.2826859    -0.001858588768 11.73407669     11.73340335     0.0009731205293 0       2.220446049e-14 0.001353065623  -11.73650894
    15 13      3       {6,7,12}        -118.2143443    83.00921025     139.3199987     -18.37347761    0       13      59.20217941     -220.2872172    -0.001857447363 11.73440021     11.73378416     0.0009728981725 0       -1.776356839e-15        0.001347497463  -11.73685485
    16 14      3       {7,12,13}       -118.2143223    83.02036394     139.3309866     -18.37346168    0       13      59.20228505     -220.2983906    -0.00185586366  11.73852798     11.73786894     0.0009650996732 0       4.52970994e-14  0.001374760814  -11.7409837
    17 15      4       {0,1,6,7}       -157.2317294    131.5769343     206.4667833     -24.27836282    0       17      78.75319844     -314.2517405    0.0005093680071 7.906119722     7.920234521     -0.0009379134797        0       -1.367794766e-13        0.001552790401  -7.914006271
    18 16      4       {1,6,7,12}      -157.2317328    131.5720127     206.4618851     -24.27828635    0       17      78.75305209     -314.2467242    0.0005098108823 7.90637118      7.92054877      -0.0009376090888        0       4.440892099e-15 0.001552634778  -7.9142889
    19 17      4       {6,7,12,13}     -157.2317294    131.5769339     206.466783      -24.27836283    0       17      78.75319846     -314.2517402    0.0005093666463 7.906119734     7.92023458      -0.0009379106696        0       -9.769962617e-15        0.001552785876  -7.914006304
    20 18      5       {0,1,6,7,12}    -196.249041     186.4739652     279.9482597     -30.18381183    0       21      98.30535286     -414.5490799    8.824046188e-05 6.330346864     6.335578619     -0.0001805574638        0       6.039613254e-14 0.0004726852261 -6.333301028
    21 19      5       {1,6,7,12,13}   -196.2490297    186.4700285     279.9441482     -30.18335192    0       21      98.30454332     -414.5444706    8.813837279e-05 6.330292143     6.33547872      -0.0001803421296        0       -7.016609516e-14        0.0004721795945 -6.333223371
    22 20      6       {0,1,6,7,12,13} -235.2663343    246.4308225     358.49334       -36.08884479    0       25      117.8569475     -519.9077735    3.680050327e-06 5.058841552     5.062817253     3.261021964e-05 0       -2.842170943e-14        0.000103409913  -5.060947278
     20       1       {0}     -40.18036147    13.42971622     32.60967232     -6.563806026    0       5       40.20664348     -119.8625875    -40.18036147    13.42971622     32.60967232     -6.563806026    0       5       40.20664348     -119.8625875
     31       1       {1}     -40.18031854    13.41845579     32.59818007     -6.562351265    0       5       40.2014886      -119.8360917    -40.18031854    13.41845579     32.59818007     -6.562351265    0       5       40.2014886      -119.8360917
     42       1       {6}     -40.1803312     13.42201289     32.60180853     -6.562810804    0       5       40.20311818     -119.84446      -40.1803312     13.42201289     32.60180853     -6.562810804    0       5       40.20311818     -119.84446
     53       1       {7}     -40.1803185     13.41845588     32.59818016     -6.562351255    0       5       40.20148857     -119.8360919    -40.1803185     13.41845588     32.59818016     -6.562351255    0       5       40.20148857     -119.8360919
     64       1       {12}    -40.18033128    13.42201282     32.60180845     -6.562810823    0       5       40.20311822     -119.8444599    -40.18033128    13.42201282     32.60180845     -6.562810823    0       5       40.20311822     -119.8444599
     75       1       {13}    -40.18034886    13.42615865     32.6060428      -6.563346511    0       5       40.20501406     -119.8542179    -40.18034886    13.42615865     32.6060428      -6.563346511    0       5       40.20501406     -119.8542179
