Ignore:
Timestamp:
Feb 9, 2009, 5:24:10 PM (17 years ago)
Author:
Frederik Heber <heber@…>
Children:
451d7a
Parents:
4aef8a
git-author:
Frederik Heber <heber@…> (02/09/09 15:55:37)
git-committer:
Frederik Heber <heber@…> (02/09/09 17:24:10)
Message:

Merge branch 'ConcaveHull' of ../espack2 into ConcaveHull

Conflicts:

molecuilder/src/boundary.cpp
molecuilder/src/boundary.hpp
molecuilder/src/builder.cpp
molecuilder/src/linkedcell.cpp
molecuilder/src/linkedcell.hpp
molecuilder/src/vector.cpp
molecuilder/src/vector.hpp
util/src/NanoCreator.c

Basically, this resulted from a lot of conversions two from spaces to one tab, which is my standard indentation. The mess was caused by eclipse auto-indenting. And in espack2:ConcaveHull was the new stuff, so all from ConcaveHull was replaced in case of doubt.
Additionally, vector had ofstream << operator instead ostream << ...

File:
1 edited

Legend:

Unmodified
Added
Removed

  • molecuilder/src/periodentafel.cpp

    • Property mode changed from 100644 to 100755
    r4aef8a re08f45  
    11/** \file periodentafel.cpp
    2  * 
     2 *
    33 * Function implementations for the class periodentafel.
    4  * 
     4 *
    55 */
    66
    … …  
    1414 * Initialises start and end of list and resets periodentafel::checkliste to false.
    1515 */
    16 periodentafel::periodentafel() 
    17 { 
    18   start = new element;
    19   end = new element;
    20   start->previous = NULL;
    21   start->next = end;
    22   end->previous = start;
    23   end->next = NULL;
     16periodentafel::periodentafel()
     17{
     18        start = new element;
     19        end = new element;
     20        start->previous = NULL;
     21        start->next = end;
     22        end->previous = start;
     23        end->next = NULL;
    2424};
    2525
    … …  
    2727 * Removes every element and afterwards deletes start and end of list.
    2828 */
    29 periodentafel::~periodentafel() 
    30 { 
    31   CleanupPeriodtable();
    32   delete(end);
    33   delete(start);
    34 }; 
     29periodentafel::~periodentafel()
     30{
     31        CleanupPeriodtable();
     32        delete(end);
     33        delete(start);
     34};
    3535
    3636/** Adds element to period table list
    … …  
    3838 * \return true - succeeded, false - does not occur
    3939 */
    40 bool periodentafel::AddElement(element *pointer) 
    41 { 
    42   pointer->sort = &pointer->Z;
    43   if (pointer->Z < 1 && pointer->Z >= MAX_ELEMENTS)
    44     cout << Verbose(0) << "Invalid Z number!\n";
    45   return add(pointer, end);
     40bool periodentafel::AddElement(element *pointer)
     41{
     42        pointer->sort = &pointer->Z;
     43        if (pointer->Z < 1 && pointer->Z >= MAX_ELEMENTS)
     44                cout << Verbose(0) << "Invalid Z number!\n";
     45        return add(pointer, end);
    4646};
    4747
    … …  
    5050 * \return true - succeeded, false - element not found
    5151 */
    52 bool periodentafel::RemoveElement(element *pointer) 
    53 { 
    54   return remove(pointer, start, end);
     52bool periodentafel::RemoveElement(element *pointer)
     53{
     54        return remove(pointer, start, end);
    5555};
    5656
    … …  
    5858 * \return true - succeeded, false - does not occur
    5959 */
    60 bool periodentafel::CleanupPeriodtable() 
    61 { 
    62   return cleanup(start,end);
     60bool periodentafel::CleanupPeriodtable()
     61{
     62        return cleanup(start,end);
    6363};
    6464
    … …  
    7070element * periodentafel::FindElement(int Z)
    7171{
    72   element *walker = find(&Z, start,end);
    73   if (walker == NULL) { // not found: enter and put into db
    74     cout << Verbose(0) << "Element not found in database, please enter." << endl;
    75     walker = new element;
    76     cout << Verbose(0) << "Mass: " << endl;
    77     cin >> walker->mass;
    78     walker->Z = Z; 
    79     cout << Verbose(0) << "Atomic number: " << walker->Z << endl; 
    80     cout << Verbose(0) << "Name [max 64 chars]: " << endl;
    81     cin >> walker->name;
    82     cout << Verbose(0) << "Short form [max 3 chars]: " << endl;
    83     cin >> walker->symbol;
    84     periodentafel::AddElement(walker);
    85   }
    86   return(walker);
     72        element *walker = find(&Z, start,end);
     73        if (walker == NULL) { // not found: enter and put into db
     74                cout << Verbose(0) << "Element not found in database, please enter." << endl;
     75                walker = new element;
     76                cout << Verbose(0) << "Mass: " << endl;
     77                cin >> walker->mass;
     78                walker->Z = Z;
     79                cout << Verbose(0) << "Atomic number: " << walker->Z << endl;
     80                cout << Verbose(0) << "Name [max 64 chars]: " << endl;
     81                cin >> walker->name;
     82                cout << Verbose(0) << "Short form [max 3 chars]: " << endl;
