Changeset e30ce8 for src


Ignore:
Timestamp:
Jun 2, 2010, 4:17:17 PM (15 years ago)
Author:
Frederik Heber <heber@…>
Branches:
Action_Thermostats, Add_AtomRandomPerturbation, Add_FitFragmentPartialChargesAction, Add_RotateAroundBondAction, Add_SelectAtomByNameAction, Added_ParseSaveFragmentResults, AddingActions_SaveParseParticleParameters, Adding_Graph_to_ChangeBondActions, Adding_MD_integration_tests, Adding_ParticleName_to_Atom, Adding_StructOpt_integration_tests, AtomFragments, Automaking_mpqc_open, AutomationFragmentation_failures, Candidate_v1.5.4, Candidate_v1.6.0, Candidate_v1.6.1, ChangeBugEmailaddress, ChangingTestPorts, ChemicalSpaceEvaluator, CombiningParticlePotentialParsing, Combining_Subpackages, Debian_Package_split, Debian_package_split_molecuildergui_only, Disabling_MemDebug, Docu_Python_wait, EmpiricalPotential_contain_HomologyGraph, EmpiricalPotential_contain_HomologyGraph_documentation, Enable_parallel_make_install, Enhance_userguide, Enhanced_StructuralOptimization, Enhanced_StructuralOptimization_continued, Example_ManyWaysToTranslateAtom, Exclude_Hydrogens_annealWithBondGraph, FitPartialCharges_GlobalError, Fix_BoundInBox_CenterInBox_MoleculeActions, Fix_ChargeSampling_PBC, Fix_ChronosMutex, Fix_FitPartialCharges, Fix_FitPotential_needs_atomicnumbers, Fix_ForceAnnealing, Fix_IndependentFragmentGrids, Fix_ParseParticles, Fix_ParseParticles_split_forward_backward_Actions, Fix_PopActions, Fix_QtFragmentList_sorted_selection, Fix_Restrictedkeyset_FragmentMolecule, Fix_StatusMsg, Fix_StepWorldTime_single_argument, Fix_Verbose_Codepatterns, Fix_fitting_potentials, Fixes, ForceAnnealing_goodresults, ForceAnnealing_oldresults, ForceAnnealing_tocheck, ForceAnnealing_with_BondGraph, ForceAnnealing_with_BondGraph_continued, ForceAnnealing_with_BondGraph_continued_betteresults, ForceAnnealing_with_BondGraph_contraction-expansion, FragmentAction_writes_AtomFragments, FragmentMolecule_checks_bonddegrees, GeometryObjects, Gui_Fixes, Gui_displays_atomic_force_velocity, ImplicitCharges, IndependentFragmentGrids, IndependentFragmentGrids_IndividualZeroInstances, IndependentFragmentGrids_IntegrationTest, IndependentFragmentGrids_Sole_NN_Calculation, JobMarket_RobustOnKillsSegFaults, JobMarket_StableWorkerPool, JobMarket_unresolvable_hostname_fix, MoreRobust_FragmentAutomation, ODR_violation_mpqc_open, PartialCharges_OrthogonalSummation, PdbParser_setsAtomName, PythonUI_with_named_parameters, QtGui_reactivate_TimeChanged_changes, Recreated_GuiChecks, Rewrite_FitPartialCharges, RotateToPrincipalAxisSystem_UndoRedo, SaturateAtoms_findBestMatching, SaturateAtoms_singleDegree, StoppableMakroAction, Subpackage_CodePatterns, Subpackage_JobMarket, Subpackage_LinearAlgebra, Subpackage_levmar, Subpackage_mpqc_open, Subpackage_vmg, Switchable_LogView, ThirdParty_MPQC_rebuilt_buildsystem, TrajectoryDependenant_MaxOrder, TremoloParser_IncreasedPrecision, TremoloParser_MultipleTimesteps, TremoloParser_setsAtomName, Ubuntu_1604_changes, stable
Children:
3610bb
Parents:
584a2a
git-author:
Frederik Heber <heber@…> (06/02/10 15:41:52)
git-committer:
Frederik Heber <heber@…> (06/02/10 16:17:17)
Message:

Case 'd' is now handled by CommandLineUI (RepeatBoxAction).

