Ignore:
Timestamp:
Jul 23, 2009, 2:21:57 PM (16 years ago)
Author:
Frederik Heber <heber@…>
Children:
c3a303
Parents:
c95b69
Message:

fixed indentation from tabs to two spaces.

File:
1 edited

Legend:

Unmodified
Added
Removed

  • molecuilder/src/config.cpp

    rc95b69 ra048fa  
    163163config::config()
    164164{
    165         mainname = (char *) MallocString(sizeof(char)*MAXSTRINGSIZE,"config constructor: mainname");
    166         defaultpath = (char *) MallocString(sizeof(char)*MAXSTRINGSIZE,"config constructor: defaultpath");
    167         pseudopotpath = (char *) MallocString(sizeof(char)*MAXSTRINGSIZE,"config constructor: pseudopotpath");
     165  mainname = (char *) MallocString(sizeof(char)*MAXSTRINGSIZE,"config constructor: mainname");
     166  defaultpath = (char *) MallocString(sizeof(char)*MAXSTRINGSIZE,"config constructor: defaultpath");
     167  pseudopotpath = (char *) MallocString(sizeof(char)*MAXSTRINGSIZE,"config constructor: pseudopotpath");
    168168  databasepath = (char *) MallocString(sizeof(char)*MAXSTRINGSIZE,"config constructor: databasepath");
    169         configpath = (char *) MallocString(sizeof(char)*MAXSTRINGSIZE,"config constructor: configpath");
    170         configname = (char *) MallocString(sizeof(char)*MAXSTRINGSIZE,"config constructor: configname");
    171         strcpy(mainname,"pcp");
    172         strcpy(defaultpath,"not specified");
    173         strcpy(pseudopotpath,"not specified");
    174         configpath[0]='\0';
    175         configname[0]='\0';
    176         basis = "3-21G";
    177 
    178         FastParsing = false;
    179         ProcPEGamma=8;
    180         ProcPEPsi=1;
    181         DoOutVis=0;
    182         DoOutMes=1;
    183         DoOutNICS=0;
    184         DoOutOrbitals=0;
    185         DoOutCurrent=0;
    186         DoPerturbation=0;
    187         DoFullCurrent=0;
    188         DoWannier=0;
    189         CommonWannier=0;
    190         SawtoothStart=0.01;
    191         VectorPlane=0;
    192         VectorCut=0;
    193         UseAddGramSch=1;
    194         Seed=1;
    195 
    196         MaxOuterStep=0;
    197         Deltat=1;
    198         OutVisStep=10;
    199         OutSrcStep=5;
    200         TargetTemp=0.00095004455;
    201         ScaleTempStep=25;
    202         MaxPsiStep=0;
    203         EpsWannier=1e-7;
    204 
    205         MaxMinStep=100;
    206         RelEpsTotalEnergy=1e-7;
    207         RelEpsKineticEnergy=1e-5;
    208         MaxMinStopStep=1;
    209         MaxMinGapStopStep=0;
    210         MaxInitMinStep=100;
    211         InitRelEpsTotalEnergy=1e-5;
    212         InitRelEpsKineticEnergy=1e-4;
    213         InitMaxMinStopStep=1;
    214         InitMaxMinGapStopStep=0;
    215 
    216         //BoxLength[NDIM*NDIM];
    217 
    218         ECut=128.;
    219         MaxLevel=5;
    220         RiemannTensor=0;
    221         LevRFactor=0;
    222         RiemannLevel=0;
    223         Lev0Factor=2;
    224         RTActualUse=0;
    225         PsiType=0;
    226         MaxPsiDouble=0;
    227         PsiMaxNoUp=0;
    228         PsiMaxNoDown=0;
    229         AddPsis=0;
    230 
    231         RCut=20.;
    232         StructOpt=0;
    233         IsAngstroem=1;
    234         RelativeCoord=0;
    235         MaxTypes=0;
     169  configpath = (char *) MallocString(sizeof(char)*MAXSTRINGSIZE,"config constructor: configpath");
     170  configname = (char *) MallocString(sizeof(char)*MAXSTRINGSIZE,"config constructor: configname");
     171  strcpy(mainname,"pcp");
     172  strcpy(defaultpath,"not specified");
     173  strcpy(pseudopotpath,"not specified");
     174  configpath[0]='\0';
     175  configname[0]='\0';
     176  basis = "3-21G";
     177
     178  FastParsing = false;
     179  ProcPEGamma=8;
     180  ProcPEPsi=1;
     181  DoOutVis=0;
     182  DoOutMes=1;
     183  DoOutNICS=0;
     184  DoOutOrbitals=0;
     185  DoOutCurrent=0;
     186  DoPerturbation=0;
     187  DoFullCurrent=0;
     188  DoWannier=0;
     189  CommonWannier=0;
     190  SawtoothStart=0.01;
     191  VectorPlane=0;
     192  VectorCut=0;
     193  UseAddGramSch=1;
     194  Seed=1;
     195
     196  MaxOuterStep=0;
     197  Deltat=1;
     198  OutVisStep=10;
     199  OutSrcStep=5;
     200  TargetTemp=0.00095004455;
     201  ScaleTempStep=25;
     202  MaxPsiStep=0;
     203  EpsWannier=1e-7;
     204
     205  MaxMinStep=100;
     206  RelEpsTotalEnergy=1e-7;
     207  RelEpsKineticEnergy=1e-5;
     208  MaxMinStopStep=1;
     209  MaxMinGapStopStep=0;
     210  MaxInitMinStep=100;
     211  InitRelEpsTotalEnergy=1e-5;
     212  InitRelEpsKineticEnergy=1e-4;
     213  InitMaxMinStopStep=1;
     214  InitMaxMinGapStopStep=0;
     215
     216  //BoxLength[NDIM*NDIM];
     217
     218  ECut=128.;
     219  MaxLevel=5;
     220  RiemannTensor=0;
     221  LevRFactor=0;
     222  RiemannLevel=0;
     223  Lev0Factor=2;
     224  RTActualUse=0;
     225  PsiType=0;
     226  MaxPsiDouble=0;
     227  PsiMaxNoUp=0;
     228  PsiMaxNoDown=0;
     229  AddPsis=0;
     230
     231  RCut=20.;
     232  StructOpt=0;
     233  IsAngstroem=1;
     234  RelativeCoord=0;
     235  MaxTypes=0;
    236236};
    237237
    … …  
    241241config::~config()
    242242{
    243         Free((void **)&mainname, "config::~config: *mainname");
    244         Free((void **)&defaultpath, "config::~config: *defaultpath");
    245         Free((void **)&pseudopotpath, "config::~config: *pseudopotpath");
     243  Free((void **)&mainname, "config::~config: *mainname");
     244  Free((void **)&defaultpath, "config::~config: *defaultpath");
     245  Free((void **)&pseudopotpath, "config::~config: *pseudopotpath");
    246246  Free((void **)&databasepath, "config::~config: *databasepath");
    247         Free((void **)&configpath, "config::~config: *configpath");
    248         Free((void **)&configname, "config::~config: *configname");
     247  Free((void **)&configpath, "config::~config: *configpath");
     248  Free((void **)&configname, "config::~config: *configname");
    249249};
    250250
    … …  
    255255void config::Edit()
    256256{
    257         char choice;
    258 
    259         do {
    260                 cout << Verbose(0) << "===========EDIT CONFIGURATION============================" << endl;
    261                 cout << Verbose(0) << " A - mainname (prefix for all runtime files)" << endl;
    262                 cout << Verbose(0) << " B - Default path (for runtime files)" << endl;
    263                 cout << Verbose(0) << " C - Path of pseudopotential files" << endl;
    264                 cout << Verbose(0) << " D - Number of coefficient sharing processes" << endl;
    265                 cout << Verbose(0) << " E - Number of wave function sharing processes" << endl;
    266                 cout << Verbose(0) << " F - 0: Don't output density for OpenDX, 1: do" << endl;
    267                 cout << Verbose(0) << " G - 0: Don't output physical data, 1: do" << endl;
    268                 cout << Verbose(0) << " H - 0: Don't output densities of each unperturbed orbital for OpenDX, 1: do" << endl;
    269                 cout << Verbose(0) << " I - 0: Don't output current density for OpenDX, 1: do" << endl;
    270                 cout << Verbose(0) << " J - 0: Don't do the full current calculation, 1: do" << endl;
    271                 cout << Verbose(0) << " K - 0: Don't do perturbation calculation to obtain susceptibility and shielding, 1: do" << endl;
    272                 cout << Verbose(0) << " L - 0: Wannier centres as calculated, 1: common centre for all, 2: unite centres according to spread, 3: cell centre, 4: shifted to nearest grid point" << endl;
    273                 cout << Verbose(0) << " M - Absolute begin of unphysical sawtooth transfer for position operator within cell" << endl;
    274                 cout << Verbose(0) << " N - (0,1,2) x,y,z-plane to do two-dimensional current vector cut" << endl;
    275                 cout << Verbose(0) << " O - Absolute position along vector cut axis for cut plane" << endl;
    276                 cout << Verbose(0) << " P - Additional Gram-Schmidt-Orthonormalization to stabilize numerics" << endl;
    277                 cout << Verbose(0) << " Q - Initial integer value of random number generator" << endl;
    278                 cout << Verbose(0) << " R - for perturbation 0, for structure optimization defines upper limit of iterations" << endl;
    279                 cout << Verbose(0) << " T - Output visual after ...th step" << endl;
    280                 cout << Verbose(0) << " U - Output source densities of wave functions after ...th step" << endl;
    281                 cout << Verbose(0) << " X - minimization iterations per wave function, if unsure leave at default value 0" << endl;
    282                 cout << Verbose(0) << " Y - tolerance value for total spread in iterative Jacobi diagonalization" << endl;
    283                 cout << Verbose(0) << " Z - Maximum number of minimization iterations" << endl;
    284                 cout << Verbose(0) << " a - Relative change in total energy to stop min. iteration" << endl;
    285                 cout << Verbose(0) << " b - Relative change in kinetic energy to stop min. iteration" << endl;
    286                 cout << Verbose(0) << " c - Check stop conditions every ..th step during min. iteration" << endl;
    287                 cout << Verbose(0) << " e - Maximum number of minimization iterations during initial level" << endl;
    288                 cout << Verbose(0) << " f - Relative change in total energy to stop min. iteration during initial level" << endl;
    289                 cout << Verbose(0) << " g - Relative change in kinetic energy to stop min. iteration during initial level" << endl;
    290                 cout << Verbose(0) << " h - Check stop conditions every ..th step during min. iteration during initial level" << endl;
    291 //              cout << Verbose(0) << " j - six lower diagonal entries of matrix, defining the unit cell" << endl;
    292                 cout << Verbose(0) << " k - Energy cutoff of plane wave basis in Hartree" << endl;
    293                 cout << Verbose(0) << " l - Maximum number of levels in multi-level-ansatz" << endl;
    294                 cout << Verbose(0) << " m - Factor by which grid nodes increase between standard and upper level" << endl;
    295                 cout << Verbose(0) << " n - 0: Don't use RiemannTensor, 1: Do" << endl;
    296                 cout << Verbose(0) << " o - Factor by which grid nodes increase between Riemann and standard(?) level" << endl;
    297                 cout << Verbose(0) << " p - Number of Riemann levels" << endl;
    298                 cout << Verbose(0) << " r - 0: Don't Use RiemannTensor, 1: Do" << endl;
    299                 cout << Verbose(0) << " s - 0: Doubly occupied orbitals, 1: Up-/Down-Orbitals" << endl;
    300                 cout << Verbose(0) << " t - Number of orbitals (depends pn SpinType)" << endl;
    301                 cout << Verbose(0) << " u - Number of SpinUp orbitals (depends on SpinType)" << endl;
    302                 cout << Verbose(0) << " v - Number of SpinDown orbitals (depends on SpinType)" << endl;
    303                 cout << Verbose(0) << " w - Number of additional, unoccupied orbitals" << endl;
    304                 cout << Verbose(0) << " x - radial cutoff for ewald summation in Bohrradii" << endl;
    305                 cout << Verbose(0) << " y - 0: Don't do structure optimization beforehand, 1: Do" << endl;
    306                 cout << Verbose(0) << " z - 0: Units are in Bohr radii, 1: units are in Aengstrom" << endl;
    307                 cout << Verbose(0) << " i - 0: Coordinates given in file are absolute, 1: ... are relative to unit cell" << endl;
    308                 cout << Verbose(0) << "=========================================================" << endl;
    309                 cout << Verbose(0) << "INPUT: ";
    310                 cin >> choice;
    311 
    312                 switch (choice) {
    313                                 case 'A': // mainname
    314                                         cout << Verbose(0) << "Old: " << config::mainname << "\t new: ";
    315                                         cin >> config::mainname;
    316                                         break;
    317                                 case 'B': // defaultpath
    318                                         cout << Verbose(0) << "Old: " << config::defaultpath << "\t new: ";
    319                                         cin >> config::defaultpath;
    320                                         break;
    321                                 case 'C': // pseudopotpath
    322                                         cout << Verbose(0) << "Old: " << config::pseudopotpath << "\t new: ";
    323                                         cin >> config::pseudopotpath;
    324                                         break;
    325 
    326                                 case 'D': // ProcPEGamma
    327                                         cout << Verbose(0) << "Old: " << config::ProcPEGamma << "\t new: ";
    328                                         cin >> config::ProcPEGamma;
    329                                         break;
    330                                 case 'E': // ProcPEPsi
    331                                         cout << Verbose(0) << "Old: " << config::ProcPEPsi << "\t new: ";
    332                                         cin >> config::ProcPEPsi;
    333                                         break;
    334                                 case 'F': // DoOutVis
    335                                         cout << Verbose(0) << "Old: " << config::DoOutVis << "\t new: ";
    336                                         cin >> config::DoOutVis;
    337                                         break;
    338                                 case 'G': // DoOutMes
    339                                         cout << Verbose(0) << "Old: " << config::DoOutMes << "\t new: ";
    340                                         cin >> config::DoOutMes;
    341                                         break;
    342                                 case 'H': // DoOutOrbitals
    343                                         cout << Verbose(0) << "Old: " << config::DoOutOrbitals << "\t new: ";
    344                                         cin >> config::DoOutOrbitals;
    345                                         break;
    346                                 case 'I': // DoOutCurrent
    347                                         cout << Verbose(0) << "Old: " << config::DoOutCurrent << "\t new: ";
    348                                         cin >> config::DoOutCurrent;
    349                                         break;
    350                                 case 'J': // DoFullCurrent
    351                                         cout << Verbose(0) << "Old: " << config::DoFullCurrent << "\t new: ";
    352                                         cin >> config::DoFullCurrent;
    353                                         break;
    354                                 case 'K': // DoPerturbation
    355                                         cout << Verbose(0) << "Old: " << config::DoPerturbation << "\t new: ";
    356                                         cin >> config::DoPerturbation;
    357                                         break;
    358                                 case 'L': // CommonWannier
    359                                         cout << Verbose(0) << "Old: " << config::CommonWannier << "\t new: ";
    360                                         cin >> config::CommonWannier;
    361                                         break;
    362                                 case 'M': // SawtoothStart
    363                                         cout << Verbose(0) << "Old: " << config::SawtoothStart << "\t new: ";
    364                                         cin >> config::SawtoothStart;
    365                                         break;
    366                                 case 'N': // VectorPlane
    367                                         cout << Verbose(0) << "Old: " << config::VectorPlane << "\t new: ";
    368                                         cin >> config::VectorPlane;
    369                                         break;
    370                                 case 'O': // VectorCut
    371                                         cout << Verbose(0) << "Old: " << config::VectorCut << "\t new: ";
    372                                         cin >> config::VectorCut;
    373                                         break;
    374                                 case 'P': // UseAddGramSch
    375                                         cout << Verbose(0) << "Old: " << config::UseAddGramSch << "\t new: ";
    376                                         cin >> config::UseAddGramSch;
    377                                         break;
    378                                 case 'Q': // Seed
    379                                         cout << Verbose(0) << "Old: " << config::Seed << "\t new: ";
    380                                         cin >> config::Seed;
    381                                         break;
    382 
    383                                 case 'R': // MaxOuterStep
    384                                         cout << Verbose(0) << "Old: " << config::MaxOuterStep << "\t new: ";
    385                                         cin >> config::MaxOuterStep;
    386                                         break;
    387                                 case 'T': // OutVisStep
    388                                         cout << Verbose(0) << "Old: " << config::OutVisStep << "\t new: ";
    389                                         cin >> config::OutVisStep;
    390                                         break;
    391                                 case 'U': // OutSrcStep
    392                                         cout << Verbose(0) << "Old: " << config::OutSrcStep << "\t new: ";
    393                                         cin >> config::OutSrcStep;
    394                                         break;
    395                                 case 'X': // MaxPsiStep
    396                                         cout << Verbose(0) << "Old: " << config::MaxPsiStep << "\t new: ";
    397                                         cin >> config::MaxPsiStep;
    398                                         break;
    399                                 case 'Y': // EpsWannier
    400                                         cout << Verbose(0) << "Old: " << config::EpsWannier << "\t new: ";
    401                                         cin >> config::EpsWannier;
    402                                         break;
    403 
    404                                 case 'Z': // MaxMinStep
    405                                         cout << Verbose(0) << "Old: " << config::MaxMinStep << "\t new: ";
    406                                         cin >> config::MaxMinStep;
    407                                         break;
    408                                 case 'a': // RelEpsTotalEnergy
    409                                         cout << Verbose(0) << "Old: " << config::RelEpsTotalEnergy << "\t new: ";
    410                                         cin >> config::RelEpsTotalEnergy;
    411                                         break;
    412                                 case 'b': // RelEpsKineticEnergy
    413                                         cout << Verbose(0) << "Old: " << config::RelEpsKineticEnergy << "\t new: ";
    414                                         cin >> config::RelEpsKineticEnergy;
    415                                         break;
    416                                 case 'c': // MaxMinStopStep
    417                                         cout << Verbose(0) << "Old: " << config::MaxMinStopStep << "\t new: ";
    418                                         cin >> config::MaxMinStopStep;
    419                                         break;
    420                                 case 'e': // MaxInitMinStep
    421                                         cout << Verbose(0) << "Old: " << config::MaxInitMinStep << "\t new: ";
    422                                         cin >> config::MaxInitMinStep;
    423                                         break;
    424                                 case 'f': // InitRelEpsTotalEnergy
    425                                         cout << Verbose(0) << "Old: " << config::InitRelEpsTotalEnergy << "\t new: ";
    426                                         cin >> config::InitRelEpsTotalEnergy;
    427                                         break;
    428                                 case 'g': // InitRelEpsKineticEnergy
    429                                         cout << Verbose(0) << "Old: " << config::InitRelEpsKineticEnergy << "\t new: ";
    430                                         cin >> config::InitRelEpsKineticEnergy;
    431                                         break;
    432                                 case 'h': // InitMaxMinStopStep
    433                                         cout << Verbose(0) << "Old: " << config::InitMaxMinStopStep << "\t new: ";
    434                                         cin >> config::InitMaxMinStopStep;
    435                                         break;
    436 
    437 //                              case 'j': // BoxLength
    438 //                                      cout << Verbose(0) << "enter lower triadiagonalo form of basis matrix" << endl << endl;
    439 //                                      for (int i=0;i<6;i++) {
    440 //                                              cout << Verbose(0) << "Cell size" << i << ": ";
    441 //                                              cin >> mol->cell_size[i];
    442 //                                      }
    443 //                                      break;
    444 
    445                                 case 'k': // ECut
    446                                         cout << Verbose(0) << "Old: " << config::ECut << "\t new: ";
    447                                         cin >> config::ECut;
    448                                         break;
    449                                 case 'l': // MaxLevel
    450                                         cout << Verbose(0) << "Old: " << config::MaxLevel << "\t new: ";