     83                cin >> walker->symbol;
     84                periodentafel::AddElement(walker);
     85        }
     86        return(walker);
    8787};
    8888
    … …  
    9494element * periodentafel::FindElement(char *shorthand) const
    9595{
    96   element *walker =  periodentafel::start;
    97   while (walker->next != periodentafel::end) {
    98     walker = walker->next;
    99     if (strncmp(walker->symbol, shorthand, 3) == 0)
    100       return(walker);
    101   }
    102   return (NULL);
     96        element *walker =       periodentafel::start;
     97        while (walker->next != periodentafel::end) {
     98                walker = walker->next;
     99                if (strncmp(walker->symbol, shorthand, 3) == 0)
     100                        return(walker);
     101        }
     102        return (NULL);
    103103};
    104104
    105105/** Asks for element number and returns pointer to element
    106106 */
    107 element * periodentafel::AskElement()
    108 {
    109   element *walker = NULL;
    110   int Z;
    111   do {
    112     cout << Verbose(0) << "Atomic number Z: ";
    113     cin >> Z;
    114     walker = this->FindElement(Z);  // give type
    115   } while (walker == NULL);
    116   return walker;
    117 };
    118 
     107element * periodentafel::AskElement()
     108{
     109        element *walker = NULL;
     110        int Z;
     111        do {
     112                cout << Verbose(0) << "Atomic number Z: ";
     113                cin >> Z;
     114                walker = this->FindElement(Z);  // give type
     115        } while (walker == NULL);
     116        return walker;
     117};
    119118
    120119/** Prints period table to given stream.
    121120 * \param output stream
    122  */ 
     121 */
    123122bool periodentafel::Output(ofstream *output) const
    124123{
    125   bool result = true;
    126   element *walker = start;
    127   if (output != NULL) {
    128     while (walker->next != end) {
    129       walker = walker->next;
    130       result = result && walker->Output(output);
    131     }
    132     return result;
    133   } else
    134     return false;
     124        bool result = true;
     125        element *walker = start;
     126        if (output != NULL) {
     127                while (walker->next != end) {
     128                        walker = walker->next;
     129                        result = result && walker->Output(output);
     130                }
     131                return result;
     132        } else
     133                return false;
    135134};
    136135
    … …  
    138137 * \param *output output stream
    139138 * \param *checkliste elements table for this molecule
    140  */ 
     139 */
    141140bool periodentafel::Checkout(ofstream *output, const int *checkliste) const
    142141{
    143   element *walker = start;
    144   bool result = true;
    145   int No = 1;
    146 
    147   if (output != NULL) {
    148     *output << "# Ion type data (PP = PseudoPotential, Z = atomic number)" << endl;
    149     *output << "#Ion_TypeNr.\tAmount\tZ\tRGauss\tL_Max(PP)L_Loc(PP)IonMass\t# chemical name, symbol" << endl;
    150     while (walker->next != end) {
    151       walker = walker->next;
    152       if ((walker != NULL) && (walker->Z > 0) && (walker->Z < MAX_ELEMENTS) && (checkliste[walker->Z])) {
    153         walker->No = No;
    154         result = result && walker->Checkout(output, No++, checkliste[walker->Z]);     
    155       }
    156     }
    157     return result;
    158   } else
    159     return false;
    160 };
    161 
     142        element *walker = start;
     143        bool result = true;
     144        int No = 1;
     145
     146        if (output != NULL) {
     147                *output << "# Ion type data (PP = PseudoPotential, Z = atomic number)" << endl;
     148                *output << "#Ion_TypeNr.\tAmount\tZ\tRGauss\tL_Max(PP)L_Loc(PP)IonMass\t# chemical name, symbol" << endl;
     149                while (walker->next != end) {
     150                        walker = walker->next;
     151                        if ((walker != NULL) && (walker->Z > 0) && (walker->Z < MAX_ELEMENTS) && (checkliste[walker->Z])) {
     152                                walker->No = No;
     153                                result = result && walker->Checkout(output, No++, checkliste[walker->Z]);
     154                        }
     155                }
     156                return result;
     157        } else
     158                return false;
     159};
    162160
    163161/** Loads element list from file.
    … …  
    166164bool periodentafel::LoadPeriodentafel(char *path)
    167165{
    168   ifstream infile;
    169   double tmp;
    170   element *ptr;
    171   bool status = true;
    172   bool otherstatus = true;
    173   char *filename = new char[MAXSTRINGSIZE];
    174  