Signed-off-by: Frederik Heber <heber@…>

Location:
src
Files:
3 added
6 edited

Legend:

Unmodified
Added
Removed

  • src/Actions/MapOfActions.cpp

    r584a2a re30ce8  
    153153  TypeMap["remove-atom"] = Atom;
    154154  TypeMap["remove-sphere"] = Atom;
    155   TypeMap["repeat-box"] = ListOfInts;
     155  TypeMap["repeat-box"] = Vector;
    156156  TypeMap["rotate-to-pas"] = Molecule;
    157157  TypeMap["save-adjacency"] = String;
    … …  
    165165  TypeMap["verlet-integrate"] = String;
    166166  TypeMap["verbose"] = Integer;
     167
    167168  // value types for the values
    168169  TypeMap["bin-output-file"] = String;
    … …  
    180181  TypeMap["periodic"] = Boolean;
    181182  TypeMap["position"] = Vector;
     183
     184  // default values for any action that needs one (always string!)
     185  DefaultValue["molecule-by-id"] = "-1";
     186
    182187
    183188  // list of generic actions
    … …  
    210215//  generic.insert("remove-atom");
    211216//  generic.insert("remove-sphere");
     217    generic.insert("repeat-box");
    212218//  generic.insert("rotate-to-pas");
    213219//      generic.insert("save-adjacency");
    … …  
    271277          case Boolean:
    272278            ListRunner->second->add_options()
    273               (getKeyAndShortForm(*OptionRunner).c_str(), po::value< bool >(), getDescription(*OptionRunner).c_str())
     279              (getKeyAndShortForm(*OptionRunner).c_str(),
     280                  DefaultValue.find(*OptionRunner) != DefaultValue.end() ?
     281                        po::value< bool >()->default_value(atoi(DefaultValue[*OptionRunner].c_str())) :
     282                        po::value< bool >(),
     283                  getDescription(*OptionRunner).c_str())
    274284              ;
    275285            break;
    276286          case Integer:
    277287            ListRunner->second->add_options()
    278               (getKeyAndShortForm(*OptionRunner).c_str(), po::value< int >(), getDescription(*OptionRunner).c_str())
     288              (getKeyAndShortForm(*OptionRunner).c_str(),
     289                  DefaultValue.find(*OptionRunner) != DefaultValue.end() ?
     290                        po::value< int >()->default_value(atoi(DefaultValue[*OptionRunner].c_str())) :
     291                        po::value< int >(),
     292                  getDescription(*OptionRunner).c_str())
    279293              ;
    280294            break;
    281295          case ListOfInts:
    282296            ListRunner->second->add_options()
    283               (getKeyAndShortForm(*OptionRunner).c_str(), po::value< vector<int> >()->multitoken(), getDescription(*OptionRunner).c_str())
     297              (getKeyAndShortForm(*OptionRunner).c_str(),
     298                  po::value< vector<int> >()->multitoken(),
     299                  getDescription(*OptionRunner).c_str())
    284300              ;
    285301            break;
    286302          case Double:
    287303            ListRunner->second->add_options()
    288               (getKeyAndShortForm(*OptionRunner).c_str(), po::value< double >(), getDescription(*OptionRunner).c_str())
     304              (getKeyAndShortForm(*OptionRunner).c_str(),
     305                  DefaultValue.find(*OptionRunner) != DefaultValue.end() ?
     306                        po::value< double >()->default_value(atof(DefaultValue[*OptionRunner].c_str())) :
     307                        po::value< double >(),
     308                  getDescription(*OptionRunner).c_str())
    289309              ;
    290310            break;
    291311          case ListOfDoubles:
    292312            ListRunner->second->add_options()
    293               (getKeyAndShortForm(*OptionRunner).c_str(), po::value< vector<double> >()->multitoken(), getDescription(*OptionRunner).c_str())
     313              (getKeyAndShortForm(*OptionRunner).c_str(),
     314                  po::value< vector<double> >()->multitoken(),
     315                  getDescription(*OptionRunner).c_str())
    294316              ;
    295317            break;
    296318          case String:
    297319            ListRunner->second->add_options()
    298               (getKeyAndShortForm(*OptionRunner).c_str(), po::value< std::string >(), getDescription(*OptionRunner).c_str())
     320              (getKeyAndShortForm(*OptionRunner).c_str(),
     321                  DefaultValue.find(*OptionRunner) != DefaultValue.end() ?
     322                        po::value< std::string >()->default_value(DefaultValue[*OptionRunner]) :
     323                        po::value< std::string >(),
     324                  getDescription(*OptionRunner).c_str())
    299325              ;
    300326            break;
    301327          case Axis:
    302328            ListRunner->second->add_options()