     86       2       {0,1}   -79.19640279    42.35109692     80.09647473     -12.46864839    0       9       79.30258465     -268.4779107    1.164277229     15.5029249      14.88862235     0.6575089061    0       -1      -1.105547428    -28.7792315
     97       2       {1,6}   -79.19637998    42.34199091     80.08701909     -12.4676461     0       9       79.29903377     -268.4567776    1.164269756     15.50152222     14.88703049     0.6575159644    0       -1      -1.105573013    -28.7762259
     108       2       {6,7}   -79.19638664    42.33213074     80.07723522     -12.46727851    0       9       79.29749686     -268.435971     1.164263056     15.49166196     14.87724653     0.6578835487    0       -1      -1.107109895    -28.75541909
     119       2       {7,12}  -79.19638001    42.34199092     80.08701908     -12.46764611    0       9       79.29903379     -268.4567777    1.16426976      15.50152222     14.88703047     0.657515964     0       -1      -1.105573005    -28.77622588
     1210      2       {12,13} -79.1964029     42.35109657     80.0964739      -12.46864842    0       9       79.30258479     -268.4779097    1.164277234     15.50292509     14.88862265     0.6575089113    0       -1      -1.10554749     -28.77923193
     1311      3       {0,1,6} -118.2143125    83.0151873      139.3254527     -18.37298898    0       13      118.402889      -440.5848526    -0.001848311344 11.74055527     11.74013899     0.0009542407037 0       2.664535259e-14 0.002759202017  -23.48625601
     1412      3       {1,6,7} -118.2142903    82.98721442     139.2969018     -18.37115307    0       13      118.3961422     -440.5233956    -0.001854899024 11.73510567     11.73445601     0.0009607423546 0       6.128431096e-14 0.002729742771  -23.47510706
     1513      3       {6,7,12}        -118.2143019    82.99109529     139.3009114     -18.37161285    0       13      118.3977606     -440.5324564    -0.001853739315 11.73542951     11.7348373      0.0009605172578 0       4.796163466e-14 0.002718553693  -23.47579963
     1614      3       {7,12,13}       -118.2143011    83.01130572     139.3214419     -18.37252926    0       13      118.4012708     -440.5757902    -0.001849456695 11.74023105     11.73975734     0.000954453969  0       6.572520306e-14 0.002770452113  -23.48556275
     1715      4       {0,1,6,7}       -157.2317086    131.5675554     206.4568128     -24.27743065    0       17      157.5030928     -628.481739     0.0005143010216 7.907144634     7.921477377     -0.0009347001864        0       2.042810365e-14 0.003095372748  -15.83026838
     1816      4       {1,6,7,12}      -157.2316913    131.5532525     206.4419407     -24.27642206    0       17      157.4994962     -628.4499587    0.0005142317274 7.907073501     7.92136274      -0.0009346468824        0       -4.796163466e-14        0.003090212616  -15.83007757
     1917      4       {6,7,12,13}     -157.2317087    131.5675548     206.4568117     -24.27743069    0       17      157.503093      -628.4817375    0.0005143005135 7.907144667     7.921477476     -0.0009346968042        0       1.065814104e-14 0.003095358298  -15.8302685
     2018      5       {0,1,6,7,12}    -196.2490206    186.4643515     279.9379705     -30.18287957    0       21      196.607401      -829.0758639    8.901068766e-05 6.330757958     6.336118709     -0.0001799387414        0       1.305622277e-13 0.0009541740439 -12.66756189
     2119      5       {1,6,7,12,13}   -196.2490092    186.4604151     279.9338598     -30.18241962    0       21      196.6057817     -829.0666463    8.890757371e-05 6.330703195     6.33601879      -0.0001797253492        0       -5.151434834e-14        0.0009531767263 -12.66740653
     2220      6       {0,1,6,7,12,13} -235.2663343    246.4308225     358.49334       -36.08884479    0       25      235.713895      -1039.815547    4.170108639e-06 5.059308401     5.06345045      3.235593111e-05 0       -2.273736754e-13        0.0002084840832 -10.12299552
Note: See TracChangeset for help on using the changeset viewer.