    451                                         cin >> config::MaxLevel;
    452                                         break;
    453                                 case 'm': // RiemannTensor
    454                                         cout << Verbose(0) << "Old: " << config::RiemannTensor << "\t new: ";
    455                                         cin >> config::RiemannTensor;
    456                                         break;
    457                                 case 'n': // LevRFactor
    458                                         cout << Verbose(0) << "Old: " << config::LevRFactor << "\t new: ";
    459                                         cin >> config::LevRFactor;
    460                                         break;
    461                                 case 'o': // RiemannLevel
    462                                         cout << Verbose(0) << "Old: " << config::RiemannLevel << "\t new: ";
    463                                         cin >> config::RiemannLevel;
    464                                         break;
    465                                 case 'p': // Lev0Factor
    466                                         cout << Verbose(0) << "Old: " << config::Lev0Factor << "\t new: ";
    467                                         cin >> config::Lev0Factor;
    468                                         break;
    469                                 case 'r': // RTActualUse
    470                                         cout << Verbose(0) << "Old: " << config::RTActualUse << "\t new: ";
    471                                         cin >> config::RTActualUse;
    472                                         break;
    473                                 case 's': // PsiType
    474                                         cout << Verbose(0) << "Old: " << config::PsiType << "\t new: ";
    475                                         cin >> config::PsiType;
    476                                         break;
    477                                 case 't': // MaxPsiDouble
    478                                         cout << Verbose(0) << "Old: " << config::MaxPsiDouble << "\t new: ";
    479                                         cin >> config::MaxPsiDouble;
    480                                         break;
    481                                 case 'u': // PsiMaxNoUp
    482                                         cout << Verbose(0) << "Old: " << config::PsiMaxNoUp << "\t new: ";
    483                                         cin >> config::PsiMaxNoUp;
    484                                         break;
    485                                 case 'v': // PsiMaxNoDown
    486                                         cout << Verbose(0) << "Old: " << config::PsiMaxNoDown << "\t new: ";
    487                                         cin >> config::PsiMaxNoDown;
    488                                         break;
    489                                 case 'w': // AddPsis
    490                                         cout << Verbose(0) << "Old: " << config::AddPsis << "\t new: ";
    491                                         cin >> config::AddPsis;
    492                                         break;
    493 
    494                                 case 'x': // RCut
    495                                         cout << Verbose(0) << "Old: " << config::RCut << "\t new: ";
    496                                         cin >> config::RCut;
    497                                         break;
    498                                 case 'y': // StructOpt
    499                                         cout << Verbose(0) << "Old: " << config::StructOpt << "\t new: ";
    500                                         cin >> config::StructOpt;
    501                                         break;
    502                                 case 'z': // IsAngstroem
    503                                         cout << Verbose(0) << "Old: " << config::IsAngstroem << "\t new: ";
    504                                         cin >> config::IsAngstroem;
    505                                         break;
    506                                 case 'i': // RelativeCoord
    507                                         cout << Verbose(0) << "Old: " << config::RelativeCoord << "\t new: ";
    508                                         cin >> config::RelativeCoord;
    509                                         break;
    510                 };
    511         } while (choice != 'q');
     257  char choice;
     258
     259  do {
     260    cout << Verbose(0) << "===========EDIT CONFIGURATION============================" << endl;
     261    cout << Verbose(0) << " A - mainname (prefix for all runtime files)" << endl;
     262    cout << Verbose(0) << " B - Default path (for runtime files)" << endl;
     263    cout << Verbose(0) << " C - Path of pseudopotential files" << endl;
     264    cout << Verbose(0) << " D - Number of coefficient sharing processes" << endl;
     265    cout << Verbose(0) << " E - Number of wave function sharing processes" << endl;
     266    cout << Verbose(0) << " F - 0: Don't output density for OpenDX, 1: do" << endl;
     267    cout << Verbose(0) << " G - 0: Don't output physical data, 1: do" << endl;
     268    cout << Verbose(0) << " H - 0: Don't output densities of each unperturbed orbital for OpenDX, 1: do" << endl;
     269    cout << Verbose(0) << " I - 0: Don't output current density for OpenDX, 1: do" << endl;
     270    cout << Verbose(0) << " J - 0: Don't do the full current calculation, 1: do" << endl;
     271    cout << Verbose(0) << " K - 0: Don't do perturbation calculation to obtain susceptibility and shielding, 1: do" << endl;
     272    cout << Verbose(0) << " L - 0: Wannier centres as calculated, 1: common centre for all, 2: unite centres according to spread, 3: cell centre, 4: shifted to nearest grid point" << endl;
     273    cout << Verbose(0) << " M - Absolute begin of unphysical sawtooth transfer for position operator within cell" << endl;
     274    cout << Verbose(0) << " N - (0,1,2) x,y,z-plane to do two-dimensional current vector cut" << endl;
     275    cout << Verbose(0) << " O - Absolute position along vector cut axis for cut plane" << endl;
     276    cout << Verbose(0) << " P - Additional Gram-Schmidt-Orthonormalization to stabilize numerics" << endl;
     277    cout << Verbose(0) << " Q - Initial integer value of random number generator" << endl;
     278    cout << Verbose(0) << " R - for perturbation 0, for structure optimization defines upper limit of iterations" << endl;
     279    cout << Verbose(0) << " T - Output visual after ...th step" << endl;
     280    cout << Verbose(0) << " U - Output source densities of wave functions after ...th step" << endl;
     281    cout << Verbose(0) << " X - minimization iterations per wave function, if unsure leave at default value 0" << endl;
     282    cout << Verbose(0) << " Y - tolerance value for total spread in iterative Jacobi diagonalization" << endl;
     283    cout << Verbose(0) << " Z - Maximum number of minimization iterations" << endl;
     284    cout << Verbose(0) << " a - Relative change in total energy to stop min. iteration" << endl;
     285    cout << Verbose(0) << " b - Relative change in kinetic energy to stop min. iteration" << endl;
     286    cout << Verbose(0) << " c - Check stop conditions every ..th step during min. iteration" << endl;
     287    cout << Verbose(0) << " e - Maximum number of minimization iterations during initial level" << endl;
     288    cout << Verbose(0) << " f - Relative change in total energy to stop min. iteration during initial level" << endl;
     289    cout << Verbose(0) << " g - Relative change in kinetic energy to stop min. iteration during initial level" << endl;
     290    cout << Verbose(0) << " h - Check stop conditions every ..th step during min. iteration during initial level" << endl;
     291//    cout << Verbose(0) << " j - six lower diagonal entries of matrix, defining the unit cell" << endl;
     292    cout << Verbose(0) << " k - Energy cutoff of plane wave basis in Hartree" << endl;
     293    cout << Verbose(0) << " l - Maximum number of levels in multi-level-ansatz" << endl;
     294    cout << Verbose(0) << " m - Factor by which grid nodes increase between standard and upper level" << endl;
     295    cout << Verbose(0) << " n - 0: Don't use RiemannTensor, 1: Do" << endl;
     296    cout << Verbose(0) << " o - Factor by which grid nodes increase between Riemann and standard(?) level" << endl;
     297    cout << Verbose(0) << " p - Number of Riemann levels" << endl;
     298    cout << Verbose(0) << " r - 0: Don't Use RiemannTensor, 1: Do" << endl;
     299    cout << Verbose(0) << " s - 0: Doubly occupied orbitals, 1: Up-/Down-Orbitals" << endl;
     300    cout << Verbose(0) << " t - Number of orbitals (depends pn SpinType)" << endl;
     301    cout << Verbose(0) << " u - Number of SpinUp orbitals (depends on SpinType)" << endl;
     302    cout << Verbose(0) << " v - Number of SpinDown orbitals (depends on SpinType)" << endl;
     303    cout << Verbose(0) << " w - Number of additional, unoccupied orbitals" << endl;
     304    cout << Verbose(0) << " x - radial cutoff for ewald summation in Bohrradii" << endl;
     305    cout << Verbose(0) << " y - 0: Don't do structure optimization beforehand, 1: Do" << endl;
     306    cout << Verbose(0) << " z - 0: Units are in Bohr radii, 1: units are in Aengstrom" << endl;
     307    cout << Verbose(0) << " i - 0: Coordinates given in file are absolute, 1: ... are relative to unit cell" << endl;
     308    cout << Verbose(0) << "=========================================================" << endl;
     309    cout << Verbose(0) << "INPUT: ";
     310    cin >> choice;
     311
     312    switch (choice) {
     313        case 'A': // mainname
     314          cout << Verbose(0) << "Old: " << config::mainname << "\t new: ";
     315          cin >> config::mainname;
     316          break;
     317        case 'B': // defaultpath
     318          cout << Verbose(0) << "Old: " << config::defaultpath << "\t new: ";
     319          cin >> config::defaultpath;
     320          break;
     321        case 'C': // pseudopotpath
     322          cout << Verbose(0) << "Old: " << config::pseudopotpath << "\t new: ";
     323          cin >> config::pseudopotpath;
     324          break;
     325
     326        case 'D': // ProcPEGamma
     327          cout << Verbose(0) << "Old: " << config::ProcPEGamma << "\t new: ";
     328          cin >> config::ProcPEGamma;
     329          break;
     330        case 'E': // ProcPEPsi
     331          cout << Verbose(0) << "Old: " << config::ProcPEPsi << "\t new: ";
     332          cin >> config::ProcPEPsi;
     333          break;
     334        case 'F': // DoOutVis
     335          cout << Verbose(0) << "Old: " << config::DoOutVis << "\t new: ";
     336          cin >> config::DoOutVis;
     337          break;
     338        case 'G': // DoOutMes
     339          cout << Verbose(0) << "Old: " << config::DoOutMes << "\t new: ";
     340          cin >> config::DoOutMes;
     341          break;
     342        case 'H': // DoOutOrbitals
     343          cout << Verbose(0) << "Old: " << config::DoOutOrbitals << "\t new: ";
     344          cin >> config::DoOutOrbitals;
     345          break;
     346        case 'I': // DoOutCurrent
     347          cout << Verbose(0) << "Old: " << config::DoOutCurrent << "\t new: ";
     348          cin >> config::DoOutCurrent;
     349          break;
     350        case 'J': // DoFullCurrent
     351          cout << Verbose(0) << "Old: " << config::DoFullCurrent << "\t new: ";
     352          cin >> config::DoFullCurrent;
     353          break;
     354        case 'K': // DoPerturbation
     355          cout << Verbose(0) << "Old: " << config::DoPerturbation << "\t new: ";
     356          cin >> config::DoPerturbation;
     357          break;
     358        case 'L': // CommonWannier
     359          cout << Verbose(0) << "Old: " << config::CommonWannier << "\t new: ";
     360          cin >> config::CommonWannier;
     361          break;
     362        case 'M': // SawtoothStart
     363          cout << Verbose(0) << "Old: " << config::SawtoothStart << "\t new: ";
     364          cin >> config::SawtoothStart;
     365          break;
     366        case 'N': // VectorPlane
     367          cout << Verbose(0) << "Old: " << config::VectorPlane << "\t new: ";
     368          cin >> config::VectorPlane;
     369          break;
     370        case 'O': // VectorCut
     371          cout << Verbose(0) << "Old: " << config::VectorCut << "\t new: ";
     372          cin >> config::VectorCut;
     373          break;
     374        case 'P': // UseAddGramSch
     375          cout << Verbose(0) << "Old: " << config::UseAddGramSch << "\t new: ";
     376          cin >> config::UseAddGramSch;
     377          break;
     378        case 'Q': // Seed
     379          cout << Verbose(0) << "Old: " << config::Seed << "\t new: ";
     380          cin >> config::Seed;
     381          break;
     382
     383        case 'R': // MaxOuterStep
     384          cout << Verbose(0) << "Old: " << config::MaxOuterStep << "\t new: ";
     385          cin >> config::MaxOuterStep;
     386          break;
     387        case 'T': // OutVisStep
     388          cout << Verbose(0) << "Old: " << config::OutVisStep << "\t new: ";
     389          cin >> config::OutVisStep;
     390          break;
     391        case 'U': // OutSrcStep
     392          cout << Verbose(0) << "Old: " << config::OutSrcStep << "\t new: ";
     393          cin >> config::OutSrcStep;
     394          break;
     395        case 'X': // MaxPsiStep
     396          cout << Verbose(0) << "Old: " << config::MaxPsiStep << "\t new: ";
     397          cin >> config::MaxPsiStep;
     398          break;
     399        case 'Y': // EpsWannier
     400          cout << Verbose(0) << "Old: " << config::EpsWannier << "\t new: ";
     401          cin >> config::EpsWannier;
     402          break;
     403
     404        case 'Z': // MaxMinStep
     405          cout << Verbose(0) << "Old: " << config::MaxMinStep << "\t new: ";
     406          cin >> config::MaxMinStep;
     407          break;
     408        case 'a': // RelEpsTotalEnergy
     409          cout << Verbose(0) << "Old: " << config::RelEpsTotalEnergy << "\t new: ";
     410          cin >> config::RelEpsTotalEnergy;
     411          break;
     412        case 'b': // RelEpsKineticEnergy
     413          cout << Verbose(0) << "Old: " << config::RelEpsKineticEnergy << "\t new: ";
     414          cin >> config::RelEpsKineticEnergy;
     415          break;
     416        case 'c': // MaxMinStopStep
     417          cout << Verbose(0) << "Old: " << config::MaxMinStopStep << "\t new: ";
     418          cin >> config::MaxMinStopStep;
     419          break;
     420        case 'e': // MaxInitMinStep
     421          cout << Verbose(0) << "Old: " << config::MaxInitMinStep << "\t new: ";
     422          cin >> config::MaxInitMinStep;
     423          break;
     424        case 'f': // InitRelEpsTotalEnergy
     425          cout << Verbose(0) << "Old: " << config::InitRelEpsTotalEnergy << "\t new: ";
     426          cin >> config::InitRelEpsTotalEnergy;
     427          break;
     428        case 'g': // InitRelEpsKineticEnergy
     429          cout << Verbose(0) << "Old: " << config::InitRelEpsKineticEnergy << "\t new: ";
     430          cin >> config::InitRelEpsKineticEnergy;
     431          break;
     432        case 'h': // InitMaxMinStopStep
     433          cout << Verbose(0) << "Old: " << config::InitMaxMinStopStep << "\t new: ";
     434          cin >> config::InitMaxMinStopStep;
     435          break;
     436
     437//        case 'j': // BoxLength
     438//          cout << Verbose(0) << "enter lower triadiagonalo form of basis matrix" << endl << endl;
     439//          for (int i=0;i<6;i++) {
     440//            cout << Verbose(0) << "Cell size" << i << ": ";
     441//            cin >> mol->cell_size[i];
     442//          }
     443//          break;
     444
     445        case 'k': // ECut
     446          cout << Verbose(0) << "Old: " << config::ECut << "\t new: ";
     447          cin >> config::ECut;
     448          break;
     449        case 'l': // MaxLevel
     450          cout << Verbose(0) << "Old: " << config::MaxLevel << "\t new: ";
     451          cin >> config::MaxLevel;
     452          break;
     453        case 'm': // RiemannTensor
     454          cout << Verbose(0) << "Old: " << config::RiemannTensor << "\t new: ";
     455          cin >> config::RiemannTensor;
     456          break;
     457        case 'n': // LevRFactor
     458          cout << Verbose(0) << "Old: " << config::LevRFactor << "\t new: ";
     459          cin >> config::LevRFactor;
     460          break;
     461        case 'o': // RiemannLevel
     462          cout << Verbose(0) << "Old: " << config::RiemannLevel << "\t new: ";
     463          cin >> config::RiemannLevel;
     464          break;
     465        case 'p': // Lev0Factor
     466          cout << Verbose(0) << "Old: " << config::Lev0Factor << "\t new: ";
     467          cin >> config::Lev0Factor;
     468          break;
     469        case 'r': // RTActualUse
     470          cout << Verbose(0) << "Old: " << config::RTActualUse << "\t new: ";
     471          cin >> config::RTActualUse;
     472          break;
     473        case 's': // PsiType
     474          cout << Verbose(0) << "Old: " << config::PsiType << "\t new: ";
     475          cin >> config::PsiType;
     476          break;
     477        case 't': // MaxPsiDouble
     478          cout << Verbose(0) << "Old: " << config::MaxPsiDouble << "\t new: ";
     479          cin >> config::MaxPsiDouble;
     480          break;
     481        case 'u': // PsiMaxNoUp
     482          cout << Verbose(0) << "Old: " << config::PsiMaxNoUp << "\t new: ";
     483          cin >> config::PsiMaxNoUp;
     484          break;
     485        case 'v': // PsiMaxNoDown
     486          cout << Verbose(0) << "Old: " << config::PsiMaxNoDown << "\t new: ";
     487          cin >> config::PsiMaxNoDown;
     488          break;
     489        case 'w': // AddPsis
     490          cout << Verbose(0) << "Old: " << config::AddPsis << "\t new: ";
     491          cin >> config::AddPsis;
     492          break;
     493
     494        case 'x': // RCut
     495          cout << Verbose(0) << "Old: " << config::RCut << "\t new: ";
     496          cin >> config::RCut;
     497          break;
     498        case 'y': // StructOpt
     499          cout << Verbose(0) << "Old: " << config::StructOpt << "\t new: ";
     500          cin >> config::StructOpt;
     501          break;
     502        case 'z': // IsAngstroem
     503          cout << Verbose(0) << "Old: " << config::IsAngstroem << "\t new: ";
     504          cin >> config::IsAngstroem;
     505          break;
     506        case 'i': // RelativeCoord
     507          cout << Verbose(0) << "Old: " << config::RelativeCoord << "\t new: ";
     508          cin >> config::RelativeCoord;
     509          break;
     510    };
     511  } while (choice != 'q');
    512512};
    513513
    … …  
    520520int config::TestSyntax(char *filename, periodentafel *periode, molecule *mol)
    521521{
    522         int test;
    523         ifstream file(filename);
    524 
    525         // search file for keyword: ProcPEGamma (new syntax)
    526         if (ParseForParameter(1,&file,"ProcPEGamma", 0, 1, 1, int_type, &test, 1, optional)) {
    527                 file.close();
    528                 return 1;
    529         }
    530         // search file for keyword: ProcsGammaPsi (old syntax)
    531         if (ParseForParameter(1,&file,"ProcsGammaPsi", 0, 1, 1, int_type, &test, 1, optional)) {
    532                 file.close();
    533                 return 0;
    534         }
    535         file.close();
    536         return -1;
     522  int test;
     523  ifstream file(filename);
     524
     525  // search file for keyword: ProcPEGamma (new syntax)
     526  if (ParseForParameter(1,&file,"ProcPEGamma", 0, 1, 1, int_type, &test, 1, optional)) {
     527    file.close();
     528    return 1;
     529  }
     530  // search file for keyword: ProcsGammaPsi (old syntax)
     531  if (ParseForParameter(1,&file,"ProcsGammaPsi", 0, 1, 1, int_type, &test, 1, optional)) {
     532    file.close();
     533    return 0;
     534  }
     535  file.close();
     536  return -1;
    537537}
    538538
    … …  
    542542bool config::GetIsAngstroem() const
    543543{
    544         return (IsAngstroem == 1);
     544  return (IsAngstroem == 1);
    545545};
    546546
    … …  
    550550char * config::GetDefaultPath() const
    551551{
    552         return defaultpath;
     552  return defaultpath;
    553553};
    554554
    … …  
    559559void config::SetDefaultPath(const char *path)
    560560{
    561         strcpy(defaultpath, path);
     561  strcpy(defaultpath, path);
    562562};
    563563
    … …  
    567567void config::RetrieveConfigPathAndName(string filename)
    568568{
    569         char *ptr = NULL;
    570         char *buffer = new char[MAXSTRINGSIZE];
    571         strncpy(buffer, filename.c_str(), MAXSTRINGSIZE);
    572         int last = -1;
    573         for(last=MAXSTRINGSIZE;last--;) {
    574                 if (buffer[last] == '/')
    575                         break;
    576         }
    577         if (last == -1) { // no path in front, set to local directory.
    578                 strcpy(configpath, "./");
    579                 ptr = buffer;
    580         } else {
    581                 strncpy(configpath, buffer, last+1);
    582                 ptr = &buffer[last+1];
    583                 if (last < 254)
    584                         configpath[last+1]='\0';
    585         }
    586         strcpy(configname, ptr);
    587         cout << "Found configpath: " << configpath << ", dir slash was found at " << last << ", config name is " << configname << "." << endl;
    588         delete[](buffer);
     569  char *ptr = NULL;
     570  char *buffer = new char[MAXSTRINGSIZE];
     571  strncpy(buffer, filename.c_str(), MAXSTRINGSIZE);
     572  int last = -1;
     573  for(last=MAXSTRINGSIZE;last--;) {
     574    if (buffer[last] == '/')
     575      break;
     576  }
     577  if (last == -1) { // no path in front, set to local directory.
