Ignore:
Timestamp:
Apr 10, 2018, 6:43:30 AM (7 years ago)
Author:
Frederik Heber <frederik.heber@…>
Branches:
AutomationFragmentation_failures, Candidate_v1.6.1, ChemicalSpaceEvaluator, Exclude_Hydrogens_annealWithBondGraph, ForceAnnealing_with_BondGraph, ForceAnnealing_with_BondGraph_contraction-expansion, Gui_displays_atomic_force_velocity, PythonUI_with_named_parameters, StoppableMakroAction, TremoloParser_IncreasedPrecision
Children:
6458e7
Parents:
d51e62
git-author:
Frederik Heber <frederik.heber@…> (06/13/17 22:46:53)
git-committer:
Frederik Heber <frederik.heber@…> (04/10/18 06:43:30)
Message:

ForceAnnealing now uses BondVectors to optimize the structure from the perspective of the bond.

  • we calculate the atomic force projected onto each bond (including weights because the bond vectors form a generating system not a basis).
  • then we go through each bond and shift its leftatom and rightatom including its BFS neighbors by a PositionUpdate.
  • Gradient is printed with magnitude.
File:
1 edited

Legend:

Unmodified
Added
Removed

  • tests/Python/ForceAnnealing/post/five_carbon_test_no-bondgraph.data

    rd51e62 r77d0cd  
    7979C       5       12.39   10      10      -2.11671e-05    0       0       -5.29177e-05    0       0       4       0       0       0       
    8080# ATOMDATA      type    Id      x=3     u=3     F=3     neighbors=4
    81 C       1       5.98964 10      10      1.06994e-21     0       0       5.29177e-06     0       0       2       0       0       0       
     81C       1       5.98964 10      10      0       0       0       5.29177e-06     0       0       2       0       0       0       
    8282C       2       7.58965 10      10      1.03588e-05     0       0       5.82095e-05     0       0       1       3       0       0       
    8383C       3       9.18977 10      10      6.06392e-06     0       0       5.29177e-06     0       0       2       4       0       0       
    … …  
    9898# ATOMDATA      type    Id      x=3     u=3     F=3     neighbors=4
    9999C       1       5.98964 10      10      6.68821e-07     0       0       3.70424e-05     0       0       2       0       0       0       
    100 C       2       7.58971 10      10      1.21594e-21     0       0       5.29177e-06     0       0       1       3       0       0       
     100C       2       7.58971 10      10      0       0       0       5.29177e-06     0       0       1       3       0       0       
    101101C       3       9.18979 10      10      4.10578e-06     0       0       1.58753e-05     0       0       2       4       0       0       
    102102C       4       10.7899 10      10      -3.17506e-06    0       0       -5.29177e-06    0       0       3       5       0       0       
    … …  
    115115C       5       12.39   10      10      -5.29177e-06    0       0       -5.29177e-05    0       0       4       0       0       0       
    116116# ATOMDATA      type    Id      x=3     u=3     F=3     neighbors=4
    117 C       1       5.98971 10      10      4.44509e-05     0       0       1.35525e-21     0       0       2       0       0       0       
     117C       1       5.98971 10      10      4.44509e-05     0       0       0       0       0       2       0       0       0       
    118118C       2       7.58971 10      10      2.11671e-06     0       0       4.23342e-05     0       0       1       3       0       0       
    119119C       3       9.18979 10      10      1.58753e-06     0       0       1.58753e-05     0       0       2       4       0       0       
    … …  
    121121C       5       12.39   10      10      -5.29177e-06    0       0       -5.29177e-05    0       0       4       0       0       0       
    122122# ATOMDATA      type    Id      x=3     u=3     F=3     neighbors=4
    123 C       1       5.98971 10      10      2.84603e-21     0       0       0       0       0       2       0       0       0       
     123C       1       5.98971 10      10      0       0       0       0       0       0       2       0       0       0       
    124124C       2       7.58971 10      10      4.23342e-06     0       0       0       0       0       1       3       0       0       
    125125C       3       9.1898  10      10      1.58753e-06     0       0       0       0       0       2       4       0       0       
Note: See TracChangeset for help on using the changeset viewer.