    303               (getKeyAndShortForm(*OptionRunner).c_str(), po::value< int >(), getDescription(*OptionRunner).c_str())
     329              (getKeyAndShortForm(*OptionRunner).c_str(),
     330                  DefaultValue.find(*OptionRunner) != DefaultValue.end() ?
     331                        po::value< int >()->default_value(atoi(DefaultValue[*OptionRunner].c_str())) :
     332                        po::value< int >(),
     333                  getDescription(*OptionRunner).c_str())
    304334              ;
    305335            break;
    306336          case Vector:
    307337            ListRunner->second->add_options()
    308               (getKeyAndShortForm(*OptionRunner).c_str(), po::value< vector<double> >()->multitoken(), getDescription(*OptionRunner).c_str())
     338              (getKeyAndShortForm(*OptionRunner).c_str(),
     339                  po::value< vector<double> >()->multitoken(),
     340                  getDescription(*OptionRunner).c_str())
    309341              ;
    310342            break;
    311343          case Box:
    312344            ListRunner->second->add_options()
    313               (getKeyAndShortForm(*OptionRunner).c_str(), po::value< vector<double> >(), getDescription(*OptionRunner).c_str())
     345              (getKeyAndShortForm(*OptionRunner).c_str(),
     346                  po::value< vector<double> >(),
     347                  getDescription(*OptionRunner).c_str())
    314348              ;
    315349            break;
    316350          case Molecule:
    317351            ListRunner->second->add_options()
    318               (getKeyAndShortForm(*OptionRunner).c_str(), po::value< int >(), getDescription(*OptionRunner).c_str())
     352              (getKeyAndShortForm(*OptionRunner).c_str(),
     353                  DefaultValue.find(*OptionRunner) != DefaultValue.end() ?
     354                        po::value< int >()->default_value(atoi(DefaultValue[*OptionRunner].c_str())) :
     355                        po::value< int >(),
     356                  getDescription(*OptionRunner).c_str())
    319357              ;
    320358            break;
    321359          case ListOfMolecules:
    322360            ListRunner->second->add_options()
    323               (getKeyAndShortForm(*OptionRunner).c_str(), po::value< vector<int> >()->multitoken(), getDescription(*OptionRunner).c_str())
     361              (getKeyAndShortForm(*OptionRunner).c_str(),
     362                  po::value< vector<int> >()->multitoken(),
     363                  getDescription(*OptionRunner).c_str())
    324364              ;
    325365            break;
    326366          case Atom:
    327367            ListRunner->second->add_options()
    328               (getKeyAndShortForm(*OptionRunner).c_str(), po::value< int >(), getDescription(*OptionRunner).c_str())
     368              (getKeyAndShortForm(*OptionRunner).c_str(),
     369                  DefaultValue.find(*OptionRunner) != DefaultValue.end() ?
     370                        po::value< int >()->default_value(atoi(DefaultValue[*OptionRunner].c_str())) :
     371                        po::value< int >(),
     372                  getDescription(*OptionRunner).c_str())
    329373              ;
    330374            break;
    331375          case ListOfAtoms:
    332376            ListRunner->second->add_options()
    333               (getKeyAndShortForm(*OptionRunner).c_str(), po::value< vector<int> >()->multitoken(), getDescription(*OptionRunner).c_str())
     377              (getKeyAndShortForm(*OptionRunner).c_str(),
     378                  po::value< vector<int> >()->multitoken(),
     379                  getDescription(*OptionRunner).c_str())
    334380              ;
    335381            break;
    336382          case Element:
    337383            ListRunner->second->add_options()
    338               (getKeyAndShortForm(*OptionRunner).c_str(), po::value< int >(), getDescription(*OptionRunner).c_str())
     384              (getKeyAndShortForm(*OptionRunner).c_str(),
     385                  DefaultValue.find(*OptionRunner) != DefaultValue.end() ?
     386                        po::value< int >()->default_value(atoi(DefaultValue[*OptionRunner].c_str())) :
     387                        po::value< int >(),
     388                  getDescription(*OptionRunner).c_str())
    339389              ;
    340390            break;
    341391          case ListOfElements:
    342392            ListRunner->second->add_options()
    343               (getKeyAndShortForm(*OptionRunner).c_str(), po::value< vector<int> >()->multitoken(), getDescription(*OptionRunner).c_str())
     393              (getKeyAndShortForm(*OptionRunner).c_str(),
     394                  po::value< vector<int> >()->multitoken(),
     395                  getDescription(*OptionRunner).c_str())
    344396              ;
    345397            break;