     578    strcpy(configpath, "./");
     579    ptr = buffer;
     580  } else {
     581    strncpy(configpath, buffer, last+1);
     582    ptr = &buffer[last+1];
     583    if (last < 254)
     584      configpath[last+1]='\0';
     585  }
     586  strcpy(configname, ptr);
     587  cout << "Found configpath: " << configpath << ", dir slash was found at " << last << ", config name is " << configname << "." << endl;
     588  delete[](buffer);
    589589};
    590590
    … …  
    597597void config::Load(char *filename, periodentafel *periode, molecule *mol)
    598598{
    599         RetrieveConfigPathAndName(filename);
    600 
    601         // ParseParameterFile
     599  RetrieveConfigPathAndName(filename);
     600
     601  // ParseParameterFile
    602602  struct ConfigFileBuffer *FileBuffer = new ConfigFileBuffer(filename);
    603         FileBuffer->InitMapping();
    604 
    605         /* Oeffne Hauptparameterdatei */
    606         int di;
    607         double BoxLength[9];
    608         string zeile;
    609         string dummy;
    610         element *elementhash[MAX_ELEMENTS];
    611         char name[MAX_ELEMENTS];
    612         char keyword[MAX_ELEMENTS];
    613         int Z, No[MAX_ELEMENTS];
    614         int verbose = 0;
    615         double value[3];
    616 
    617         /* Namen einlesen */
    618 
    619         ParseForParameter(verbose,FileBuffer, "mainname", 0, 1, 1, string_type, (config::mainname), 1, critical);
    620         ParseForParameter(verbose,FileBuffer, "defaultpath", 0, 1, 1, string_type, (config::defaultpath), 1, critical);
    621         ParseForParameter(verbose,FileBuffer, "pseudopotpath", 0, 1, 1, string_type, (config::pseudopotpath), 1, critical);
    622         ParseForParameter(verbose,FileBuffer,"ProcPEGamma", 0, 1, 1, int_type, &(config::ProcPEGamma), 1, critical);
    623         ParseForParameter(verbose,FileBuffer,"ProcPEPsi", 0, 1, 1, int_type, &(config::ProcPEPsi), 1, critical);
    624 
    625         if (!ParseForParameter(verbose,FileBuffer,"Seed", 0, 1, 1, int_type, &(config::Seed), 1, optional))
    626                 config::Seed = 1;
    627 
    628         if(!ParseForParameter(verbose,FileBuffer,"DoOutOrbitals", 0, 1, 1, int_type, &(config::DoOutOrbitals), 1, optional)) {
    629                 config::DoOutOrbitals = 0;
    630         } else {
    631                 if (config::DoOutOrbitals < 0) config::DoOutOrbitals = 0;
    632                 if (config::DoOutOrbitals > 1) config::DoOutOrbitals = 1;
    633         }
    634         ParseForParameter(verbose,FileBuffer,"DoOutVis", 0, 1, 1, int_type, &(config::DoOutVis), 1, critical);
    635         if (config::DoOutVis < 0) config::DoOutVis = 0;
    636         if (config::DoOutVis > 1) config::DoOutVis = 1;
    637         if (!ParseForParameter(verbose,FileBuffer,"VectorPlane", 0, 1, 1, int_type, &(config::VectorPlane), 1, optional))
    638                 config::VectorPlane = -1;
    639         if (!ParseForParameter(verbose,FileBuffer,"VectorCut", 0, 1, 1, double_type, &(config::VectorCut), 1, optional))
    640                 config::VectorCut = 0.;
    641         ParseForParameter(verbose,FileBuffer,"DoOutMes", 0, 1, 1, int_type, &(config::DoOutMes), 1, critical);
    642         if (config::DoOutMes < 0) config::DoOutMes = 0;
    643         if (config::DoOutMes > 1) config::DoOutMes = 1;
    644         if (!ParseForParameter(verbose,FileBuffer,"DoOutCurr", 0, 1, 1, int_type, &(config::DoOutCurrent), 1, optional))
    645                 config::DoOutCurrent = 0;
    646         if (config::DoOutCurrent < 0) config::DoOutCurrent = 0;
    647         if (config::DoOutCurrent > 1) config::DoOutCurrent = 1;
    648         ParseForParameter(verbose,FileBuffer,"AddGramSch", 0, 1, 1, int_type, &(config::UseAddGramSch), 1, critical);
    649         if (config::UseAddGramSch < 0) config::UseAddGramSch = 0;
    650         if (config::UseAddGramSch > 2) config::UseAddGramSch = 2;
    651         if(!ParseForParameter(verbose,FileBuffer,"DoWannier", 0, 1, 1, int_type, &(config::DoWannier), 1, optional)) {
    652                 config::DoWannier = 0;
    653         } else {
    654                 if (config::DoWannier < 0) config::DoWannier = 0;
    655                 if (config::DoWannier > 1) config::DoWannier = 1;
    656         }
    657         if(!ParseForParameter(verbose,FileBuffer,"CommonWannier", 0, 1, 1, int_type, &(config::CommonWannier), 1, optional)) {
    658                 config::CommonWannier = 0;
    659         } else {
    660                 if (config::CommonWannier < 0) config::CommonWannier = 0;
    661                 if (config::CommonWannier > 4) config::CommonWannier = 4;
    662         }
    663         if(!ParseForParameter(verbose,FileBuffer,"SawtoothStart", 0, 1, 1, double_type, &(config::SawtoothStart), 1, optional)) {
    664                 config::SawtoothStart = 0.01;
    665         } else {
    666                 if (config::SawtoothStart < 0.) config::SawtoothStart = 0.;
    667                 if (config::SawtoothStart > 1.) config::SawtoothStart = 1.;
    668         }
    669 
    670         ParseForParameter(verbose,FileBuffer,"MaxOuterStep", 0, 1, 1, int_type, &(config::MaxOuterStep), 1, critical);
    671         if (!ParseForParameter(verbose,FileBuffer,"Deltat", 0, 1, 1, double_type, &(config::Deltat), 1, optional))
    672                 config::Deltat = 1;
    673         ParseForParameter(verbose,FileBuffer,"OutVisStep", 0, 1, 1, int_type, &(config::OutVisStep), 1, optional);
    674         ParseForParameter(verbose,FileBuffer,"OutSrcStep", 0, 1, 1, int_type, &(config::OutSrcStep), 1, optional);
    675         ParseForParameter(verbose,FileBuffer,"TargetTemp", 0, 1, 1, double_type, &(config::TargetTemp), 1, optional);
    676         //ParseForParameter(verbose,FileBuffer,"Thermostat", 0, 1, 1, int_type, &(config::ScaleTempStep), 1, optional);
    677         if (!ParseForParameter(verbose,FileBuffer,"EpsWannier", 0, 1, 1, double_type, &(config::EpsWannier), 1, optional))
    678                 config::EpsWannier = 1e-8;
    679 
    680         // stop conditions
    681         //if (config::MaxOuterStep <= 0) config::MaxOuterStep = 1;
    682         ParseForParameter(verbose,FileBuffer,"MaxPsiStep", 0, 1, 1, int_type, &(config::MaxPsiStep), 1, critical);
    683         if (config::MaxPsiStep <= 0) config::MaxPsiStep = 3;
    684 
    685         ParseForParameter(verbose,FileBuffer,"MaxMinStep", 0, 1, 1, int_type, &(config::MaxMinStep), 1, critical);
    686         ParseForParameter(verbose,FileBuffer,"RelEpsTotalE", 0, 1, 1, double_type, &(config::RelEpsTotalEnergy), 1, critical);
    687         ParseForParameter(verbose,FileBuffer,"RelEpsKineticE", 0, 1, 1, double_type, &(config::RelEpsKineticEnergy), 1, critical);
    688         ParseForParameter(verbose,FileBuffer,"MaxMinStopStep", 0, 1, 1, int_type, &(config::MaxMinStopStep), 1, critical);
    689         ParseForParameter(verbose,FileBuffer,"MaxMinGapStopStep", 0, 1, 1, int_type, &(config::MaxMinGapStopStep), 1, critical);
    690         if (config::MaxMinStep <= 0) config::MaxMinStep = config::MaxPsiStep;
    691         if (config::MaxMinStopStep < 1) config::MaxMinStopStep = 1;
    692         if (config::MaxMinGapStopStep < 1) config::MaxMinGapStopStep = 1;
    693 
    694         ParseForParameter(verbose,FileBuffer,"MaxInitMinStep", 0, 1, 1, int_type, &(config::MaxInitMinStep), 1, critical);
    695         ParseForParameter(verbose,FileBuffer,"InitRelEpsTotalE", 0, 1, 1, double_type, &(config::InitRelEpsTotalEnergy), 1, critical);
    696         ParseForParameter(verbose,FileBuffer,"InitRelEpsKineticE", 0, 1, 1, double_type, &(config::InitRelEpsKineticEnergy), 1, critical);
    697         ParseForParameter(verbose,FileBuffer,"InitMaxMinStopStep", 0, 1, 1, int_type, &(config::InitMaxMinStopStep), 1, critical);
    698         ParseForParameter(verbose,FileBuffer,"InitMaxMinGapStopStep", 0, 1, 1, int_type, &(config::InitMaxMinGapStopStep), 1, critical);
    699         if (config::MaxInitMinStep <= 0) config::MaxInitMinStep = config::MaxPsiStep;
    700         if (config::InitMaxMinStopStep < 1) config::InitMaxMinStopStep = 1;
    701         if (config::InitMaxMinGapStopStep < 1) config::InitMaxMinGapStopStep = 1;
    702 
    703         // Unit cell and magnetic field
    704         ParseForParameter(verbose,FileBuffer, "BoxLength", 0, 3, 3, lower_trigrid, BoxLength, 1, critical); /* Lattice->RealBasis */
    705         mol->cell_size[0] = BoxLength[0];
    706         mol->cell_size[1] = BoxLength[3];
    707         mol->cell_size[2] = BoxLength[4];
    708         mol->cell_size[3] = BoxLength[6];
    709         mol->cell_size[4] = BoxLength[7];
    710         mol->cell_size[5] = BoxLength[8];
    711         //if (1) fprintf(stderr,"\n");
    712 
    713         ParseForParameter(verbose,FileBuffer,"DoPerturbation", 0, 1, 1, int_type, &(config::DoPerturbation), 1, optional);
    714         ParseForParameter(verbose,FileBuffer,"DoOutNICS", 0, 1, 1, int_type, &(config::DoOutNICS), 1, optional);
    715         if (!ParseForParameter(verbose,FileBuffer,"DoFullCurrent", 0, 1, 1, int_type, &(config::DoFullCurrent), 1, optional))
    716                 config::DoFullCurrent = 0;
    717         if (config::DoFullCurrent < 0) config::DoFullCurrent = 0;
    718         if (config::DoFullCurrent > 2) config::DoFullCurrent = 2;
    719         if (config::DoOutNICS < 0) config::DoOutNICS = 0;
    720         if (config::DoOutNICS > 2) config::DoOutNICS = 2;
    721         if (config::DoPerturbation == 0) {
    722                 config::DoFullCurrent = 0;
    723                 config::DoOutNICS = 0;
    724         }
    725 
    726         ParseForParameter(verbose,FileBuffer,"ECut", 0, 1, 1, double_type, &(config::ECut), 1, critical);
    727         ParseForParameter(verbose,FileBuffer,"MaxLevel", 0, 1, 1, int_type, &(config::MaxLevel), 1, critical);
    728         ParseForParameter(verbose,FileBuffer,"Level0Factor", 0, 1, 1, int_type, &(config::Lev0Factor), 1, critical);
    729         if (config::Lev0Factor < 2) {
    730                 config::Lev0Factor = 2;
    731         }
    732         ParseForParameter(verbose,FileBuffer,"RiemannTensor", 0, 1, 1, int_type, &di, 1, critical);
    733         if (di >= 0 && di < 2) {
    734                 config::RiemannTensor = di;
    735         } else {
    736                 fprintf(stderr, "0 <= RiemanTensor < 2: 0 UseNotRT, 1 UseRT");
    737                 exit(1);
    738         }
    739         switch (config::RiemannTensor) {
    740                 case 0: //UseNoRT
    741                         if (config::MaxLevel < 2) {
    742                                 config::MaxLevel = 2;
    743                         }
    744                         config::LevRFactor = 2;
    745                         config::RTActualUse = 0;
    746                         break;
    747                 case 1: // UseRT
    748                         if (config::MaxLevel < 3) {
    749                                 config::MaxLevel = 3;
    750                         }
    751                         ParseForParameter(verbose,FileBuffer,"RiemannLevel", 0, 1, 1, int_type, &(config::RiemannLevel), 1, critical);
    752                         if (config::RiemannLevel < 2) {
    753                                 config::RiemannLevel = 2;
    754                         }
    755                         if (config::RiemannLevel > config::MaxLevel-1) {
    756                                 config::RiemannLevel = config::MaxLevel-1;
    757                         }
    758                         ParseForParameter(verbose,FileBuffer,"LevRFactor", 0, 1, 1, int_type, &(config::LevRFactor), 1, critical);
    759                         if (config::LevRFactor < 2) {
    760                                 config::LevRFactor = 2;
    761                         }
    762                         config::Lev0Factor = 2;
    763                         config::RTActualUse = 2;
    764                         break;
    765         }
    766         ParseForParameter(verbose,FileBuffer,"PsiType", 0, 1, 1, int_type, &di, 1, critical);
    767         if (di >= 0 && di < 2) {
    768                 config::PsiType = di;
    769         } else {
    770                 fprintf(stderr, "0 <= PsiType < 2: 0 UseSpinDouble, 1 UseSpinUpDown");
    771                 exit(1);
    772         }
    773         switch (config::PsiType) {
    774         case 0: // SpinDouble
    775                 ParseForParameter(verbose,FileBuffer,"MaxPsiDouble", 0, 1, 1, int_type, &(config::MaxPsiDouble), 1, critical);
    776                 ParseForParameter(verbose,FileBuffer,"AddPsis", 0, 1, 1, int_type, &(config::AddPsis), 1, optional);
    777                 break;
    778         case 1: // SpinUpDown
    779                 if (config::ProcPEGamma % 2) config::ProcPEGamma*=2;
    780                 ParseForParameter(verbose,FileBuffer,"PsiMaxNoUp", 0, 1, 1, int_type, &(config::PsiMaxNoUp), 1, critical);
    781                 ParseForParameter(verbose,FileBuffer,"PsiMaxNoDown", 0, 1, 1, int_type, &(config::PsiMaxNoDown), 1, critical);
    782                 ParseForParameter(verbose,FileBuffer,"AddPsis", 0, 1, 1, int_type, &(config::AddPsis), 1, optional);
    783                 break;
    784         }
    785 
    786         // IonsInitRead
    787 
    788         ParseForParameter(verbose,FileBuffer,"RCut", 0, 1, 1, double_type, &(config::RCut), 1, critical);
    789         ParseForParameter(verbose,FileBuffer,"IsAngstroem", 0, 1, 1, int_type, &(config::IsAngstroem), 1, critical);
    790         ParseForParameter(verbose,FileBuffer,"MaxTypes", 0, 1, 1, int_type, &(config::MaxTypes), 1, critical);
    791         if (!ParseForParameter(verbose,FileBuffer,"RelativeCoord", 0, 1, 1, int_type, &(config::RelativeCoord) , 1, optional))
    792                 config::RelativeCoord = 0;
    793         if (!ParseForParameter(verbose,FileBuffer,"StructOpt", 0, 1, 1, int_type, &(config::StructOpt), 1, optional))
    794                 config::StructOpt = 0;
    795         if (MaxTypes == 0) {
    796                 cerr << "There are no atoms according to MaxTypes in this config file." << endl;
    797         } else {
    798                 // prescan number of ions per type
    799                 cout << Verbose(0) << "Prescanning ions per type: " << endl;
    800                 int NoAtoms = 0;
    801                 for (int i=0; i < config::MaxTypes; i++) {
    802                         sprintf(name,"Ion_Type%i",i+1);
    803                         ParseForParameter(verbose,FileBuffer, (const char*)name, 0, 1, 1, int_type, &No[i], 1, critical);
    804                         ParseForParameter(verbose,FileBuffer, name, 0, 2, 1, int_type, &Z, 1, critical);
    805                         elementhash[i] = periode->FindElement(Z);
    806                         cout << Verbose(1) << i << ". Z = " << elementhash[i]->Z << " with " << No[i] << " ions." << endl;
    807                         NoAtoms += No[i];
    808                 }
    809                 int repetition = 0; // which repeated keyword shall be read
    810 
    811                 // sort the lines via the LineMapping
     603  FileBuffer->InitMapping();
     604
     605  /* Oeffne Hauptparameterdatei */
     606  int di;
     607  double BoxLength[9];
     608  string zeile;
     609  string dummy;
     610  element *elementhash[MAX_ELEMENTS];
     611  char name[MAX_ELEMENTS];
     612  char keyword[MAX_ELEMENTS];
     613  int Z, No[MAX_ELEMENTS];
     614  int verbose = 0;
     615  double value[3];
     616
     617  /* Namen einlesen */
     618
     619  ParseForParameter(verbose,FileBuffer, "mainname", 0, 1, 1, string_type, (config::mainname), 1, critical);
     620  ParseForParameter(verbose,FileBuffer, "defaultpath", 0, 1, 1, string_type, (config::defaultpath), 1, critical);
     621  ParseForParameter(verbose,FileBuffer, "pseudopotpath", 0, 1, 1, string_type, (config::pseudopotpath), 1, critical);
     622  ParseForParameter(verbose,FileBuffer,"ProcPEGamma", 0, 1, 1, int_type, &(config::ProcPEGamma), 1, critical);
     623  ParseForParameter(verbose,FileBuffer,"ProcPEPsi", 0, 1, 1, int_type, &(config::ProcPEPsi), 1, critical);
     624
     625  if (!ParseForParameter(verbose,FileBuffer,"Seed", 0, 1, 1, int_type, &(config::Seed), 1, optional))
     626    config::Seed = 1;
     627
     628  if(!ParseForParameter(verbose,FileBuffer,"DoOutOrbitals", 0, 1, 1, int_type, &(config::DoOutOrbitals), 1, optional)) {
     629    config::DoOutOrbitals = 0;
     630  } else {
     631    if (config::DoOutOrbitals < 0) config::DoOutOrbitals = 0;
     632    if (config::DoOutOrbitals > 1) config::DoOutOrbitals = 1;
     633  }
     634  ParseForParameter(verbose,FileBuffer,"DoOutVis", 0, 1, 1, int_type, &(config::DoOutVis), 1, critical);
     635  if (config::DoOutVis < 0) config::DoOutVis = 0;
     636  if (config::DoOutVis > 1) config::DoOutVis = 1;
     637  if (!ParseForParameter(verbose,FileBuffer,"VectorPlane", 0, 1, 1, int_type, &(config::VectorPlane), 1, optional))
     638    config::VectorPlane = -1;
     639  if (!ParseForParameter(verbose,FileBuffer,"VectorCut", 0, 1, 1, double_type, &(config::VectorCut), 1, optional))
     640    config::VectorCut = 0.;
     641  ParseForParameter(verbose,FileBuffer,"DoOutMes", 0, 1, 1, int_type, &(config::DoOutMes), 1, critical);
     642  if (config::DoOutMes < 0) config::DoOutMes = 0;
     643  if (config::DoOutMes > 1) config::DoOutMes = 1;
     644  if (!ParseForParameter(verbose,FileBuffer,"DoOutCurr", 0, 1, 1, int_type, &(config::DoOutCurrent), 1, optional))
     645    config::DoOutCurrent = 0;
     646  if (config::DoOutCurrent < 0) config::DoOutCurrent = 0;
     647  if (config::DoOutCurrent > 1) config::DoOutCurrent = 1;
     648  ParseForParameter(verbose,FileBuffer,"AddGramSch", 0, 1, 1, int_type, &(config::UseAddGramSch), 1, critical);
     649  if (config::UseAddGramSch < 0) config::UseAddGramSch = 0;
     650  if (config::UseAddGramSch > 2) config::UseAddGramSch = 2;
     651  if(!ParseForParameter(verbose,FileBuffer,"DoWannier", 0, 1, 1, int_type, &(config::DoWannier), 1, optional)) {
     652    config::DoWannier = 0;
     653  } else {
     654    if (config::DoWannier < 0) config::DoWannier = 0;
     655    if (config::DoWannier > 1) config::DoWannier = 1;
     656  }
     657  if(!ParseForParameter(verbose,FileBuffer,"CommonWannier", 0, 1, 1, int_type, &(config::CommonWannier), 1, optional)) {
     658    config::CommonWannier = 0;
     659  } else {
     660    if (config::CommonWannier < 0) config::CommonWannier = 0;
     661    if (config::CommonWannier > 4) config::CommonWannier = 4;
     662  }
     663  if(!ParseForParameter(verbose,FileBuffer,"SawtoothStart", 0, 1, 1, double_type, &(config::SawtoothStart), 1, optional)) {
     664    config::SawtoothStart = 0.01;
     665  } else {
     666    if (config::SawtoothStart < 0.) config::SawtoothStart = 0.;
     667    if (config::SawtoothStart > 1.) config::SawtoothStart = 1.;
     668  }
     669
     670  ParseForParameter(verbose,FileBuffer,"MaxOuterStep", 0, 1, 1, int_type, &(config::MaxOuterStep), 1, critical);
     671  if (!ParseForParameter(verbose,FileBuffer,"Deltat", 0, 1, 1, double_type, &(config::Deltat), 1, optional))
     672    config::Deltat = 1;
     673  ParseForParameter(verbose,FileBuffer,"OutVisStep", 0, 1, 1, int_type, &(config::OutVisStep), 1, optional);
     674  ParseForParameter(verbose,FileBuffer,"OutSrcStep", 0, 1, 1, int_type, &(config::OutSrcStep), 1, optional);
     675  ParseForParameter(verbose,FileBuffer,"TargetTemp", 0, 1, 1, double_type, &(config::TargetTemp), 1, optional);
     676  //ParseForParameter(verbose,FileBuffer,"Thermostat", 0, 1, 1, int_type, &(config::ScaleTempStep), 1, optional);
     677  if (!ParseForParameter(verbose,FileBuffer,"EpsWannier", 0, 1, 1, double_type, &(config::EpsWannier), 1, optional))
     678    config::EpsWannier = 1e-8;
     679
     680  // stop conditions
     681  //if (config::MaxOuterStep <= 0) config::MaxOuterStep = 1;
     682  ParseForParameter(verbose,FileBuffer,"MaxPsiStep", 0, 1, 1, int_type, &(config::MaxPsiStep), 1, critical);
     683  if (config::MaxPsiStep <= 0) config::MaxPsiStep = 3;
     684
     685  ParseForParameter(verbose,FileBuffer,"MaxMinStep", 0, 1, 1, int_type, &(config::MaxMinStep), 1, critical);
     686  ParseForParameter(verbose,FileBuffer,"RelEpsTotalE", 0, 1, 1, double_type, &(config::RelEpsTotalEnergy), 1, critical);
     687  ParseForParameter(verbose,FileBuffer,"RelEpsKineticE", 0, 1, 1, double_type, &(config::RelEpsKineticEnergy), 1, critical);
     688  ParseForParameter(verbose,FileBuffer,"MaxMinStopStep", 0, 1, 1, int_type, &(config::MaxMinStopStep), 1, critical);
     689  ParseForParameter(verbose,FileBuffer,"MaxMinGapStopStep", 0, 1, 1, int_type, &(config::MaxMinGapStopStep), 1, critical);
     690  if (config::MaxMinStep <= 0) config::MaxMinStep = config::MaxPsiStep;
     691  if (config::MaxMinStopStep < 1) config::MaxMinStopStep = 1;
     692  if (config::MaxMinGapStopStep < 1) config::MaxMinGapStopStep = 1;
     693
     694  ParseForParameter(verbose,FileBuffer,"MaxInitMinStep", 0, 1, 1, int_type, &(config::MaxInitMinStep), 1, critical);
     695  ParseForParameter(verbose,FileBuffer,"InitRelEpsTotalE", 0, 1, 1, double_type, &(config::InitRelEpsTotalEnergy), 1, critical);
     696  ParseForParameter(verbose,FileBuffer,"InitRelEpsKineticE", 0, 1, 1, double_type, &(config::InitRelEpsKineticEnergy), 1, critical);
     697  ParseForParameter(verbose,FileBuffer,"InitMaxMinStopStep", 0, 1, 1, int_type, &(config::InitMaxMinStopStep), 1, critical);
     698  ParseForParameter(verbose,FileBuffer,"InitMaxMinGapStopStep", 0, 1, 1, int_type, &(config::InitMaxMinGapStopStep), 1, critical);
     699  if (config::MaxInitMinStep <= 0) config::MaxInitMinStep = config::MaxPsiStep;
     700  if (config::InitMaxMinStopStep < 1) config::InitMaxMinStopStep = 1;
     701  if (config::InitMaxMinGapStopStep < 1) config::InitMaxMinGapStopStep = 1;
     702
     703  // Unit cell and magnetic field
     704  ParseForParameter(verbose,FileBuffer, "BoxLength", 0, 3, 3, lower_trigrid, BoxLength, 1, critical); /* Lattice->RealBasis */
     705  mol->cell_size[0] = BoxLength[0];
     706  mol->cell_size[1] = BoxLength[3];
     707  mol->cell_size[2] = BoxLength[4];
     708  mol->cell_size[3] = BoxLength[6];
     709  mol->cell_size[4] = BoxLength[7];
     710  mol->cell_size[5] = BoxLength[8];
     711  //if (1) fprintf(stderr,"\n");
     712
     713  ParseForParameter(verbose,FileBuffer,"DoPerturbation", 0, 1, 1, int_type, &(config::DoPerturbation), 1, optional);
     714  ParseForParameter(verbose,FileBuffer,"DoOutNICS", 0, 1, 1, int_type, &(config::DoOutNICS), 1, optional);
     715  if (!ParseForParameter(verbose,FileBuffer,"DoFullCurrent", 0, 1, 1, int_type, &(config::DoFullCurrent), 1, optional))
     716    config::DoFullCurrent = 0;
     717  if (config::DoFullCurrent < 0) config::DoFullCurrent = 0;
     718  if (config::DoFullCurrent > 2) config::DoFullCurrent = 2;
     719  if (config::DoOutNICS < 0) config::DoOutNICS = 0;
     720  if (config::DoOutNICS > 2) config::DoOutNICS = 2;
     721  if (config::DoPerturbation == 0) {
     722    config::DoFullCurrent = 0;
     723    config::DoOutNICS = 0;
     724  }
     725
     726  ParseForParameter(verbose,FileBuffer,"ECut", 0, 1, 1, double_type, &(config::ECut), 1, critical);
     727  ParseForParameter(verbose,FileBuffer,"MaxLevel", 0, 1, 1, int_type, &(config::MaxLevel), 1, critical);
     728  ParseForParameter(verbose,FileBuffer,"Level0Factor", 0, 1, 1, int_type, &(config::Lev0Factor), 1, critical);
     729  if (config::Lev0Factor < 2) {
     730    config::Lev0Factor = 2;
     731  }
     732  ParseForParameter(verbose,FileBuffer,"RiemannTensor", 0, 1, 1, int_type, &di, 1, critical);
     733  if (di >= 0 && di < 2) {
     734    config::RiemannTensor = di;
     735  } else {
     736    fprintf(stderr, "0 <= RiemanTensor < 2: 0 UseNotRT, 1 UseRT");
     737    exit(1);
     738  }
     739  switch (config::RiemannTensor) {
     740    case 0: //UseNoRT
     741      if (config::MaxLevel < 2) {
     742        config::MaxLevel = 2;
     743      }
     744      config::LevRFactor = 2;
     745      config::RTActualUse = 0;
     746      break;
     747    case 1: // UseRT
     748      if (config::MaxLevel < 3) {
     749        config::MaxLevel = 3;
     750      }
     751      ParseForParameter(verbose,FileBuffer,"RiemannLevel", 0, 1, 1, int_type, &(config::RiemannLevel), 1, critical);
     752      if (config::RiemannLevel < 2) {
     753        config::RiemannLevel = 2;
     754      }
     755      if (config::RiemannLevel > config::MaxLevel-1) {
     756        config::RiemannLevel = config::MaxLevel-1;
     757      }
     758      ParseForParameter(verbose,FileBuffer,"LevRFactor", 0, 1, 1, int_type, &(config::LevRFactor), 1, critical);
     759      if (config::LevRFactor < 2) {
     760        config::LevRFactor = 2;
     761      }
     762      config::Lev0Factor = 2;
     763      config::RTActualUse = 2;
     764      break;
     765  }
     766  ParseForParameter(verbose,FileBuffer,"PsiType", 0, 1, 1, int_type, &di, 1, critical);
     767  if (di >= 0 && di < 2) {
     768    config::PsiType = di;
     769  } else {
     770    fprintf(stderr, "0 <= PsiType < 2: 0 UseSpinDouble, 1 UseSpinUpDown");
     771    exit(1);
     772  }
     773  switch (config::PsiType) {
     774  case 0: // SpinDouble
     775    ParseForParameter(verbose,FileBuffer,"MaxPsiDouble", 0, 1, 1, int_type, &(config::MaxPsiDouble), 1, critical);
     776    ParseForParameter(verbose,FileBuffer,"AddPsis", 0, 1, 1, int_type, &(config::AddPsis), 1, optional);
     777    break;
     778  case 1: // SpinUpDown
     779    if (config::ProcPEGamma % 2) config::ProcPEGamma*=2;
     780    ParseForParameter(verbose,FileBuffer,"PsiMaxNoUp", 0, 1, 1, int_type, &(config::PsiMaxNoUp), 1, critical);
     781    ParseForParameter(verbose,FileBuffer,"PsiMaxNoDown", 0, 1, 1, int_type, &(config::PsiMaxNoDown), 1, critical);
     782    ParseForParameter(verbose,FileBuffer,"AddPsis", 0, 1, 1, int_type, &(config::AddPsis), 1, optional);
     783    break;
     784  }
     785
     786  // IonsInitRead
     787
     788  ParseForParameter(verbose,FileBuffer,"RCut", 0, 1, 1, double_type, &(config::RCut), 1, critical);
     789  ParseForParameter(verbose,FileBuffer,"IsAngstroem", 0, 1, 1, int_type, &(config::IsAngstroem), 1, critical);
     790  ParseForParameter(verbose,FileBuffer,"MaxTypes", 0, 1, 1, int_type, &(config::MaxTypes), 1, critical);
     791  if (!ParseForParameter(verbose,FileBuffer,"RelativeCoord", 0, 1, 1, int_type, &(config::RelativeCoord) , 1, optional))
     792    config::RelativeCoord = 0;
     793  if (!ParseForParameter(verbose,FileBuffer,"StructOpt", 0, 1, 1, int_type, &(config::StructOpt), 1, optional))
     794    config::StructOpt = 0;
     795  if (MaxTypes == 0) {
     796    cerr << "There are no atoms according to MaxTypes in this config file." << endl;
     797  } else {
     798    // prescan number of ions per type
     799    cout << Verbose(0) << "Prescanning ions per type: " << endl;
     800    int NoAtoms = 0;
     801    for (int i=0; i < config::MaxTypes; i++) {
     802      sprintf(name,"Ion_Type%i",i+1);
     803      ParseForParameter(verbose,FileBuffer, (const char*)name, 0, 1, 1, int_type, &No[i], 1, critical);
     804      ParseForParameter(verbose,FileBuffer, name, 0, 2, 1, int_type, &Z, 1, critical);
     805      elementhash[i] = periode->FindElement(Z);
     806      cout << Verbose(1) << i << ". Z = " << elementhash[i]->Z << " with " << No[i] << " ions." << endl;
     807      NoAtoms += No[i];
     808    }
     809    int repetition = 0; // which repeated keyword shall be read
     810
     811    // sort the lines via the LineMapping
    812812    sprintf(name,"Ion_Type%i",config::MaxTypes);
    813                 if (!ParseForParameter(verbose,FileBuffer, (const char*)name, 1, 1, 1, int_type, &value[0], 1, critical)) {
    814                   cerr << "There are no atoms in the config file!" << endl;
     813    if (!ParseForParameter(verbose,FileBuffer, (const char*)name, 1, 1, 1, int_type, &value[0], 1, critical)) {
     814      cerr << "There are no atoms in the config file!" << endl;
    815815      return;
    816816    }
    817                 FileBuffer->CurrentLine++;
    818                 //cout << FileBuffer->buffer[ FileBuffer->LineMapping[FileBuffer->CurrentLine]];
    819                 FileBuffer->MapIonTypesInBuffer(NoAtoms);
    820                 //for (int i=0; i<(NoAtoms < 100 ? NoAtoms : 100 < 100 ? NoAtoms : 100);++i) {
    821                 //      cout << FileBuffer->buffer[ FileBuffer->LineMapping[FileBuffer->CurrentLine+i]];
    822                 //}
    823 
    824                 map<int, atom *> AtomList[config::MaxTypes];
    825                 map<int, atom *> LinearList;
    826                 if (!FastParsing) {
    827                         // parse in trajectories
    828                         bool status = true;
    829                         atom *neues = NULL;
    830                         while (status) {
    831                                 cout << "Currently parsing MD step " << repetition << "." << endl;
    832                                 for (int i=0; i < config::MaxTypes; i++) {
    833                                         sprintf(name,"Ion_Type%i",i+1);
    834                                         for(int j=0;j<No[i];j++) {
    835                                                 sprintf(keyword,"%s_%i",name, j+1);
    836                                                 if (repetition == 0) {
    837                                                         neues = new atom();
    838                                                         AtomList[i][j] = neues;
    839                                                         LinearList[FileBuffer->CurrentLine] = neues;
    840                                                         neues->type = elementhash[i]; // find element type
    841                                                 } else
    842                                                         neues = AtomList[i][j];
     817    FileBuffer->CurrentLine++;
     818    //cout << FileBuffer->buffer[ FileBuffer->LineMapping[FileBuffer->CurrentLine]];
     819    FileBuffer->MapIonTypesInBuffer(NoAtoms);
     820    //for (int i=0; i<(NoAtoms < 100 ? NoAtoms : 100 < 100 ? NoAtoms : 100);++i) {
     821    //  cout << FileBuffer->buffer[ FileBuffer->LineMapping[FileBuffer->CurrentLine+i]];
     822    //}
     823
     824    map<int, atom *> AtomList[config::MaxTypes];
     825    map<int, atom *> LinearList;
     826    if (!FastParsing) {
     827      // parse in trajectories
     828      bool status = true;
     829      atom *neues = NULL;
     830      while (status) {
     831        cout << "Currently parsing MD step " << repetition << "." << endl;
     832        for (int i=0; i < config::MaxTypes; i++) {
     833          sprintf(name,"Ion_Type%i",i+1);
     834          for(int j=0;j<No[i];j++) {
     835            sprintf(keyword,"%s_%i",name, j+1);
     836            if (repetition == 0) {
     837              neues = new atom();
     838              AtomList[i][j] = neues;
     839              LinearList[FileBuffer->CurrentLine] = neues;
     840              neues->type = elementhash[i]; // find element type
     841            } else
     842              neues = AtomList[i][j];
    843843            status = (status &&
    844                                                                                 ParseForParameter(verbose,FileBuffer, keyword, 0, 1, 1, double_type, &neues->x.x[0], 1, (repetition == 0) ? critical : optional) &&
    845                                                                                 ParseForParameter(verbose,FileBuffer, keyword, 0, 2, 1, double_type, &neues->x.x[1], 1, (repetition == 0) ? critical : optional) &&
    846                                                                                 ParseForParameter(verbose,FileBuffer, keyword, 0, 3, 1, double_type, &neues->x.x[2], 1, (repetition == 0) ? critical : optional) &&
    847                                                                                 ParseForParameter(verbose,FileBuffer, keyword, 0, 4, 1, int_type, &neues->FixedIon, 1, (repetition == 0) ? critical : optional));
    848                                                 if (!status) break;
    849 
    850                                                 // check size of vectors
    851                                                 if (mol->Trajectories[neues].R.size() <= (unsigned int)(repetition)) {
    852                                                         //cout << "Increasing size for trajectory array of " << keyword << " to " << (repetition+10) << "." << endl;
    853                                                         mol->Trajectories[neues].R.resize(repetition+10);
    854                                                         mol->Trajectories[neues].U.resize(repetition+10);
    855                                                         mol->Trajectories[neues].F.resize(repetition+10);
    856                                                 }
    857 
    858                                                 // put into trajectories list
    859                                                 for (int d=0;d<NDIM;d++)
    860                                                         mol->Trajectories[neues].R.at(repetition).x[d] = neues->x.x[d];
    861 
    862                                                 // parse velocities if present
    863                                                 if(!ParseForParameter(verbose,FileBuffer, keyword, 0, 5, 1, double_type, &neues->v.x[0], 1,optional))
    864                                                         neues->v.x[0] = 0.;
    865                                                 if(!ParseForParameter(verbose,FileBuffer, keyword, 0, 6, 1, double_type, &neues->v.x[1], 1,optional))
    866                                                         neues->v.x[1] = 0.;
    867                                                 if(!ParseForParameter(verbose,FileBuffer, keyword, 0, 7, 1, double_type, &neues->v.x[2], 1,optional))
    868                                                         neues->v.x[2] = 0.;
    869                                                 for (int d=0;d<NDIM;d++)
    870                                                         mol->Trajectories[neues].U.at(repetition).x[d] = neues->v.x[d];
    871 
    872                                                 // parse forces if present
    873                                                 if(!ParseForParameter(verbose,FileBuffer, keyword, 0, 8, 1, double_type, &value[0], 1,optional))
    874                                                         value[0] = 0.;
    875                                                 if(!ParseForParameter(verbose,FileBuffer, keyword, 0, 9, 1, double_type, &value[1], 1,optional))
    876                                                         value[1] = 0.;
    877                                                 if(!ParseForParameter(verbose,FileBuffer, keyword, 1, 10, 1, double_type, &value[2], 1,optional))
    878                                                         value[2] = 0.;
    879                                                 for (int d=0;d<NDIM;d++)
    880                                                         mol->Trajectories[neues].F.at(repetition).x[d] = value[d];
    881 
    882         //                                              cout << "Parsed position of step " << (repetition) << ": (";
    883         //                                              for (int d=0;d<NDIM;d++)
    884         //                                                      cout << mol->Trajectories[neues].R.at(repetition).x[d] << " ";                                  // next step
    885         //                                              cout << ")\t(";
    886         //                                              for (int d=0;d<NDIM;d++)
    887         //                                                      cout << mol->Trajectories[neues].U.at(repetition).x[d] << " ";                                  // next step
    888         //                                              cout << ")\t(";
    889         //                                              for (int d=0;d<NDIM;d++)
    890         //                                                      cout << mol->Trajectories[neues].F.at(repetition).x[d] << " ";                                  // next step
    891         //                                              cout << ")" << endl;
    892                                         }
    893                                 }
    894                                 repetition++;
    895                         }
    896                         // put atoms into the molecule in their original order
    897                         for(map<int, atom*>::iterator runner = LinearList.begin(); runner != LinearList.end(); ++runner) {
    898                                 mol->AddAtom(runner->second);
    899                         }
    900                         repetition--;
    901                         cout << "Found " << repetition << " trajectory steps." << endl;
    902                         mol->MDSteps = repetition;
    903                 } else {
    904                         // find the maximum number of MD steps so that we may parse last one (Ion_Type1_1 must always be present, because is the first atom)
    905                         repetition = 0;
    906                         while ( ParseForParameter(verbose,FileBuffer, "Ion_Type1_1", 0, 1, 1, double_type, &value[0], repetition, (repetition == 0) ? critical : optional) &&
    907                                                         ParseForParameter(verbose,FileBuffer, "Ion_Type1_1", 0, 2, 1, double_type, &value[1], repetition, (repetition == 0) ? critical : optional) &&
    908                                                         ParseForParameter(verbose,FileBuffer, "Ion_Type1_1", 0, 3, 1, double_type, &value[2], repetition, (repetition == 0) ? critical : optional))
    909                                 repetition++;
    910                         cout << "I found " << repetition << " times the keyword Ion_Type1_1." << endl;
    911                         // parse in molecule coordinates
    912                         for (int i=0; i < config::MaxTypes; i++) {
    913                                 sprintf(name,"Ion_Type%i",i+1);
    914                                 for(int j=0;j<No[i];j++) {
    915                                         sprintf(keyword,"%s_%i",name, j+1);
    916                                         atom *neues = new atom();
    917                                         // then parse for each atom the coordinates as often as present
    918                                         ParseForParameter(verbose,FileBuffer, keyword, 0, 1, 1, double_type, &neues->x.x[0], repetition,critical);
    919                                         ParseForParameter(verbose,FileBuffer, keyword, 0, 2, 1, double_type, &neues->x.x[1], repetition,critical);
    920                                         ParseForParameter(verbose,FileBuffer, keyword, 0, 3, 1, double_type, &neues->x.x[2], repetition,critical);
    921                                         ParseForParameter(verbose,FileBuffer, keyword, 0, 4, 1, int_type, &neues->FixedIon, repetition,critical);
    922                                         if(!ParseForParameter(verbose,FileBuffer, keyword, 0, 5, 1, double_type, &neues->v.x[0], repetition,optional))
    923                                                 neues->v.x[0] = 0.;
    924                                         if(!ParseForParameter(verbose,FileBuffer, keyword, 0, 6, 1, double_type, &neues->v.x[1], repetition,optional))
    925                                                 neues->v.x[1] = 0.;
    926                                         if(!ParseForParameter(verbose,FileBuffer, keyword, 0, 7, 1, double_type, &neues->v.x[2], repetition,optional))
    927                                                 neues->v.x[2] = 0.;
    928                                         // here we don't care if forces are present (last in trajectories is always equal to current position)
    929                                         neues->type = elementhash[i]; // find element type
    930                                         mol->AddAtom(neues);
    931                                 }
    932                         }
    933                 }
    934         }
    935         delete(FileBuffer);
     844                    ParseForParameter(verbose,FileBuffer, keyword, 0, 1, 1, double_type, &neues->x.x[0], 1, (repetition == 0) ? critical : optional) &&