  • src/Actions/MapOfActions.hpp

    r584a2a re30ce8  
    5353
    5454  // map of the action names and their description
     55  map<std::string, std::string> DefaultValue;
    5556  map<std::string, std::string> DescriptionMap;
    5657  map<std::string, std::string> ShortFormMap;

  • src/Actions/WorldAction/RepeatBoxAction.cpp

    r584a2a re30ce8  
    2323#include "UIElements/Dialog.hpp"
    2424#include "Actions/MapOfActions.hpp"
     25#include "Descriptors/MoleculeDescriptor.hpp"
     26#include "Descriptors/MoleculePtrDescriptor.hpp"
    2527
    2628const char WorldRepeatBoxAction::NAME[] = "repeat-box";
    … …  
    4143  int j = 0;
    4244  atom *Walker = NULL;
     45  MoleculeListClass *molecules = World::getInstance().getMolecules();
    4346
    4447  dialog->queryVector(NAME, &Repeater, World::getInstance().getDomain(), false, MapOfActions::getInstance().getDescription(NAME));
    45   dialog->queryMolecule("molecule-by-id", &mol,MapOfActions::getInstance().getDescription("molecule-by-id"));
     48  //dialog->queryMolecule("molecule-by-id", &mol,MapOfActions::getInstance().getDescription("molecule-by-id"));
     49  vector<molecule *> AllMolecules;
     50  if (mol != NULL) {
     51    DoLog(0) && (Log() << Verbose(0) << "Using molecule " << mol->name << "." << endl);
     52    AllMolecules = World::getInstance().getAllMolecules(MoleculeByPtr(mol));
     53  } else {
     54    DoLog(0) && (Log() << Verbose(0) << "Using all molecules." << endl);
     55    AllMolecules = World::getInstance().getAllMolecules();
     56  }
    4657
    4758  if(dialog->display()) {
     59    (cout << "Repeating box " << Repeater << " times for (x,y,z) axis." << endl);
    4860    double * const cell_size = World::getInstance().getDomain();
     61    double *M = ReturnFullMatrixforSymmetric(cell_size);
    4962    Vector x,y;
    50     for (int axis = 1; axis <= NDIM; axis++) {
    51       Vector ** vectors;
     63    int n[NDIM];
     64    for (int axis = 0; axis < NDIM; axis++) {
    5265      Repeater[axis] = floor(Repeater[axis]);
    5366      if (Repeater[axis] < 1) {
    … …  
    5568        Repeater[axis] = 1;
    5669      }
    57       if (mol->getAtomCount() != 0) {  // if there is more than none
    58         count = mol->getAtomCount();   // is changed becausing of adding, thus has to be stored away beforehand
    59         Elements = new const element *[count];
    60         vectors = new Vector *[count];
    61         j = 0;
    62         for(molecule::iterator AtomRunner = mol->begin(); AtomRunner != mol->end(); ++AtomRunner) {
    63           Elements[j] = (*AtomRunner)->type;
    64           vectors[j] = &(*AtomRunner)->x;
    65           j++;
    66         }
    67         if (count != j)
    68           DoeLog(1) && (eLog()<< Verbose(1) << "AtomCount " << count << " is not equal to number of atoms in molecule " << j << "!" << endl);
    69         x.Zero();
    70         y.Zero();
    71         y[abs(axis)-1] = cell_size[(abs(axis) == 2) ? 2 : ((abs(axis) == 3) ? 5 : 0)] * abs(axis)/axis; // last term is for sign, first is for magnitude
    72         for (int i=1;i<Repeater[axis];i++) {  // then add this list with respective translation factor times
    73           x += y; // per factor one cell width further
    74           for (int k=count;k--;) { // go through every atom of the original cell
    75             Walker = World::getInstance().createAtom(); // create a new body