     845                    ParseForParameter(verbose,FileBuffer, keyword, 0, 2, 1, double_type, &neues->x.x[1], 1, (repetition == 0) ? critical : optional) &&
     846                    ParseForParameter(verbose,FileBuffer, keyword, 0, 3, 1, double_type, &neues->x.x[2], 1, (repetition == 0) ? critical : optional) &&
     847                    ParseForParameter(verbose,FileBuffer, keyword, 0, 4, 1, int_type, &neues->FixedIon, 1, (repetition == 0) ? critical : optional));
     848            if (!status) break;
     849
     850            // check size of vectors
     851            if (mol->Trajectories[neues].R.size() <= (unsigned int)(repetition)) {
     852              //cout << "Increasing size for trajectory array of " << keyword << " to " << (repetition+10) << "." << endl;
     853              mol->Trajectories[neues].R.resize(repetition+10);
     854              mol->Trajectories[neues].U.resize(repetition+10);
     855              mol->Trajectories[neues].F.resize(repetition+10);
     856            }
     857
     858            // put into trajectories list
     859            for (int d=0;d<NDIM;d++)
     860              mol->Trajectories[neues].R.at(repetition).x[d] = neues->x.x[d];
     861
     862            // parse velocities if present
     863            if(!ParseForParameter(verbose,FileBuffer, keyword, 0, 5, 1, double_type, &neues->v.x[0], 1,optional))
     864              neues->v.x[0] = 0.;
     865            if(!ParseForParameter(verbose,FileBuffer, keyword, 0, 6, 1, double_type, &neues->v.x[1], 1,optional))
     866              neues->v.x[1] = 0.;
     867            if(!ParseForParameter(verbose,FileBuffer, keyword, 0, 7, 1, double_type, &neues->v.x[2], 1,optional))
     868              neues->v.x[2] = 0.;
     869            for (int d=0;d<NDIM;d++)
     870              mol->Trajectories[neues].U.at(repetition).x[d] = neues->v.x[d];
     871
     872            // parse forces if present
     873            if(!ParseForParameter(verbose,FileBuffer, keyword, 0, 8, 1, double_type, &value[0], 1,optional))
     874              value[0] = 0.;
     875            if(!ParseForParameter(verbose,FileBuffer, keyword, 0, 9, 1, double_type, &value[1], 1,optional))
     876              value[1] = 0.;
     877            if(!ParseForParameter(verbose,FileBuffer, keyword, 1, 10, 1, double_type, &value[2], 1,optional))
     878              value[2] = 0.;
     879            for (int d=0;d<NDIM;d++)
     880              mol->Trajectories[neues].F.at(repetition).x[d] = value[d];
     881
     882  //            cout << "Parsed position of step " << (repetition) << ": (";
     883  //            for (int d=0;d<NDIM;d++)
     884  //              cout << mol->Trajectories[neues].R.at(repetition).x[d] << " ";          // next step
     885  //            cout << ")\t(";
     886  //            for (int d=0;d<NDIM;d++)
     887  //              cout << mol->Trajectories[neues].U.at(repetition).x[d] << " ";          // next step
     888  //            cout << ")\t(";
     889  //            for (int d=0;d<NDIM;d++)
     890  //              cout << mol->Trajectories[neues].F.at(repetition).x[d] << " ";          // next step
     891  //            cout << ")" << endl;
     892          }
     893        }
     894        repetition++;
     895      }
     896      // put atoms into the molecule in their original order
     897      for(map<int, atom*>::iterator runner = LinearList.begin(); runner != LinearList.end(); ++runner) {
     898        mol->AddAtom(runner->second);
     899      }
     900      repetition--;
     901      cout << "Found " << repetition << " trajectory steps." << endl;
     902      mol->MDSteps = repetition;
     903    } else {
     904      // find the maximum number of MD steps so that we may parse last one (Ion_Type1_1 must always be present, because is the first atom)
     905      repetition = 0;
     906      while ( ParseForParameter(verbose,FileBuffer, "Ion_Type1_1", 0, 1, 1, double_type, &value[0], repetition, (repetition == 0) ? critical : optional) &&
     907              ParseForParameter(verbose,FileBuffer, "Ion_Type1_1", 0, 2, 1, double_type, &value[1], repetition, (repetition == 0) ? critical : optional) &&
     908              ParseForParameter(verbose,FileBuffer, "Ion_Type1_1", 0, 3, 1, double_type, &value[2], repetition, (repetition == 0) ? critical : optional))
     909        repetition++;
     910      cout << "I found " << repetition << " times the keyword Ion_Type1_1." << endl;
     911      // parse in molecule coordinates
     912      for (int i=0; i < config::MaxTypes; i++) {
     913        sprintf(name,"Ion_Type%i",i+1);
     914        for(int j=0;j<No[i];j++) {
     915          sprintf(keyword,"%s_%i",name, j+1);
     916          atom *neues = new atom();
     917          // then parse for each atom the coordinates as often as present
     918          ParseForParameter(verbose,FileBuffer, keyword, 0, 1, 1, double_type, &neues->x.x[0], repetition,critical);
     919          ParseForParameter(verbose,FileBuffer, keyword, 0, 2, 1, double_type, &neues->x.x[1], repetition,critical);
     920          ParseForParameter(verbose,FileBuffer, keyword, 0, 3, 1, double_type, &neues->x.x[2], repetition,critical);
     921          ParseForParameter(verbose,FileBuffer, keyword, 0, 4, 1, int_type, &neues->FixedIon, repetition,critical);
     922          if(!ParseForParameter(verbose,FileBuffer, keyword, 0, 5, 1, double_type, &neues->v.x[0], repetition,optional))
     923            neues->v.x[0] = 0.;
     924          if(!ParseForParameter(verbose,FileBuffer, keyword, 0, 6, 1, double_type, &neues->v.x[1], repetition,optional))
     925            neues->v.x[1] = 0.;
     926          if(!ParseForParameter(verbose,FileBuffer, keyword, 0, 7, 1, double_type, &neues->v.x[2], repetition,optional))
     927            neues->v.x[2] = 0.;
     928          // here we don't care if forces are present (last in trajectories is always equal to current position)
     929          neues->type = elementhash[i]; // find element type
     930          mol->AddAtom(neues);
     931        }
     932      }
     933    }
     934  }
     935  delete(FileBuffer);
    936936};
    937937
    … …  
    943943void config::LoadOld(char *filename, periodentafel *periode, molecule *mol)
    944944{
    945         ifstream *file = new ifstream(filename);
    946         if (file == NULL) {
    947                 cerr << "ERROR: config file " << filename << " missing!" << endl;
    948                 return;
    949         }
    950         RetrieveConfigPathAndName(filename);
    951         // ParseParameters
    952 
    953         /* Oeffne Hauptparameterdatei */
    954         int l, i, di;
    955         double a,b;
    956         double BoxLength[9];
    957         string zeile;
    958         string dummy;
    959         element *elementhash[128];
    960         int Z, No, AtomNo, found;
    961         int verbose = 0;
    962 
    963         /* Namen einlesen */
    964 
    965         ParseForParameter(verbose,file, "mainname", 0, 1, 1, string_type, (config::mainname), 1, critical);
    966         ParseForParameter(verbose,file, "defaultpath", 0, 1, 1, string_type, (config::defaultpath), 1, critical);
    967         ParseForParameter(verbose,file, "pseudopotpath", 0, 1, 1, string_type, (config::pseudopotpath), 1, critical);
    968         ParseForParameter(verbose,file, "ProcsGammaPsi", 0, 1, 1, int_type, &(config::ProcPEGamma), 1, critical);
    969         ParseForParameter(verbose,file, "ProcsGammaPsi", 0, 2, 1, int_type, &(config::ProcPEPsi), 1, critical);
    970         config::Seed = 1;
    971         config::DoOutOrbitals = 0;
    972         ParseForParameter(verbose,file,"DoOutVis", 0, 1, 1, int_type, &(config::DoOutVis), 1, critical);
    973         if (config::DoOutVis < 0) config::DoOutVis = 0;
    974         if (config::DoOutVis > 1) config::DoOutVis = 1;
    975         config::VectorPlane = -1;
    976         config::VectorCut = 0.;
    977         ParseForParameter(verbose,file,"DoOutMes", 0, 1, 1, int_type, &(config::DoOutMes), 1, critical);
    978         if (config::DoOutMes < 0) config::DoOutMes = 0;
    979         if (config::DoOutMes > 1) config::DoOutMes = 1;
    980         config::DoOutCurrent = 0;
    981         ParseForParameter(verbose,file,"AddGramSch", 0, 1, 1, int_type, &(config::UseAddGramSch), 1, critical);
    982         if (config::UseAddGramSch < 0) config::UseAddGramSch = 0;
    983         if (config::UseAddGramSch > 2) config::UseAddGramSch = 2;
    984         config::CommonWannier = 0;
    985         config::SawtoothStart = 0.01;
    986 
    987         ParseForParameter(verbose,file,"MaxOuterStep", 0, 1, 1, double_type, &(config::MaxOuterStep), 1, critical);
    988         ParseForParameter(verbose,file,"Deltat", 0, 1, 1, double_type, &(config::Deltat), 1, optional);
    989         ParseForParameter(verbose,file,"VisOuterStep", 0, 1, 1, int_type, &(config::OutVisStep), 1, optional);
    990         ParseForParameter(verbose,file,"VisSrcOuterStep", 0, 1, 1, int_type, &(config::OutSrcStep), 1, optional);
    991         ParseForParameter(verbose,file,"TargetTemp", 0, 1, 1, double_type, &(config::TargetTemp), 1, optional);
    992         ParseForParameter(verbose,file,"ScaleTempStep", 0, 1, 1, int_type, &(config::ScaleTempStep), 1, optional);
    993         config::EpsWannier = 1e-8;
    994 
    995         // stop conditions
    996         //if (config::MaxOuterStep <= 0) config::MaxOuterStep = 1;
    997         ParseForParameter(verbose,file,"MaxPsiStep", 0, 1, 1, int_type, &(config::MaxPsiStep), 1, critical);
    998         if (config::MaxPsiStep <= 0) config::MaxPsiStep = 3;
    999 
    1000         ParseForParameter(verbose,file,"MaxMinStep", 0, 1, 1, int_type, &(config::MaxMinStep), 1, critical);
    1001         ParseForParameter(verbose,file,"MaxMinStep", 0, 2, 1, double_type, &(config::RelEpsTotalEnergy), 1, critical);
    1002         ParseForParameter(verbose,file,"MaxMinStep", 0, 3, 1, double_type, &(config::RelEpsKineticEnergy), 1, critical);
    1003         ParseForParameter(verbose,file,"MaxMinStep", 0, 4, 1, int_type, &(config::MaxMinStopStep), 1, critical);
    1004         if (config::MaxMinStep <= 0) config::MaxMinStep = config::MaxPsiStep;
    1005         if (config::MaxMinStopStep < 1) config::MaxMinStopStep = 1;
    1006         config::MaxMinGapStopStep = 1;
    1007 
    1008         ParseForParameter(verbose,file,"MaxInitMinStep", 0, 1, 1, int_type, &(config::MaxInitMinStep), 1, critical);
    1009         ParseForParameter(verbose,file,"MaxInitMinStep", 0, 2, 1, double_type, &(config::InitRelEpsTotalEnergy), 1, critical);
    1010         ParseForParameter(verbose,file,"MaxInitMinStep", 0, 3, 1, double_type, &(config::InitRelEpsKineticEnergy), 1, critical);
    1011         ParseForParameter(verbose,file,"MaxInitMinStep", 0, 4, 1, int_type, &(config::InitMaxMinStopStep), 1, critical);
    1012         if (config::MaxInitMinStep <= 0) config::MaxInitMinStep = config::MaxPsiStep;
    1013         if (config::InitMaxMinStopStep < 1) config::InitMaxMinStopStep = 1;
    1014         config::InitMaxMinGapStopStep = 1;
    1015 
    1016         ParseForParameter(verbose,file, "BoxLength", 0, 3, 3, lower_trigrid, BoxLength, 1, critical); /* Lattice->RealBasis */
    1017         mol->cell_size[0] = BoxLength[0];
    1018         mol->cell_size[1] = BoxLength[3];
    1019         mol->cell_size[2] = BoxLength[4];
    1020         mol->cell_size[3] = BoxLength[6];
    1021         mol->cell_size[4] = BoxLength[7];
    1022         mol->cell_size[5] = BoxLength[8];
    1023         if (1) fprintf(stderr,"\n");
    1024         config::DoPerturbation = 0;
    1025         config::DoFullCurrent = 0;
    1026 
    1027         ParseForParameter(verbose,file,"ECut", 0, 1, 1, double_type, &(config::ECut), 1, critical);
    1028         ParseForParameter(verbose,file,"MaxLevel", 0, 1, 1, int_type, &(config::MaxLevel), 1, critical);
    1029         ParseForParameter(verbose,file,"Level0Factor", 0, 1, 1, int_type, &(config::Lev0Factor), 1, critical);
    1030         if (config::Lev0Factor < 2) {
    1031                 config::Lev0Factor = 2;
    1032         }
    1033         ParseForParameter(verbose,file,"RiemannTensor", 0, 1, 1, int_type, &di, 1, critical);
    1034         if (di >= 0 && di < 2) {
    1035                 config::RiemannTensor = di;
    1036         } else {
    1037                 fprintf(stderr, "0 <= RiemanTensor < 2: 0 UseNotRT, 1 UseRT");
    1038                 exit(1);
    1039         }
    1040         switch (config::RiemannTensor) {
    1041                 case 0: //UseNoRT
    1042                         if (config::MaxLevel < 2) {
    1043                                 config::MaxLevel = 2;
    1044                         }
    1045                         config::LevRFactor = 2;
    1046                         config::RTActualUse = 0;
    1047                         break;
    1048                 case 1: // UseRT
    1049                         if (config::MaxLevel < 3) {
    1050                                 config::MaxLevel = 3;
    1051                         }
    1052                         ParseForParameter(verbose,file,"RiemannLevel", 0, 1, 1, int_type, &(config::RiemannLevel), 1, critical);
    1053                         if (config::RiemannLevel < 2) {
    1054                                 config::RiemannLevel = 2;
    1055                         }
    1056                         if (config::RiemannLevel > config::MaxLevel-1) {
    1057                                 config::RiemannLevel = config::MaxLevel-1;
    1058                         }
    1059                         ParseForParameter(verbose,file,"LevRFactor", 0, 1, 1, int_type, &(config::LevRFactor), 1, critical);
    1060                         if (config::LevRFactor < 2) {
    1061                                 config::LevRFactor = 2;
    1062                         }
    1063                         config::Lev0Factor = 2;
    1064                         config::RTActualUse = 2;
    1065                         break;
    1066         }
    1067         ParseForParameter(verbose,file,"PsiType", 0, 1, 1, int_type, &di, 1, critical);
    1068         if (di >= 0 && di < 2) {
    1069                 config::PsiType = di;
    1070         } else {
    1071                 fprintf(stderr, "0 <= PsiType < 2: 0 UseSpinDouble, 1 UseSpinUpDown");
    1072                 exit(1);
    1073         }
    1074         switch (config::PsiType) {
    1075         case 0: // SpinDouble
    1076                 ParseForParameter(verbose,file,"MaxPsiDouble", 0, 1, 1, int_type, &(config::MaxPsiDouble), 1, critical);
    1077                 config::AddPsis = 0;
    1078                 break;
    1079         case 1: // SpinUpDown
    1080                 if (config::ProcPEGamma % 2) config::ProcPEGamma*=2;
    1081                 ParseForParameter(verbose,file,"MaxPsiUp", 0, 1, 1, int_type, &(config::PsiMaxNoUp), 1, critical);
    1082                 ParseForParameter(verbose,file,"MaxPsiDown", 0, 1, 1, int_type, &(config::PsiMaxNoDown), 1, critical);
    1083                 config::AddPsis = 0;
    1084                 break;
    1085         }
    1086 
    1087         // IonsInitRead
    1088 
    1089         ParseForParameter(verbose,file,"RCut", 0, 1, 1, double_type, &(config::RCut), 1, critical);
    1090         ParseForParameter(verbose,file,"IsAngstroem", 0, 1, 1, int_type, &(config::IsAngstroem), 1, critical);
    1091         config::RelativeCoord = 0;
    1092         config::StructOpt = 0;
    1093 
    1094         // Routine from builder.cpp
    1095 
    1096 
    1097         for (i=MAX_ELEMENTS;i--;)
    1098                 elementhash[i] = NULL;
    1099         cout << Verbose(0) << "Parsing Ions ..." << endl;
    1100         No=0;
    1101         found = 0;
    1102         while (getline(*file,zeile,'\n')) {
    1103                 if (zeile.find("Ions_Data") == 0) {
    1104                         cout << Verbose(1) << "found Ions_Data...begin parsing" << endl;
    1105                         found ++;
    1106                 }
    1107                 if (found > 0) {
    1108                         if (zeile.find("Ions_Data") == 0)
    1109                                 getline(*file,zeile,'\n'); // read next line and parse this one
    1110                         istringstream input(zeile);
    1111                         input >> AtomNo;        // number of atoms
    1112                         input >> Z;                      // atomic number
    1113                         input >> a;
    1114                         input >> l;
    1115                         input >> l;
    1116                         input >> b;              // element mass
    1117                         elementhash[No] = periode->FindElement(Z);
    1118                         cout << Verbose(1) << "AtomNo: " << AtomNo << "\tZ: " << Z << "\ta:" << a << "\tl:"     << l << "\b:" << b << "\tElement:" << elementhash[No] << "\t:" << endl;
    1119                         for(i=0;i<AtomNo;i++) {
    1120                                 if (!getline(*file,zeile,'\n')) {// parse on and on
    1121                                         cout << Verbose(2) << "Error: Too few items in ionic list of element" << elementhash[No] << "." << endl << "Exiting." << endl;
    1122                                         // return 1;
    1123                                 } else {
    1124                                         //cout << Verbose(2) << "Reading line: " << zeile << endl;
    1125                                 }
    1126                                 istringstream input2(zeile);
    1127                                 atom *neues = new atom();
    1128                                 input2 >> neues->x.x[0]; // x
    1129                                 input2 >> neues->x.x[1]; // y
    1130                                 input2 >> neues->x.x[2]; // z
    1131                                 input2 >> l;
    1132                                 neues->type = elementhash[No]; // find element type
    1133                                 mol->AddAtom(neues);
    1134                         }
    1135                         No++;
    1136                 }
    1137         }
    1138         file->close();
    1139         delete(file);
     945  ifstream *file = new ifstream(filename);
     946  if (file == NULL) {
     947    cerr << "ERROR: config file " << filename << " missing!" << endl;
     948    return;
     949  }
     950  RetrieveConfigPathAndName(filename);
     951  // ParseParameters
     952
     953  /* Oeffne Hauptparameterdatei */
     954  int l, i, di;
     955  double a,b;
     956  double BoxLength[9];
     957  string zeile;
     958  string dummy;
     959  element *elementhash[128];
     960  int Z, No, AtomNo, found;
     961  int verbose = 0;
     962
     963  /* Namen einlesen */
     964
     965  ParseForParameter(verbose,file, "mainname", 0, 1, 1, string_type, (config::mainname), 1, critical);
     966  ParseForParameter(verbose,file, "defaultpath", 0, 1, 1, string_type, (config::defaultpath), 1, critical);
     967  ParseForParameter(verbose,file, "pseudopotpath", 0, 1, 1, string_type, (config::pseudopotpath), 1, critical);
     968  ParseForParameter(verbose,file, "ProcsGammaPsi", 0, 1, 1, int_type, &(config::ProcPEGamma), 1, critical);
     969  ParseForParameter(verbose,file, "ProcsGammaPsi", 0, 2, 1, int_type, &(config::ProcPEPsi), 1, critical);
     970  config::Seed = 1;
     971  config::DoOutOrbitals = 0;
     972  ParseForParameter(verbose,file,"DoOutVis", 0, 1, 1, int_type, &(config::DoOutVis), 1, critical);
     973  if (config::DoOutVis < 0) config::DoOutVis = 0;
     974  if (config::DoOutVis > 1) config::DoOutVis = 1;
     975  config::VectorPlane = -1;
     976  config::VectorCut = 0.;
     977  ParseForParameter(verbose,file,"DoOutMes", 0, 1, 1, int_type, &(config::DoOutMes), 1, critical);
     978  if (config::DoOutMes < 0) config::DoOutMes = 0;
     979  if (config::DoOutMes > 1) config::DoOutMes = 1;
     980  config::DoOutCurrent = 0;
     981  ParseForParameter(verbose,file,"AddGramSch", 0, 1, 1, int_type, &(config::UseAddGramSch), 1, critical);
     982  if (config::UseAddGramSch < 0) config::UseAddGramSch = 0;
     983  if (config::UseAddGramSch > 2) config::UseAddGramSch = 2;
     984  config::CommonWannier = 0;
     985  config::SawtoothStart = 0.01;
     986
     987  ParseForParameter(verbose,file,"MaxOuterStep", 0, 1, 1, double_type, &(config::MaxOuterStep), 1, critical);
     988  ParseForParameter(verbose,file,"Deltat", 0, 1, 1, double_type, &(config::Deltat), 1, optional);
     989  ParseForParameter(verbose,file,"VisOuterStep", 0, 1, 1, int_type, &(config::OutVisStep), 1, optional);
     990  ParseForParameter(verbose,file,"VisSrcOuterStep", 0, 1, 1, int_type, &(config::OutSrcStep), 1, optional);
     991  ParseForParameter(verbose,file,"TargetTemp", 0, 1, 1, double_type, &(config::TargetTemp), 1, optional);
     992  ParseForParameter(verbose,file,"ScaleTempStep", 0, 1, 1, int_type, &(config::ScaleTempStep), 1, optional);
     993  config::EpsWannier = 1e-8;
     994
     995  // stop conditions
     996  //if (config::MaxOuterStep <= 0) config::MaxOuterStep = 1;
     997  ParseForParameter(verbose,file,"MaxPsiStep", 0, 1, 1, int_type, &(config::MaxPsiStep), 1, critical);
     998  if (config::MaxPsiStep <= 0) config::MaxPsiStep = 3;
     999
     1000  ParseForParameter(verbose,file,"MaxMinStep", 0, 1, 1, int_type, &(config::MaxMinStep), 1, critical);
     1001  ParseForParameter(verbose,file,"MaxMinStep", 0, 2, 1, double_type, &(config::RelEpsTotalEnergy), 1, critical);
     1002  ParseForParameter(verbose,file,"MaxMinStep", 0, 3, 1, double_type, &(config::RelEpsKineticEnergy), 1, critical);
     1003  ParseForParameter(verbose,file,"MaxMinStep", 0, 4, 1, int_type, &(config::MaxMinStopStep), 1, critical);
     1004  if (config::MaxMinStep <= 0) config::MaxMinStep = config::MaxPsiStep;
     1005  if (config::MaxMinStopStep < 1) config::MaxMinStopStep = 1;
     1006  config::MaxMinGapStopStep = 1;
     1007
     1008  ParseForParameter(verbose,file,"MaxInitMinStep", 0, 1, 1, int_type, &(config::MaxInitMinStep), 1, critical);
     1009  ParseForParameter(verbose,file,"MaxInitMinStep", 0, 2, 1, double_type, &(config::InitRelEpsTotalEnergy), 1, critical);
     1010  ParseForParameter(verbose,file,"MaxInitMinStep", 0, 3, 1, double_type, &(config::InitRelEpsKineticEnergy), 1, critical);
     1011  ParseForParameter(verbose,file,"MaxInitMinStep", 0, 4, 1, int_type, &(config::InitMaxMinStopStep), 1, critical);
     1012  if (config::MaxInitMinStep <= 0) config::MaxInitMinStep = config::MaxPsiStep;
     1013  if (config::InitMaxMinStopStep < 1) config::InitMaxMinStopStep = 1;
     1014  config::InitMaxMinGapStopStep = 1;
     1015
     1016  ParseForParameter(verbose,file, "BoxLength", 0, 3, 3, lower_trigrid, BoxLength, 1, critical); /* Lattice->RealBasis */
     1017  mol->cell_size[0] = BoxLength[0];
     1018  mol->cell_size[1] = BoxLength[3];
     1019  mol->cell_size[2] = BoxLength[4];
     1020  mol->cell_size[3] = BoxLength[6];
     1021  mol->cell_size[4] = BoxLength[7];
     1022  mol->cell_size[5] = BoxLength[8];
     1023  if (1) fprintf(stderr,"\n");
     1024  config::DoPerturbation = 0;
     1025  config::DoFullCurrent = 0;
     1026
     1027  ParseForParameter(verbose,file,"ECut", 0, 1, 1, double_type, &(config::ECut), 1, critical);
     1028  ParseForParameter(verbose,file,"MaxLevel", 0, 1, 1, int_type, &(config::MaxLevel), 1, critical);
     1029  ParseForParameter(verbose,file,"Level0Factor", 0, 1, 1, int_type, &(config::Lev0Factor), 1, critical);
     1030  if (config::Lev0Factor < 2) {
     1031    config::Lev0Factor = 2;
     1032  }
     1033  ParseForParameter(verbose,file,"RiemannTensor", 0, 1, 1, int_type, &di, 1, critical);
     1034  if (di >= 0 && di < 2) {
     1035    config::RiemannTensor = di;
     1036  } else {
     1037    fprintf(stderr, "0 <= RiemanTensor < 2: 0 UseNotRT, 1 UseRT");
     1038    exit(1);
     1039  }
     1040  switch (config::RiemannTensor) {
     1041    case 0: //UseNoRT
     1042      if (config::MaxLevel < 2) {
     1043        config::MaxLevel = 2;
     1044      }
     1045      config::LevRFactor = 2;
     1046      config::RTActualUse = 0;
     1047      break;
     1048    case 1: // UseRT
     1049      if (config::MaxLevel < 3) {
     1050        config::MaxLevel = 3;
     1051      }
     1052      ParseForParameter(verbose,file,"RiemannLevel", 0, 1, 1, int_type, &(config::RiemannLevel), 1, critical);
     1053      if (config::RiemannLevel < 2) {
     1054        config::RiemannLevel = 2;
     1055      }
     1056      if (config::RiemannLevel > config::MaxLevel-1) {
     1057        config::RiemannLevel = config::MaxLevel-1;
     1058      }
     1059      ParseForParameter(verbose,file,"LevRFactor", 0, 1, 1, int_type, &(config::LevRFactor), 1, critical);
     1060      if (config::LevRFactor < 2) {
     1061        config::LevRFactor = 2;
     1062      }
     1063      config::Lev0Factor = 2;
     1064      config::RTActualUse = 2;
     1065      break;
     1066  }
     1067  ParseForParameter(verbose,file,"PsiType", 0, 1, 1, int_type, &di, 1, critical);
     1068  if (di >= 0 && di < 2) {
     1069    config::PsiType = di;
     1070  } else {
     1071    fprintf(stderr, "0 <= PsiType < 2: 0 UseSpinDouble, 1 UseSpinUpDown");
     1072    exit(1);
     1073  }
     1074  switch (config::PsiType) {
     1075  case 0: // SpinDouble
     1076    ParseForParameter(verbose,file,"MaxPsiDouble", 0, 1, 1, int_type, &(config::MaxPsiDouble), 1, critical);
     1077    config::AddPsis = 0;
     1078    break;
     1079  case 1: // SpinUpDown
     1080    if (config::ProcPEGamma % 2) config::ProcPEGamma*=2;
     1081    ParseForParameter(verbose,file,"MaxPsiUp", 0, 1, 1, int_type, &(config::PsiMaxNoUp), 1, critical);
     1082    ParseForParameter(verbose,file,"MaxPsiDown", 0, 1, 1, int_type, &(config::PsiMaxNoDown), 1, critical);
     1083    config::AddPsis = 0;
     1084    break;
     1085  }
     1086
     1087  // IonsInitRead
     1088
     1089  ParseForParameter(verbose,file,"RCut", 0, 1, 1, double_type, &(config::RCut), 1, critical);
     1090  ParseForParameter(verbose,file,"IsAngstroem", 0, 1, 1, int_type, &(config::IsAngstroem), 1, critical);
     1091  config::RelativeCoord = 0;
     1092  config::StructOpt = 0;
     1093
     1094  // Routine from builder.cpp
     1095
     1096
     1097  for (i=MAX_ELEMENTS;i--;)
     1098    elementhash[i] = NULL;
     1099  cout << Verbose(0) << "Parsing Ions ..." << endl;
     1100  No=0;
     1101  found = 0;
     1102  while (getline(*file,zeile,'\n')) {
     1103    if (zeile.find("Ions_Data") == 0) {
     1104      cout << Verbose(1) << "found Ions_Data...begin parsing" << endl;
     1105      found ++;
     1106    }
     1107    if (found > 0) {
     1108      if (zeile.find("Ions_Data") == 0)
     1109        getline(*file,zeile,'\n'); // read next line and parse this one
     1110      istringstream input(zeile);
     1111      input >> AtomNo;  // number of atoms
     1112      input >> Z;      // atomic number
     1113      input >> a;
     1114      input >> l;
     1115      input >> l;
     1116      input >> b;    // element mass
     1117      elementhash[No] = periode->FindElement(Z);
     1118      cout << Verbose(1) << "AtomNo: " << AtomNo << "\tZ: " << Z << "\ta:" << a << "\tl:"  << l << "\b:" << b << "\tElement:" << elementhash[No] << "\t:" << endl;
     1119      for(i=0;i<AtomNo;i++) {
     1120        if (!getline(*file,zeile,'\n')) {// parse on and on
     1121          cout << Verbose(2) << "Error: Too few items in ionic list of element" << elementhash[No] << "." << endl << "Exiting." << endl;
     1122          // return 1;
     1123        } else {
     1124          //cout << Verbose(2) << "Reading line: " << zeile << endl;
     1125        }
     1126        istringstream input2(zeile);
     1127        atom *neues = new atom();
     1128        input2 >> neues->x.x[0]; // x
     1129        input2 >> neues->x.x[1]; // y
     1130        input2 >> neues->x.x[2]; // z
     1131        input2 >> l;
     1132        neues->type = elementhash[No]; // find element type
     1133        mol->AddAtom(neues);
     1134      }
     1135      No++;
     1136    }
     1137  }
     1138  file->close();
     1139  delete(file);
    11401140};
    11411141
    … …  
    11471147bool config::Save(const char *filename, periodentafel *periode, molecule *mol) const
    11481148{
    1149         bool result = true;
    1150         // bring MaxTypes up to date
    1151         mol->CountElements();
    1152         ofstream *output = NULL;
    1153         output = new ofstream(filename, ios::out);
    1154         if (output != NULL) {
    1155                 *output << "# ParallelCarParinello - main configuration file - created with molecuilder" << endl;
    1156                 *output << endl;
    1157                 *output << "mainname\t" << config::mainname << "\t# programm name (for runtime files)" << endl;
    1158                 *output << "defaultpath\t" << config::defaultpath << "\t# where to put files during runtime" << endl;
    1159                 *output << "pseudopotpath\t" << config::pseudopotpath << "\t# where to find pseudopotentials" << endl;
    1160                 *output << endl;
    1161                 *output << "ProcPEGamma\t" << config::ProcPEGamma << "\t# for parallel computing: share constants" << endl;
    1162                 *output << "ProcPEPsi\t" << config::ProcPEPsi << "\t# for parallel computing: share wave functions" << endl;
    1163                 *output << "DoOutVis\t" << config::DoOutVis << "\t# Output data for OpenDX" << endl;
    1164                 *output << "DoOutMes\t" << config::DoOutMes << "\t# Output data for measurements" << endl;
    1165                 *output << "DoOutOrbitals\t" << config::DoOutOrbitals << "\t# Output all Orbitals" << endl;
    1166                 *output << "DoOutCurr\t" << config::DoOutCurrent << "\t# Ouput current density for OpenDx" << endl;
    1167                 *output << "DoOutNICS\t" << config::DoOutNICS << "\t# Output Nucleus independent current shieldings" << endl;
    1168                 *output << "DoPerturbation\t" << config::DoPerturbation << "\t# Do perturbation calculate and determine susceptibility and shielding" << endl;
    1169                 *output << "DoFullCurrent\t" << config::DoFullCurrent << "\t# Do full perturbation" << endl;
    1170                 *output << "CommonWannier\t" << config::CommonWannier << "\t# Put virtual centers at indivual orbits, all common, merged by variance, to grid point, to cell center" << endl;
    1171                 *output << "SawtoothStart\t" << config::SawtoothStart << "\t# Absolute value for smooth transition at cell border " << endl;
    1172                 *output << "VectorPlane\t" << config::VectorPlane << "\t# Cut plane axis (x, y or z: 0,1,2) for two-dim current vector plot" << endl;
    1173                 *output << "VectorCut\t" << config::VectorCut << "\t# Cut plane axis value" << endl;
    1174                 *output << "AddGramSch\t" << config::UseAddGramSch << "\t# Additional GramSchmidtOrtogonalization to be safe" << endl;
    1175                 *output << "Seed\t\t" << config::Seed << "\t# initial value for random seed for Psi coefficients" << endl;
    1176                 *output << endl;
    1177                 *output << "MaxOuterStep\t" << config::MaxOuterStep << "\t# number of MolecularDynamics/Structure optimization steps" << endl;
    1178                 *output << "Deltat\t" << config::Deltat << "\t# time per MD step" << endl;
    1179                 *output << "OutVisStep\t" << config::OutVisStep << "\t# Output visual data every ...th step" << endl;
    1180                 *output << "OutSrcStep\t" << config::OutSrcStep << "\t# Output \"restart\" data every ..th step" << endl;
    1181                 *output << "TargetTemp\t" << config::TargetTemp << "\t# Target temperature" << endl;
    1182                 *output << "MaxPsiStep\t" << config::MaxPsiStep << "\t# number of Minimisation steps per state (0 - default)" << endl;
    1183                 *output << "EpsWannier\t" << config::EpsWannier << "\t# tolerance value for spread minimisation of orbitals" << endl;
    1184                 *output << endl;
    1185                 *output << "# Values specifying when to stop" << endl;
    1186                 *output << "MaxMinStep\t" << config::MaxMinStep << "\t# Maximum number of steps" << endl;
    1187                 *output << "RelEpsTotalE\t" << config::RelEpsTotalEnergy << "\t# relative change in total energy" << endl;
    1188                 *output << "RelEpsKineticE\t" << config::RelEpsKineticEnergy << "\t# relative change in kinetic energy" << endl;
    1189                 *output << "MaxMinStopStep\t" << config::MaxMinStopStep << "\t# check every ..th steps" << endl;
    1190                 *output << "MaxMinGapStopStep\t" << config::MaxMinGapStopStep << "\t# check every ..th steps" << endl;
    1191                 *output << endl;
    1192                 *output << "# Values specifying when to stop for INIT, otherwise same as above" << endl;
    1193                 *output << "MaxInitMinStep\t" << config::MaxInitMinStep << "\t# Maximum number of steps" << endl;
    1194                 *output << "InitRelEpsTotalE\t" << config::InitRelEpsTotalEnergy << "\t# relative change in total energy" << endl;
    1195                 *output << "InitRelEpsKineticE\t" << config::InitRelEpsKineticEnergy << "\t# relative change in kinetic energy" << endl;
    1196                 *output << "InitMaxMinStopStep\t" << config::InitMaxMinStopStep << "\t# check every ..th steps" << endl;
    1197                 *output << "InitMaxMinGapStopStep\t" << config::InitMaxMinGapStopStep << "\t# check every ..th steps" << endl;
    1198                 *output << endl;
    1199                 *output << "BoxLength\t\t\t# (Length of a unit cell)" << endl;
    1200                 *output << mol->cell_size[0] << "\t" << endl;
    1201                 *output << mol->cell_size[1] << "\t" << mol->cell_size[2] << "\t" << endl;
    1202                 *output << mol->cell_size[3] << "\t" << mol->cell_size[4] << "\t" << mol->cell_size[5] << "\t" << endl;
    1203                 // FIXME
    1204                 *output << endl;
    1205                 *output << "ECut\t\t" << config::ECut << "\t# energy cutoff for discretization in Hartrees" << endl;
    1206                 *output << "MaxLevel\t" << config::MaxLevel << "\t# number of different levels in the code, >=2" << endl;
    1207                 *output << "Level0Factor\t" << config::Lev0Factor << "\t# factor by which node number increases from S to 0 level" << endl;
    1208                 *output << "RiemannTensor\t" << config::RiemannTensor << "\t# (Use metric)" << endl;
    1209                 switch (config::RiemannTensor) {
    1210                         case 0: //UseNoRT
    1211                                 break;
    1212                         case 1: // UseRT
    1213                                 *output << "RiemannLevel\t" << config::RiemannLevel << "\t# Number of Riemann Levels" << endl;
    1214                                 *output << "LevRFactor\t" << config::LevRFactor << "\t# factor by which node number increases from 0 to R level from" << endl;
    1215                                 break;
    1216                 }
    1217                 *output << "PsiType\t\t" << config::PsiType << "\t# 0 - doubly occupied, 1 - SpinUp,SpinDown" << endl;
    1218                 // write out both types for easier changing afterwards
    1219         //      switch (PsiType) {
    1220         //              case 0:
    1221                                 *output << "MaxPsiDouble\t" << config::MaxPsiDouble << "\t# here: specifying both maximum number of SpinUp- and -Down-states" << endl;
    1222         //                      break;
    1223         //              case 1:
    1224                                 *output << "PsiMaxNoUp\t" << config::PsiMaxNoUp << "\t# here: specifying maximum number of SpinUp-states" << endl;
    1225                                 *output << "PsiMaxNoDown\t" << config::PsiMaxNoDown << "\t# here: specifying maximum number of SpinDown-states" << endl;
    1226         //                      break;
    1227         //      }
    1228                 *output << "AddPsis\t\t" << config::AddPsis << "\t# Additional unoccupied Psis for bandgap determination" << endl;
    1229                 *output << endl;
    1230                 *output << "RCut\t\t" << config::RCut << "\t# R-cut for the ewald summation" << endl;
    1231                 *output << "StructOpt\t" << config::StructOpt << "\t# Do structure optimization beforehand" << endl;
    1232                 *output << "IsAngstroem\t" << config::IsAngstroem << "\t# 0 - Bohr, 1 - Angstroem" << endl;
    1233                 *output << "RelativeCoord\t" << config::RelativeCoord << "\t# whether ion coordinates are relative (1) or absolute (0)" << endl;
    1234                 *output << "MaxTypes\t" << mol->ElementCount << "\t# maximum number of different ion types" << endl;
    1235                 *output << endl;
    1236                 result = result && mol->Checkout(output);
    1237                 if (mol->MDSteps <=1 )
    1238                         result = result && mol->Output(output);
    1239                 else
    1240                         result = result && mol->OutputTrajectories(output);
    1241                 output->close();
    1242                 output->clear();
    1243                 delete(output);
    1244                 return result;
    1245         } else
    1246                 return false;
     1149  bool result = true;
     1150  // bring MaxTypes up to date
     1151  mol->CountElements();
     1152  ofstream *output = NULL;
     1153  output = new ofstream(filename, ios::out);
     1154  if (output != NULL) {
     1155    *output << "# ParallelCarParinello - main configuration file - created with molecuilder" << endl;
     1156    *output << endl;
     1157    *output << "mainname\t" << config::mainname << "\t# programm name (for runtime files)" << endl;
     1158    *output << "defaultpath\t" << config::defaultpath << "\t# where to put files during runtime" << endl;
     1159    *output << "pseudopotpath\t" << config::pseudopotpath << "\t# where to find pseudopotentials" << endl;
     1160    *output << endl;
     1161    *output << "ProcPEGamma\t" << config::ProcPEGamma << "\t# for parallel computing: share constants" << endl;
     1162    *output << "ProcPEPsi\t" << config::ProcPEPsi << "\t# for parallel computing: share wave functions" << endl;
     1163    *output << "DoOutVis\t" << config::DoOutVis << "\t# Output data for OpenDX" << endl;
     1164    *output << "DoOutMes\t" << config::DoOutMes << "\t# Output data for measurements" << endl;
     1165    *output << "DoOutOrbitals\t" << config::DoOutOrbitals << "\t# Output all Orbitals" << endl;
     1166    *output << "DoOutCurr\t" << config::DoOutCurrent << "\t# Ouput current density for OpenDx" << endl;
     1167    *output << "DoOutNICS\t" << config::DoOutNICS << "\t# Output Nucleus independent current shieldings" << endl;
     1168    *output << "DoPerturbation\t" << config::DoPerturbation << "\t# Do perturbation calculate and determine susceptibility and shielding" << endl;
     1169    *output << "DoFullCurrent\t" << config::DoFullCurrent << "\t# Do full perturbation" << endl;
     1170    *output << "CommonWannier\t" << config::CommonWannier << "\t# Put virtual centers at indivual orbits, all common, merged by variance, to grid point, to cell center" << endl;
     1171    *output << "SawtoothStart\t" << config::SawtoothStart << "\t# Absolute value for smooth transition at cell border " << endl;
     1172    *output << "VectorPlane\t" << config::VectorPlane << "\t# Cut plane axis (x, y or z: 0,1,2) for two-dim current vector plot" << endl;
     1173    *output << "VectorCut\t" << config::VectorCut << "\t# Cut plane axis value" << endl;
     1174    *output << "AddGramSch\t" << config::UseAddGramSch << "\t# Additional GramSchmidtOrtogonalization to be safe" << endl;
     1175    *output << "Seed\t\t" << config::Seed << "\t# initial value for random seed for Psi coefficients" << endl;
     1176    *output << endl;
     1177    *output << "MaxOuterStep\t" << config::MaxOuterStep << "\t# number of MolecularDynamics/Structure optimization steps" << endl;
     1178    *output << "Deltat\t" << config::Deltat << "\t# time per MD step" << endl;
     1179    *output << "OutVisStep\t" << config::OutVisStep << "\t# Output visual data every ...th step" << endl;
     1180    *output << "OutSrcStep\t" << config::OutSrcStep << "\t# Output \"restart\" data every ..th step" << endl;