    76             Walker->x = (*vectors[k]) + x;
    77             Walker->type = Elements[k];  // insert original element
    78             mol->AddAtom(Walker);        // and add to the molecule (which increments ElementsInMolecule, AtomCount, ...)
     70      cell_size[(abs(axis+1) == 2) ? 2 : ((abs(axis+2) == 3) ? 5 : 0)] *= Repeater[axis];
     71    }
     72
     73    molecule *newmol = NULL;
     74    Vector ** vectors = NULL;
     75    for (n[0] = 0; n[0] < Repeater[0]; n[0]++) {
     76      y[0] = n[0];
     77      for (n[1] = 0; n[1] < Repeater[1]; n[1]++) {
     78        y[1] = n[1];
     79        for (n[2] = 0; n[2] < Repeater[2]; n[2]++) {
     80          y[2] = n[2];
     81          if (n[0] == n[1] == n[2] == 0)
     82            continue;
     83          for (vector<molecule *>::iterator MolRunner = AllMolecules.begin(); MolRunner != AllMolecules.end(); ++MolRunner) {
     84            mol = *MolRunner;
     85            DoLog(1) && (Log() << Verbose(1) << "Current mol is " << mol->name << "." << endl);
     86            count = mol->getAtomCount();   // is changed becausing of adding, thus has to be stored away beforehand
     87            if (count != 0) {  // if there is more than none
     88              Elements = new const element *[count];
     89              vectors = new Vector *[count];
     90              j = 0;
     91              for(molecule::iterator AtomRunner = mol->begin(); AtomRunner != mol->end(); ++AtomRunner) {
     92                Elements[j] = (*AtomRunner)->type;
     93                vectors[j] = &(*AtomRunner)->x;
     94                j++;
     95              }
     96              if (count != j)
     97                DoeLog(1) && (eLog()<< Verbose(1) << "AtomCount " << count << " is not equal to number of atoms in molecule " << j << "!" << endl);
     98              x = y;
     99              x.MatrixMultiplication(M);
     100              newmol = World::getInstance().createMolecule();
     101              molecules->insert(newmol);
     102              for (int k=count;k--;) { // go through every atom of the original cell
     103                Walker = World::getInstance().createAtom(); // create a new body
     104                Walker->x = (*vectors[k]) + x;
     105                Walker->type = Elements[k];  // insert original element
     106                cout << "new atom is " << *Walker << endl;
     107                newmol->AddAtom(Walker);        // and add to the molecule (which increments ElementsInMolecule, AtomCount, ...)
     108              }
     109              // free memory
     110              delete[](Elements);
     111              delete[](vectors);
     112            } else {
     113              DoLog(1) && (Log() << Verbose(1) << "\t ... is empty." << endl);
     114            }
    79115          }
    80116        }
    81         // free memory
    82         delete[](Elements);
    83         delete[](vectors);
    84         // correct cell size
    85         if (axis < 0) { // if sign was negative, we have to translate everything
    86           x =(-(Repeater[axis]-1)) * y;
    87           mol->Translate(&x);
    88         }
    89         cell_size[(abs(axis) == 2) ? 2 : ((abs(axis) == 3) ? 5 : 0)] *= Repeater[axis];
    90117      }
    91118    }
     119    delete(M);
    92120    delete dialog;
    93121    return Action::success;