     1181    *output << "TargetTemp\t" << config::TargetTemp << "\t# Target temperature" << endl;
     1182    *output << "MaxPsiStep\t" << config::MaxPsiStep << "\t# number of Minimisation steps per state (0 - default)" << endl;
     1183    *output << "EpsWannier\t" << config::EpsWannier << "\t# tolerance value for spread minimisation of orbitals" << endl;
     1184    *output << endl;
     1185    *output << "# Values specifying when to stop" << endl;
     1186    *output << "MaxMinStep\t" << config::MaxMinStep << "\t# Maximum number of steps" << endl;
     1187    *output << "RelEpsTotalE\t" << config::RelEpsTotalEnergy << "\t# relative change in total energy" << endl;
     1188    *output << "RelEpsKineticE\t" << config::RelEpsKineticEnergy << "\t# relative change in kinetic energy" << endl;
     1189    *output << "MaxMinStopStep\t" << config::MaxMinStopStep << "\t# check every ..th steps" << endl;
     1190    *output << "MaxMinGapStopStep\t" << config::MaxMinGapStopStep << "\t# check every ..th steps" << endl;
     1191    *output << endl;
     1192    *output << "# Values specifying when to stop for INIT, otherwise same as above" << endl;
     1193    *output << "MaxInitMinStep\t" << config::MaxInitMinStep << "\t# Maximum number of steps" << endl;
     1194    *output << "InitRelEpsTotalE\t" << config::InitRelEpsTotalEnergy << "\t# relative change in total energy" << endl;
     1195    *output << "InitRelEpsKineticE\t" << config::InitRelEpsKineticEnergy << "\t# relative change in kinetic energy" << endl;
     1196    *output << "InitMaxMinStopStep\t" << config::InitMaxMinStopStep << "\t# check every ..th steps" << endl;
     1197    *output << "InitMaxMinGapStopStep\t" << config::InitMaxMinGapStopStep << "\t# check every ..th steps" << endl;
     1198    *output << endl;
     1199    *output << "BoxLength\t\t\t# (Length of a unit cell)" << endl;
     1200    *output << mol->cell_size[0] << "\t" << endl;
     1201    *output << mol->cell_size[1] << "\t" << mol->cell_size[2] << "\t" << endl;
     1202    *output << mol->cell_size[3] << "\t" << mol->cell_size[4] << "\t" << mol->cell_size[5] << "\t" << endl;
     1203    // FIXME
     1204    *output << endl;
     1205    *output << "ECut\t\t" << config::ECut << "\t# energy cutoff for discretization in Hartrees" << endl;
     1206    *output << "MaxLevel\t" << config::MaxLevel << "\t# number of different levels in the code, >=2" << endl;
     1207    *output << "Level0Factor\t" << config::Lev0Factor << "\t# factor by which node number increases from S to 0 level" << endl;
     1208    *output << "RiemannTensor\t" << config::RiemannTensor << "\t# (Use metric)" << endl;
     1209    switch (config::RiemannTensor) {
     1210      case 0: //UseNoRT
     1211        break;
     1212      case 1: // UseRT
     1213        *output << "RiemannLevel\t" << config::RiemannLevel << "\t# Number of Riemann Levels" << endl;
     1214        *output << "LevRFactor\t" << config::LevRFactor << "\t# factor by which node number increases from 0 to R level from" << endl;
     1215        break;
     1216    }
     1217    *output << "PsiType\t\t" << config::PsiType << "\t# 0 - doubly occupied, 1 - SpinUp,SpinDown" << endl;
     1218    // write out both types for easier changing afterwards
     1219  //  switch (PsiType) {
     1220  //    case 0:
     1221        *output << "MaxPsiDouble\t" << config::MaxPsiDouble << "\t# here: specifying both maximum number of SpinUp- and -Down-states" << endl;
     1222  //      break;
     1223  //    case 1:
     1224        *output << "PsiMaxNoUp\t" << config::PsiMaxNoUp << "\t# here: specifying maximum number of SpinUp-states" << endl;
     1225        *output << "PsiMaxNoDown\t" << config::PsiMaxNoDown << "\t# here: specifying maximum number of SpinDown-states" << endl;
     1226  //      break;
     1227  //  }
     1228    *output << "AddPsis\t\t" << config::AddPsis << "\t# Additional unoccupied Psis for bandgap determination" << endl;
     1229    *output << endl;
     1230    *output << "RCut\t\t" << config::RCut << "\t# R-cut for the ewald summation" << endl;
     1231    *output << "StructOpt\t" << config::StructOpt << "\t# Do structure optimization beforehand" << endl;
     1232    *output << "IsAngstroem\t" << config::IsAngstroem << "\t# 0 - Bohr, 1 - Angstroem" << endl;
     1233    *output << "RelativeCoord\t" << config::RelativeCoord << "\t# whether ion coordinates are relative (1) or absolute (0)" << endl;
     1234    *output << "MaxTypes\t" << mol->ElementCount <<  "\t# maximum number of different ion types" << endl;
     1235    *output << endl;
     1236    result = result && mol->Checkout(output);
     1237    if (mol->MDSteps <=1 )
     1238      result = result && mol->Output(output);
     1239    else
     1240      result = result && mol->OutputTrajectories(output);
     1241    output->close();
     1242    output->clear();
     1243    delete(output);
     1244    return result;
     1245  } else
     1246    return false;
    12471247};
    12481248
    … …  
    12541254bool config::SaveMPQC(const char *filename, molecule *mol) const
    12551255{
    1256         int ElementNo = 0;
    1257         int AtomNo;
    1258         atom *Walker = NULL;
    1259         element *runner = NULL;
    1260         Vector *center = NULL;
    1261         ofstream *output = NULL;
    1262         stringstream *fname = NULL;
    1263 
    1264         // first without hessian
    1265         fname = new stringstream;
    1266         *fname << filename << ".in";
    1267         output = new ofstream(fname->str().c_str(), ios::out);
    1268         *output << "% Created by MoleCuilder" << endl;
    1269         *output << "mpqc: (" << endl;
    1270         *output << "\tsavestate = no" << endl;
    1271         *output << "\tdo_gradient = yes" << endl;
    1272         *output << "\tmole<MBPT2>: (" << endl;
    1273         *output << "\t\tmaxiter = 200" << endl;
    1274         *output << "\t\tbasis = $:basis" << endl;
    1275         *output << "\t\tmolecule = $:molecule" << endl;
    1276         *output << "\t\treference<CLHF>: (" << endl;
    1277         *output << "\t\t\tbasis = $:basis" << endl;
    1278         *output << "\t\t\tmolecule = $:molecule" << endl;
    1279         *output << "\t\t)" << endl;
    1280         *output << "\t)" << endl;
    1281         *output << ")" << endl;
    1282         *output << "molecule<Molecule>: (" << endl;
    1283         *output << "\tunit = " << (IsAngstroem ? "angstrom" : "bohr" ) << endl;
    1284         *output << "\t{ atoms geometry } = {" << endl;
    1285         center = mol->DetermineCenterOfAll(output);
    1286         // output of atoms
    1287         runner = mol->elemente->start;
    1288         while (runner->next != mol->elemente->end) { // go through every element
    1289                 runner = runner->next;
    1290                 if (mol->ElementsInMolecule[runner->Z]) { // if this element got atoms
    1291                         ElementNo++;
    1292                         AtomNo = 0;
    1293                         Walker = mol->start;
    1294                         while (Walker->next != mol->end) { // go through every atom of this element
    1295                                 Walker = Walker->next;
    1296                                 if (Walker->type == runner) { // if this atom fits to element
    1297                                         AtomNo++;
    1298                                         *output << "\t\t" << Walker->type->symbol << " [ " << Walker->x.x[0]-center->x[0] << "\t" << Walker->x.x[1]-center->x[1] << "\t" << Walker->x.x[2]-center->x[2] << " ]" << endl;
    1299                                 }
    1300                         }
    1301                 }
    1302         }
    1303         delete(center);
    1304         *output << "\t}" << endl;
    1305         *output << ")" << endl;
    1306         *output << "basis<GaussianBasisSet>: (" << endl;
    1307         *output << "\tname = \""<< basis << "\"" << endl;
    1308         *output << "\tmolecule = $:molecule" << endl;
    1309         *output << ")" << endl;
    1310         output->close();
    1311         delete(output);
    1312         delete(fname);
    1313 
    1314         // second with hessian
    1315         fname = new stringstream;
    1316         *fname << filename << ".hess.in";
    1317         output = new ofstream(fname->str().c_str(), ios::out);
    1318         *output << "% Created by MoleCuilder" << endl;
    1319         *output << "mpqc: (" << endl;
    1320         *output << "\tsavestate = no" << endl;
    1321         *output << "\tdo_gradient = yes" << endl;
    1322         *output << "\tmole<CLHF>: (" << endl;
    1323         *output << "\t\tmaxiter = 200" << endl;
    1324         *output << "\t\tbasis = $:basis" << endl;
    1325         *output << "\t\tmolecule = $:molecule" << endl;
    1326         *output << "\t)" << endl;
    1327         *output << "\tfreq<MolecularFrequencies>: (" << endl;
    1328         *output << "\t\tmolecule=$:molecule" << endl;
    1329         *output << "\t)" << endl;
    1330         *output << ")" << endl;
    1331         *output << "molecule<Molecule>: (" << endl;
    1332         *output << "\tunit = " << (IsAngstroem ? "angstrom" : "bohr" ) << endl;
    1333         *output << "\t{ atoms geometry } = {" << endl;
    1334         center = mol->DetermineCenterOfAll(output);
    1335         // output of atoms
    1336         runner = mol->elemente->start;
    1337         while (runner->next != mol->elemente->end) { // go through every element
    1338                 runner = runner->next;
    1339                 if (mol->ElementsInMolecule[runner->Z]) { // if this element got atoms
    1340                         ElementNo++;
    1341                         AtomNo = 0;
    1342                         Walker = mol->start;
    1343                         while (Walker->next != mol->end) { // go through every atom of this element
    1344                                 Walker = Walker->next;
    1345                                 if (Walker->type == runner) { // if this atom fits to element
    1346                                         AtomNo++;
    1347                                         *output << "\t\t" << Walker->type->symbol << " [ " << Walker->x.x[0]-center->x[0] << "\t" << Walker->x.x[1]-center->x[1] << "\t" << Walker->x.x[2]-center->x[2] << " ]" << endl;
    1348                                 }
    1349                         }
    1350                 }
    1351         }
    1352         delete(center);
    1353         *output << "\t}" << endl;
    1354         *output << ")" << endl;
    1355         *output << "basis<GaussianBasisSet>: (" << endl;
    1356         *output << "\tname = \"3-21G\"" << endl;
    1357         *output << "\tmolecule = $:molecule" << endl;
    1358         *output << ")" << endl;
    1359         output->close();
    1360         delete(output);
    1361         delete(fname);
    1362 
    1363         return true;
     1256  int ElementNo = 0;
     1257  int AtomNo;
     1258  atom *Walker = NULL;
     1259  element *runner = NULL;
     1260  Vector *center = NULL;
     1261  ofstream *output = NULL;
     1262  stringstream *fname = NULL;
     1263
     1264  // first without hessian
     1265  fname = new stringstream;
     1266  *fname << filename << ".in";
     1267  output = new ofstream(fname->str().c_str(), ios::out);
     1268  *output << "% Created by MoleCuilder" << endl;
     1269  *output << "mpqc: (" << endl;
     1270  *output << "\tsavestate = no" << endl;
     1271  *output << "\tdo_gradient = yes" << endl;
     1272  *output << "\tmole<MBPT2>: (" << endl;
     1273  *output << "\t\tmaxiter = 200" << endl;
     1274  *output << "\t\tbasis = $:basis" << endl;
     1275  *output << "\t\tmolecule = $:molecule" << endl;
     1276  *output << "\t\treference<CLHF>: (" << endl;
     1277  *output << "\t\t\tbasis = $:basis" << endl;
     1278  *output << "\t\t\tmolecule = $:molecule" << endl;
     1279  *output << "\t\t)" << endl;
     1280  *output << "\t)" << endl;
     1281  *output << ")" << endl;
     1282  *output << "molecule<Molecule>: (" << endl;
     1283  *output << "\tunit = " << (IsAngstroem ? "angstrom" : "bohr" ) << endl;
     1284  *output << "\t{ atoms geometry } = {" << endl;
     1285  center = mol->DetermineCenterOfAll(output);
     1286  // output of atoms
     1287  runner = mol->elemente->start;
     1288  while (runner->next != mol->elemente->end) { // go through every element
     1289    runner = runner->next;
     1290    if (mol->ElementsInMolecule[runner->Z]) { // if this element got atoms
     1291      ElementNo++;
     1292      AtomNo = 0;
     1293      Walker = mol->start;
     1294      while (Walker->next != mol->end) { // go through every atom of this element
     1295        Walker = Walker->next;
     1296        if (Walker->type == runner) { // if this atom fits to element
     1297          AtomNo++;
     1298          *output << "\t\t" << Walker->type->symbol << " [ " << Walker->x.x[0]-center->x[0] << "\t" << Walker->x.x[1]-center->x[1] << "\t" << Walker->x.x[2]-center->x[2] << " ]" << endl;
     1299        }
     1300      }
     1301    }
     1302  }
     1303  delete(center);
     1304  *output << "\t}" << endl;
     1305  *output << ")" << endl;
     1306  *output << "basis<GaussianBasisSet>: (" << endl;
     1307  *output << "\tname = \""<< basis << "\"" << endl;
     1308  *output << "\tmolecule = $:molecule" << endl;
     1309  *output << ")" << endl;
     1310  output->close();
     1311  delete(output);
     1312  delete(fname);
     1313
     1314  // second with hessian
     1315  fname = new stringstream;
     1316  *fname << filename << ".hess.in";
     1317  output = new ofstream(fname->str().c_str(), ios::out);
     1318  *output << "% Created by MoleCuilder" << endl;
     1319  *output << "mpqc: (" << endl;
     1320  *output << "\tsavestate = no" << endl;
     1321  *output << "\tdo_gradient = yes" << endl;
     1322  *output << "\tmole<CLHF>: (" << endl;
     1323  *output << "\t\tmaxiter = 200" << endl;
     1324  *output << "\t\tbasis = $:basis" << endl;
     1325  *output << "\t\tmolecule = $:molecule" << endl;
     1326  *output << "\t)" << endl;
     1327  *output << "\tfreq<MolecularFrequencies>: (" << endl;
     1328  *output << "\t\tmolecule=$:molecule" << endl;
     1329  *output << "\t)" << endl;
     1330  *output << ")" << endl;
     1331  *output << "molecule<Molecule>: (" << endl;
     1332  *output << "\tunit = " << (IsAngstroem ? "angstrom" : "bohr" ) << endl;
     1333  *output << "\t{ atoms geometry } = {" << endl;
     1334  center = mol->DetermineCenterOfAll(output);
     1335  // output of atoms
     1336  runner = mol->elemente->start;
     1337  while (runner->next != mol->elemente->end) { // go through every element
     1338    runner = runner->next;
     1339    if (mol->ElementsInMolecule[runner->Z]) { // if this element got atoms
     1340      ElementNo++;
     1341      AtomNo = 0;
     1342      Walker = mol->start;
     1343      while (Walker->next != mol->end) { // go through every atom of this element
     1344        Walker = Walker->next;
     1345        if (Walker->type == runner) { // if this atom fits to element
     1346          AtomNo++;
     1347          *output << "\t\t" << Walker->type->symbol << " [ " << Walker->x.x[0]-center->x[0] << "\t" << Walker->x.x[1]-center->x[1] << "\t" << Walker->x.x[2]-center->x[2] << " ]" << endl;
     1348        }
     1349      }
     1350    }
     1351  }
     1352  delete(center);
     1353  *output << "\t}" << endl;
     1354  *output << ")" << endl;
     1355  *output << "basis<GaussianBasisSet>: (" << endl;
     1356  *output << "\tname = \"3-21G\"" << endl;
     1357  *output << "\tmolecule = $:molecule" << endl;
     1358  *output << ")" << endl;
     1359  output->close();
     1360  delete(output);
     1361  delete(fname);
     1362
     1363  return true;
    13641364};
    13651365
    … …  
    13731373 * \param name Name of value in file (at least 3 chars!)
    13741374 * \param sequential 1 - do not reset file pointer to begin of file, 0 - set to beginning
    1375  *                              (if file is sequentially parsed this can be way faster! However, beware of multiple values per line, as whole line is read -
    1376  *                              best approach: 0 0 0 1 (not resetted only on last value of line) - and of yth, which is now
    1377  *                              counted from this unresetted position!)
     1375 *        (if file is sequentially parsed this can be way faster! However, beware of multiple values per line, as whole line is read -
     1376 *        best approach: 0 0 0 1 (not resetted only on last value of line) - and of yth, which is now
     1377 *        counted from this unresetted position!)
    13781378 * \param xth Which among a number of parameters it is (in grid case it's row number as grid is read as a whole!)
    13791379 * \param yth In grid case specifying column number, otherwise the yth \a name matching line
    … …  
    13861386 */
    13871387int config::ParseForParameter(int verbose, ifstream *file, const char *name, int sequential, int const xth, int const yth, int type, void *value, int repetition, int critical) {
    1388         int i,j;        // loop variables
    1389         int length = 0, maxlength = -1;
    1390         long file_position = file->tellg(); // mark current position
    1391         char *dummy1, *dummy, *free_dummy;              // pointers in the line that is read in per step
    1392         dummy1 = free_dummy = (char *) Malloc(256 * sizeof(char), "config::ParseForParameter: *free_dummy");
    1393 
    1394         //fprintf(stderr,"Parsing for %s\n",name);
    1395         if (repetition == 0)
    1396                 //Error(SomeError, "ParseForParameter(): argument repetition must not be 0!");
    1397                 return 0;
    1398 
    1399         int line = 0; // marks line where parameter was found
    1400         int found = (type >= grid) ? 0 : (-yth + 1);    // marks if yth parameter name was found
    1401         while((found != repetition)) {
    1402                 dummy1 = dummy = free_dummy;
    1403                 do {
    1404                         file->getline(dummy1, 256); // Read the whole line
    1405                         if (file->eof()) {
    1406                                 if ((critical) && (found == 0)) {
    1407                                         Free((void **)&free_dummy, "config::ParseForParameter: *free_dummy");
    1408                                         //Error(InitReading, name);
    1409                                         fprintf(stderr,"Error:InitReading, critical %s not found\n", name);
    1410                                         exit(255);
    1411                                 } else {
    1412                                         //if (!sequential)
    1413                                         file->clear();
    1414                                         file->seekg(file_position, ios::beg);   // rewind to start position
    1415                                         Free((void **)&free_dummy, "config::ParseForParameter: *free_dummy");
    1416                                         return 0;
    1417                                 }
    1418                         }
    1419                         line++;
    1420                 } while (dummy != NULL && dummy1 != NULL && ((dummy1[0] == '#') || (dummy1[0] == '\0'))); // skip commentary and empty lines
    1421 
    1422                 // C++ getline removes newline at end, thus re-add
    1423                 if ((dummy1 != NULL) && (strchr(dummy1,'\n') == NULL)) {
    1424                         i = strlen(dummy1);
    1425                         dummy1[i] = '\n';
    1426                         dummy1[i+1] = '\0';
    1427                 }
    1428                 //fprintf(stderr,"line %i ends at %i, newline at %i\n", line, strlen(dummy1), strchr(dummy1,'\n')-free_dummy);
    1429 
    1430                 if (dummy1 == NULL) {
    1431                         if (verbose) fprintf(stderr,"Error reading line %i\n",line);
    1432                 } else {
    1433                         //fprintf(stderr,"Now parsing the line %i: %s\n", line, dummy1);
    1434                 }
    1435                 // Seek for possible end of keyword on line if given ...
    1436                 if (name != NULL) {
    1437                         dummy = strchr(dummy1,'\t');    // set dummy on first tab or space which ever's nearer
    1438                         if (dummy == NULL) {
    1439                                 dummy = strchr(dummy1, ' ');    // if not found seek for space
    1440                                 while ((dummy != NULL) && ((*dummy == '\t') || (*dummy == ' ')))                // skip some more tabs and spaces if necessary
    1441                                         dummy++;
    1442                         }
    1443                         if (dummy == NULL) {
    1444                                 dummy = strchr(dummy1, '\n'); // set on line end then (whole line = keyword)
    1445                                 //fprintf(stderr,"Error: Cannot find tabs or spaces on line %i in search for %s\n", line, name);
    1446                                 //Free((void **)&free_dummy);
    1447                                 //Error(FileOpenParams, NULL);
    1448                         } else {
    1449                                 //fprintf(stderr,"found tab at %i\n",(char *)dummy-(char *)dummy1);
    1450                         }
    1451                 } else dummy = dummy1;
    1452                 // ... and check if it is the keyword!
    1453                 //fprintf(stderr,"name %p, dummy %i/%c, dummy1 %i/%c, strlen(name) %i\n", &name, dummy, *dummy, dummy1, *dummy1, strlen(name));
    1454                 if ((name == NULL) || (((dummy-dummy1 >= 3) && (strncmp(dummy1, name, strlen(name)) == 0)) && ((unsigned int)(dummy-dummy1) == strlen(name)))) {
    1455                         found++; // found the parameter!
    1456                         //fprintf(stderr,"found %s at line %i between %i and %i\n", name, line, dummy1, dummy);
    1457 
    1458                         if (found == repetition) {
    1459                                 for (i=0;i<xth;i++) { // i = rows
    1460                                         if (type >= grid) {
    1461                                                 // grid structure means that grid starts on the next line, not right after keyword
    1462                                                 dummy1 = dummy = free_dummy;
    1463                                                 do {
    1464                                                         file->getline(dummy1, 256); // Read the whole line, skip commentary and empty ones
    1465                                                         if (file->eof()) {
    1466                                                                 if ((critical) && (found == 0)) {
    1467                                                                         Free((void **)&free_dummy, "config::ParseForParameter: *free_dummy");
    1468                                                                         //Error(InitReading, name);
    1469                                                                         fprintf(stderr,"Error:InitReading, critical %s not found\n", name);
    1470                                                                         exit(255);
    1471                                                                 } else {
    1472                                                                         //if (!sequential)
    1473                                                                         file->clear();
    1474                                                                         file->seekg(file_position, ios::beg);   // rewind to start position
    1475                                                                         Free((void **)&free_dummy, "config::ParseForParameter: *free_dummy");
    1476                                                                         return 0;
    1477                                                                 }
    1478                                                         }
    1479                                                         line++;
    1480                                                 } while ((dummy1[0] == '#') || (dummy1[0] == '\n'));
    1481                                                 if (dummy1 == NULL){
    1482                                                         if (verbose) fprintf(stderr,"Error reading line %i\n", line);
    1483                                                 } else {
    1484                                                         //fprintf(stderr,"Reading next line %i: %s\n", line, dummy1);
    1485                                                 }
    1486                                         } else { // simple int, strings or doubles start in the same line
    1487                                                 while ((*dummy == '\t') || (*dummy == ' '))      // skip interjacent tabs and spaces
    1488                                                         dummy++;
    1489                                         }
    1490                                         // C++ getline removes newline at end, thus re-add
    1491                                         if ((dummy1 != NULL) && (strchr(dummy1,'\n') == NULL)) {
    1492                                                 j = strlen(dummy1);
    1493                                                 dummy1[j] = '\n';
    1494                                                 dummy1[j+1] = '\0';
    1495                                         }
    1496 
    1497                                         int start = (type >= grid) ? 0 : yth-1 ;
    1498                                         for (j=start;j<yth;j++) { // j = columns
    1499                                                 // check for lower triangular area and upper triangular area
    1500                                                 if ( ((i > j) && (type == upper_trigrid)) || ((j > i) && (type == lower_trigrid))) {
    1501                                                         *((double *)value) = 0.0;
    1502                                                         fprintf(stderr,"%f\t",*((double *)value));
    1503                                                         value = (void *)((long)value + sizeof(double));
    1504                                                         //value += sizeof(double);
    1505                                                 } else {
    1506                                                         // otherwise we must skip all interjacent tabs and spaces and find next value
    1507                                                         dummy1 = dummy;
    1508                                                         dummy = strchr(dummy1, '\t'); // seek for tab or space
    1509                                                         if (dummy == NULL)
    1510                                                                 dummy = strchr(dummy1, ' ');    // if not found seek for space
    1511                                                         if (dummy == NULL) { // if still zero returned ...
    1512                                                                 dummy = strchr(dummy1, '\n');   // ... at line end then
    1513                                                                 if ((j < yth-1) && (type < 4)) {        // check if xth value or not yet
    1514                                                                         if (critical) {
    1515                                                                                 if (verbose) fprintf(stderr,"Error: EoL at %i and still missing %i value(s) for parameter %s\n", line, yth-j, name);
    1516                                                                                 Free((void **)&free_dummy, "config::ParseForParameter: *free_dummy");
    1517                                                                                 //return 0;
    1518                                                                                 exit(255);
    1519                                                                                 //Error(FileOpenParams, NULL);
    1520                                                                         } else {
    1521                                                                                 //if (!sequential)
    1522                                                                                 file->clear();
    1523                                                                                 file->seekg(file_position, ios::beg);   // rewind to start position
    1524                                                                                 Free((void **)&free_dummy, "config::ParseForParameter: *free_dummy");
    1525                                                                                 return 0;
    1526                                                                         }
    1527                                                                 }
    1528                                                         } else {
    1529                                                                 //fprintf(stderr,"found tab at %i\n",(char *)dummy-(char *)free_dummy);
    1530                                                         }
    1531                                                         if (*dummy1 == '#') {
    1532                                                                 // found comment, skipping rest of line
    1533                                                                 //if (verbose) fprintf(stderr,"Error: '#' at %i and still missing %i value(s) for parameter %s\n", line, yth-j, name);
    1534                                                                 if (!sequential) { // here we need it!
    1535                                                                         file->seekg(file_position, ios::beg);   // rewind to start position
    1536                                                                 }
    1537                                                                 Free((void **)&free_dummy, "config::ParseForParameter: *free_dummy");
    1538                                                                 return 0;
    1539                                                         }
    1540                                                         //fprintf(stderr,"value from %i to %i\n",(char *)dummy1-(char *)free_dummy,(char *)dummy-(char *)free_dummy);
    1541                                                         switch(type) {
    1542                                                                 case (row_int):
    1543                                                                         *((int *)value) = atoi(dummy1);
    1544                                                                         if ((verbose) && (i==0) && (j==0)) fprintf(stderr,"%s = ", name);
    1545                                                                         if (verbose) fprintf(stderr,"%i\t",*((int *)value));
    1546                                                                                 value = (void *)((long)value + sizeof(int));
    1547                                                                                 //value += sizeof(int);
    1548                                                                         break;
    1549                                                                 case(row_double):
    1550                                                                 case(grid):
    1551                                                                 case(lower_trigrid):
    1552                                                                 case(upper_trigrid):
    1553                                                                         *((double *)value) = atof(dummy1);
    1554                                                                         if ((verbose) && (i==0) && (j==0)) fprintf(stderr,"%s = ", name);
    1555                                                                         if (verbose) fprintf(stderr,"%lg\t",*((double *)value));
    1556                                                                         value = (void *)((long)value + sizeof(double));
    1557                                                                         //value += sizeof(double);
    1558                                                                         break;
    1559                                                                 case(double_type):
    1560                                                                         *((double *)value) = atof(dummy1);
    1561                                                                         if ((verbose) && (i == xth-1)) fprintf(stderr,"%s = %lg\n", name, *((double *) value));
    1562                                                                         //value += sizeof(double);
    1563                                                                         break;
    1564                                                                 case(int_type):
    1565                                                                         *((int *)value) = atoi(dummy1);
    1566                                                                         if ((verbose) && (i == xth-1)) fprintf(stderr,"%s = %i\n", name, *((int *) value));
    1567                                                                         //value += sizeof(int);
    1568                                                                         break;
    1569                                                                 default:
    1570                                                                 case(string_type):
    1571                                                                         if (value != NULL) {
    1572                                                                                 //if (maxlength == -1) maxlength = strlen((char *)value); // get maximum size of string array
    1573                                                                                 maxlength = MAXSTRINGSIZE;
    1574                                                                                 length = maxlength > (dummy-dummy1) ? (dummy-dummy1) : maxlength; // cap at maximum
    1575                                                                                 strncpy((char *)value, dummy1, length); // copy as much
    1576                                                                                 ((char *)value)[length] = '\0'; // and set end marker
    1577                                                                                 if ((verbose) && (i == xth-1)) fprintf(stderr,"%s is '%s' (%i chars)\n",name,((char *) value), length);
    1578                                                                                 //value += sizeof(char);
    1579                                                                         } else {
    1580                                                                         }
    1581                                                                 break;
    1582                                                         }
    1583                                                 }
    1584                                                 while (*dummy == '\t')
    1585                                                         dummy++;
    1586                                         }
    1587                                 }
    1588                         }
    1589                 }
    1590         }
    1591         if ((type >= row_int) && (verbose)) fprintf(stderr,"\n");
    1592         Free((void **)&free_dummy, "config::ParseForParameter: *free_dummy");
    1593         if (!sequential) {
    1594                 file->clear();
    1595                 file->seekg(file_position, ios::beg);   // rewind to start position
    1596         }
    1597         //fprintf(stderr, "End of Parsing\n\n");
    1598 
    1599         return (found); // true if found, false if not
     1388  int i,j;  // loop variables
     1389  int length = 0, maxlength = -1;
     1390  long file_position = file->tellg(); // mark current position
     1391  char *dummy1, *dummy, *free_dummy;    // pointers in the line that is read in per step
     1392  dummy1 = free_dummy = (char *) Malloc(256 * sizeof(char), "config::ParseForParameter: *free_dummy");
     1393
     1394  //fprintf(stderr,"Parsing for %s\n",name);
     1395  if (repetition == 0)
     1396    //Error(SomeError, "ParseForParameter(): argument repetition must not be 0!");
     1397    return 0;
     1398
     1399  int line = 0; // marks line where parameter was found
     1400  int found = (type >= grid) ? 0 : (-yth + 1);  // marks if yth parameter name was found
     1401  while((found != repetition)) {
     1402    dummy1 = dummy = free_dummy;
     1403    do {
     1404      file->getline(dummy1, 256); // Read the whole line
     1405      if (file->eof()) {
     1406        if ((critical) && (found == 0)) {
     1407          Free((void **)&free_dummy, "config::ParseForParameter: *free_dummy");
     1408          //Error(InitReading, name);
     1409          fprintf(stderr,"Error:InitReading, critical %s not found\n", name);
     1410          exit(255);
     1411        } else {
     1412          //if (!sequential)
     1413          file->clear();
     1414          file->seekg(file_position, ios::beg);  // rewind to start position
     1415          Free((void **)&free_dummy, "config::ParseForParameter: *free_dummy");
     1416          return 0;
     1417        }
     1418      }
     1419      line++;
     1420    } while (dummy != NULL && dummy1 != NULL && ((dummy1[0] == '#') || (dummy1[0] == '\0'))); // skip commentary and empty lines
     1421
     1422    // C++ getline removes newline at end, thus re-add
     1423    if ((dummy1 != NULL) && (strchr(dummy1,'\n') == NULL)) {
     1424      i = strlen(dummy1);
     1425      dummy1[i] = '\n';
     1426      dummy1[i+1] = '\0';
     1427    }
     1428    //fprintf(stderr,"line %i ends at %i, newline at %i\n", line, strlen(dummy1), strchr(dummy1,'\n')-free_dummy);
     1429
     1430    if (dummy1 == NULL) {
     1431      if (verbose) fprintf(stderr,"Error reading line %i\n",line);
     1432    } else {
     1433      //fprintf(stderr,"Now parsing the line %i: %s\n", line, dummy1);
     1434    }
     1435    // Seek for possible end of keyword on line if given ...
     1436    if (name != NULL) {
     1437      dummy = strchr(dummy1,'\t');  // set dummy on first tab or space which ever's nearer
     1438      if (dummy == NULL) {
     1439        dummy = strchr(dummy1, ' ');  // if not found seek for space
     1440        while ((dummy != NULL) && ((*dummy == '\t') || (*dummy == ' ')))    // skip some more tabs and spaces if necessary
     1441          dummy++;
     1442      }
     1443      if (dummy == NULL) {
     1444        dummy = strchr(dummy1, '\n'); // set on line end then (whole line = keyword)
     1445        //fprintf(stderr,"Error: Cannot find tabs or spaces on line %i in search for %s\n", line, name);
     1446        //Free((void **)&free_dummy);
     1447        //Error(FileOpenParams, NULL);
     1448      } else {
     1449        //fprintf(stderr,"found tab at %i\n",(char *)dummy-(char *)dummy1);
     1450      }
     1451    } else dummy = dummy1;
     1452    // ... and check if it is the keyword!
     1453    //fprintf(stderr,"name %p, dummy %i/%c, dummy1 %i/%c, strlen(name) %i\n", &name, dummy, *dummy, dummy1, *dummy1, strlen(name));
     1454    if ((name == NULL) || (((dummy-dummy1 >= 3) && (strncmp(dummy1, name, strlen(name)) == 0)) && ((unsigned int)(dummy-dummy1) == strlen(name)))) {
     1455      found++; // found the parameter!
     1456      //fprintf(stderr,"found %s at line %i between %i and %i\n", name, line, dummy1, dummy);
     1457
     1458      if (found == repetition) {
     1459        for (i=0;i<xth;i++) { // i = rows
     1460          if (type >= grid) {
     1461            // grid structure means that grid starts on the next line, not right after keyword
     1462            dummy1 = dummy = free_dummy;
     1463            do {
     1464              file->getline(dummy1, 256); // Read the whole line, skip commentary and empty ones
     1465              if (file->eof()) {
     1466                if ((critical) && (found == 0)) {
     1467                  Free((void **)&free_dummy, "config::ParseForParameter: *free_dummy");
     1468                  //Error(InitReading, name);
     1469                  fprintf(stderr,"Error:InitReading, critical %s not found\n", name);
     1470                  exit(255);
     1471                } else {
     1472                  //if (!sequential)
     1473                  file->clear();
     1474                  file->seekg(file_position, ios::beg);  // rewind to start position
     1475                  Free((void **)&free_dummy, "config::ParseForParameter: *free_dummy");
     1476                  return 0;
     1477                }
     1478              }
     1479              line++;
     1480            } while ((dummy1[0] == '#') || (dummy1[0] == '\n'));
     1481            if (dummy1 == NULL){
     1482              if (verbose) fprintf(stderr,"Error reading line %i\n", line);
     1483            } else {
     1484              //fprintf(stderr,"Reading next line %i: %s\n", line, dummy1);
     1485            }
     1486          } else { // simple int, strings or doubles start in the same line
     1487            while ((*dummy == '\t') || (*dummy == ' '))  // skip interjacent tabs and spaces
     1488              dummy++;
     1489          }
     1490          // C++ getline removes newline at end, thus re-add
     1491          if ((dummy1 != NULL) && (strchr(dummy1,'\n') == NULL)) {
     1492            j = strlen(dummy1);
     1493            dummy1[j] = '\n';
     1494            dummy1[j+1] = '\0';
     1495          }
     1496
     1497          int start = (type >= grid) ? 0 : yth-1 ;
     1498          for (j=start;j<yth;j++) { // j = columns
     1499            // check for lower triangular area and upper triangular area
     1500            if ( ((i > j) && (type == upper_trigrid)) || ((j > i) && (type == lower_trigrid))) {
     1501              *((double *)value) = 0.0;
     1502              fprintf(stderr,"%f\t",*((double *)value));
     1503              value = (void *)((long)value + sizeof(double));
     1504              //value += sizeof(double);
     1505            } else {
     1506              // otherwise we must skip all interjacent tabs and spaces and find next value
     1507              dummy1 = dummy;
     1508              dummy = strchr(dummy1, '\t'); // seek for tab or space
     1509              if (dummy == NULL)
     1510                dummy = strchr(dummy1, ' ');  // if not found seek for space
     1511              if (dummy == NULL) { // if still zero returned ...
     1512                dummy = strchr(dummy1, '\n');  // ... at line end then
     1513                if ((j < yth-1) && (type < 4)) {  // check if xth value or not yet
     1514                  if (critical) {
     1515                    if (verbose) fprintf(stderr,"Error: EoL at %i and still missing %i value(s) for parameter %s\n", line, yth-j, name);
     1516                    Free((void **)&free_dummy, "config::ParseForParameter: *free_dummy");
     1517                    //return 0;
     1518                    exit(255);
     1519                    //Error(FileOpenParams, NULL);
     1520                  } else {
     1521                    //if (!sequential)
     1522                    file->clear();
     1523                    file->seekg(file_position, ios::beg);  // rewind to start position
     1524                    Free((void **)&free_dummy, "config::ParseForParameter: *free_dummy");
     1525                    return 0;
     1526                  }
     1527                }
     1528              } else {
     1529                //fprintf(stderr,"found tab at %i\n",(char *)dummy-(char *)free_dummy);
     1530              }
     1531              if (*dummy1 == '#') {
     1532                // found comment, skipping rest of line
     1533                //if (verbose) fprintf(stderr,"Error: '#' at %i and still missing %i value(s) for parameter %s\n", line, yth-j, name);
     1534                if (!sequential) { // here we need it!
     1535                  file->seekg(file_position, ios::beg);  // rewind to start position
     1536                }
     1537                Free((void **)&free_dummy, "config::ParseForParameter: *free_dummy");
     1538                return 0;
     1539              }
     1540              //fprintf(stderr,"value from %i to %i\n",(char *)dummy1-(char *)free_dummy,(char *)dummy-(char *)free_dummy);
     1541              switch(type) {
     1542                case (row_int):
     1543                  *((int *)value) = atoi(dummy1);
     1544                  if ((verbose) && (i==0) && (j==0)) fprintf(stderr,"%s = ", name);
     1545                  if (verbose) fprintf(stderr,"%i\t",*((int *)value));
     1546                    value = (void *)((long)value + sizeof(int));
     1547                    //value += sizeof(int);
     1548                  break;
     1549                case(row_double):
     1550                case(grid):
     1551                case(lower_trigrid):
     1552                case(upper_trigrid):
     1553                  *((double *)value) = atof(dummy1);
     1554                  if ((verbose) && (i==0) && (j==0)) fprintf(stderr,"%s = ", name);
     1555                  if (verbose) fprintf(stderr,"%lg\t",*((double *)value));
     1556                  value = (void *)((long)value + sizeof(double));
     1557                  //value += sizeof(double);
     1558                  break;
     1559                case(double_type):
     1560                  *((double *)value) = atof(dummy1);
     1561                  if ((verbose) && (i == xth-1)) fprintf(stderr,"%s = %lg\n", name, *((double *) value));
     1562                  //value += sizeof(double);
     1563                  break;
     1564                case(int_type):
     1565                  *((int *)value) = atoi(dummy1);
     1566                  if ((verbose) && (i == xth-1)) fprintf(stderr,"%s = %i\n", name, *((int *) value));
     1567                  //value += sizeof(int);
     1568                  break;
     1569                default:
     1570                case(string_type):
     1571                  if (value != NULL) {
     1572                    //if (maxlength == -1) maxlength = strlen((char *)value); // get maximum size of string array
     1573                    maxlength = MAXSTRINGSIZE;
     1574                    length = maxlength > (dummy-dummy1) ? (dummy-dummy1) : maxlength; // cap at maximum
     1575                    strncpy((char *)value, dummy1, length);  // copy as much
     1576                    ((char *)value)[length] = '\0';  // and set end marker
     1577                    if ((verbose) && (i == xth-1)) fprintf(stderr,"%s is '%s' (%i chars)\n",name,((char *) value), length);
     1578                    //value += sizeof(char);
     1579                  } else {
     1580                  }
     1581                break;
     1582              }
     1583            }
     1584            while (*dummy == '\t')
     1585              dummy++;
     1586          }
     1587        }
     1588      }
     1589    }
     1590  }
     1591  if ((type >= row_int) && (verbose)) fprintf(stderr,"\n");
     1592  Free((void **)&free_dummy, "config::ParseForParameter: *free_dummy");
     1593  if (!sequential) {
     1594    file->clear();
     1595    file->seekg(file_position, ios::beg);  // rewind to start position
     1596  }
     1597  //fprintf(stderr, "End of Parsing\n\n");
     1598
     1599  return (found); // true if found, false if not
    16001600}
    16011601
Note: See TracChangeset for help on using the changeset viewer.