  • src/Makefile.am

    r584a2a re30ce8  
    113113  Descriptors/AtomTypeDescriptor.cpp \
    114114  Descriptors/MoleculeDescriptor.cpp \
    115   Descriptors/MoleculeIdDescriptor.cpp
     115  Descriptors/MoleculeIdDescriptor.cpp \
     116  Descriptors/MoleculePtrDescriptor.cpp
    116117                                   
    117118
    … …  
    120121  Descriptors/AtomTypeDescriptor.hpp \
    121122  Descriptors/MoleculeDescriptor.hpp \
    122   Descriptors/MoleculeIdDescriptor.hpp
     123  Descriptors/MoleculeIdDescriptor.hpp \
     124  Descriptors/MoleculePtrDescriptor.hpp
    123125                                   
    124126EXCEPTIONSOURCE = Exceptions/CustomException.cpp \

  • src/UIElements/CommandLineUI/CommandLineDialog.cpp

    r584a2a re30ce8  
    192192  if (CommandLineParser::getInstance().vm.count(getTitle())) {
    193193    IdxOfMol = CommandLineParser::getInstance().vm[getTitle()].as<int>();
    194     tmp = World::getInstance().getMolecule(MoleculeById(IdxOfMol));
     194    cout << "IdxOfMol " << IdxOfMol << endl;
     195    if (IdxOfMol >= 0)
     196      tmp = World::getInstance().getMolecule(MoleculeById(IdxOfMol));
     197    else
     198      tmp = NULL;
    195199    return true;
    196200  } else

  • src/builder.cpp

    r584a2a re30ce8  
    23542354                performCriticalExit();
    23552355              } else {
    2356                 SaveFlag = true;
    2357                 double * const cell_size = World::getInstance().getDomain();
    2358                 for (int axis = 1; axis <= NDIM; axis++) {
    2359                   int faktor = atoi(argv[argptr++]);
    2360                   int count;
    2361                   const element ** Elements;
    2362                   Vector ** vectors;
    2363                   if (faktor < 1) {
    2364                     DoeLog(1) && (eLog()<< Verbose(1) << "Repetition factor mus be greater than 1!" << endl);
    2365                     faktor = 1;
    2366                   }
    2367                   if (mol->getAtomCount() != 0) {  // if there is more than none
    2368                     count = mol->getAtomCount();   // is changed becausing of adding, thus has to be stored away beforehand
    2369                     Elements = new const element *[count];
    2370                     vectors = new Vector *[count];
    2371                     j = 0;
    2372                     for(molecule::iterator iter = mol->begin();iter!=mol->end();++iter){
    2373                       Elements[j] = (*iter)->type;
    2374                       vectors[j] = &(*iter)->x;
    2375                       j++;
    2376                     }
    2377                     if (count != j)
    2378                       DoeLog(1) && (eLog()<< Verbose(1) << "AtomCount " << count << " is not equal to number of atoms in molecule " << j << "!" << endl);
    2379                     x.Zero();
    2380                     y.Zero();
    2381                     y[abs(axis)-1] = cell_size[(abs(axis) == 2) ? 2 : ((abs(axis) == 3) ? 5 : 0)] * abs(axis)/axis; // last term is for sign, first is for magnitude
    2382                     for (int i=1;i<faktor;i++) {  // then add this list with respective translation factor times
    2383                       x += y; // per factor one cell width further
    2384                       for (int k=count;k--;) { // go through every atom of the original cell
    2385                         first = World::getInstance().createAtom(); // create a new body
    2386                         first->x = (*vectors[k]) + x;
    2387                         first->type = Elements[k];  // insert original element
    2388                         mol->AddAtom(first);        // and add to the molecule (which increments ElementsInMolecule, AtomCount, ...)
    2389                       }
    2390                     }
    2391                     // free memory
    2392                     delete[](Elements);
    2393                     delete[](vectors);
    2394                     // correct cell size
    2395                     if (axis < 0) { // if sign was negative, we have to translate everything
    2396                       x =(-(faktor-1)) * y;
    2397                       mol->Translate(&x);
    2398                     }
    2399                     cell_size[(abs(axis) == 2) ? 2 : ((abs(axis) == 3) ? 5 : 0)] *= faktor;
    2400                   }
    2401                 }
     2356                ArgcList.insert(argptr-1);
     2357                ArgcList.insert(argptr);
     2358                ArgcList.insert(argptr+1);
     2359                ArgcList.insert(argptr+2);
     2360                argptr+=3;
    24022361              }
    24032362              break;
Note: See TracChangeset for help on using the changeset viewer.