    175   // fill elements DB
    176   strncpy(filename, path, MAXSTRINGSIZE);
    177   strncat(filename, "/", MAXSTRINGSIZE-strlen(filename));
    178   strncat(filename, STANDARDELEMENTSDB, MAXSTRINGSIZE-strlen(filename));
    179   infile.open(filename);
    180   if (infile != NULL) {
    181     infile.getline(header1, MAXSTRINGSIZE);
    182     infile.getline(header2, MAXSTRINGSIZE); // skip first two header lines
    183     cout <<  "Parsed elements:";
    184     while (!infile.eof()) {
    185       element *neues = new element;
    186       infile >> neues->name;
    187       //infile >> ws;
    188       infile >> neues->symbol;
    189       //infile >> ws;
    190       infile >> neues->period;
    191       //infile >> ws;
    192       infile >> neues->group;
    193       //infile >> ws;
    194       infile >> neues->block;
    195       //infile >> ws;
    196       infile >> neues->Z;
    197       //infile >> ws;
    198       infile >> neues->mass;
    199       //infile >> ws;
    200       infile >> neues->CovalentRadius;
    201       //infile >> ws;
    202       infile >> neues->VanDerWaalsRadius;
    203       //infile >> ws;
    204       infile >> ws;
    205       cout << " " << neues->symbol;
    206       //neues->Output((ofstream *)&cout);
    207       if ((neues->Z > 0) && (neues->Z < MAX_ELEMENTS))
    208         periodentafel::AddElement(neues);
    209       else {
    210         cout << "Could not parse element: ";
    211         neues->Output((ofstream *)&cout);
    212       }
    213     }
    214     cout << endl;
    215     infile.close();
    216     infile.clear();
    217   } else
    218     status = false;
    219 
    220   // fill valence DB per element
    221   strncpy(filename, path, MAXSTRINGSIZE);
    222   strncat(filename, "/", MAXSTRINGSIZE-strlen(filename));
    223   strncat(filename, STANDARDVALENCEDB, MAXSTRINGSIZE-strlen(filename));
    224   infile.open(filename);
    225   if (infile != NULL) {
    226     while (!infile.eof()) {
    227         infile >> tmp;
    228         infile >> ws;
    229         infile >> FindElement((int)tmp)->Valence;
    230         infile >> ws;
    231         //cout << Verbose(3) << "Element " << (int)tmp << " has " << FindElement((int)tmp)->Valence << " valence electrons." << endl;
    232     }
    233     infile.close();
    234     infile.clear();
    235   } else
    236     otherstatus = false;
    237 
    238   // fill valence DB per element
    239   strncpy(filename, path, MAXSTRINGSIZE);
    240   strncat(filename, "/", MAXSTRINGSIZE-strlen(filename));
    241   strncat(filename, STANDARDORBITALDB, MAXSTRINGSIZE-strlen(filename));
    242   infile.open(filename);
    243   if (infile != NULL) {
    244     while (!infile.eof()) {
    245       infile >> tmp;
    246       infile >> ws;
    247       infile >> FindElement((int)tmp)->NoValenceOrbitals;
    248       infile >> ws;
    249       //cout << Verbose(3) << "Element " << (int)tmp << " has " << FindElement((int)tmp)->NoValenceOrbitals << " number of singly occupied valence orbitals." << endl;
    250     }
    251     infile.close();
    252     infile.clear();
    253   } else
    254     otherstatus = false;
    255  
    256   // fill H-BondDistance DB per element
    257   strncpy(filename, path, MAXSTRINGSIZE);
    258   strncat(filename, "/", MAXSTRINGSIZE-strlen(filename));
    259   strncat(filename, STANDARDHBONDDISTANCEDB, MAXSTRINGSIZE-strlen(filename));
    260   infile.open(filename);
    261   if (infile != NULL) {
    262     while (!infile.eof()) {
    263         infile >> tmp;
    264       ptr = FindElement((int)tmp);
    265         infile >> ws;
    266       infile >> ptr->HBondDistance[0];
    267       infile >> ptr->HBondDistance[1];
    268       infile >> ptr->HBondDistance[2];
    269         infile >> ws;
    270       //cout << Verbose(3) << "Element " << (int)tmp << " has " << FindElement((int)tmp)->HBondDistance[0] << " Angstrom typical distance to hydrogen." << endl;
    271     }
    272     infile.close();
    273     infile.clear();
    274   } else
    275     otherstatus = false;
    276  
    277   // fill H-BondAngle DB per element
    278   strncpy(filename, path, MAXSTRINGSIZE);
    279   strncat(filename, "/", MAXSTRINGSIZE-strlen(filename));
    280   strncat(filename, STANDARDHBONDANGLEDB, MAXSTRINGSIZE-strlen(filename));
    281   infile.open(filename);
    282   if (infile != NULL) {
    283     while (!infile.eof()) {
    284       infile >> tmp;
    285       ptr = FindElement((int)tmp);
    286       infile >> ws;
    287       infile >> ptr->HBondAngle[0];
    288       infile >> ptr->HBondAngle[1];
    289       infile >> ptr->HBondAngle[2];
    290       infile >> ws;
    291       //cout << Verbose(3) << "Element " << (int)tmp << " has " << FindElement((int)tmp)->HBondAngle[0] << ", " << FindElement((int)tmp)->HBondAngle[1] << ", " << FindElement((int)tmp)->HBondAngle[2] << " degrees bond angle for one, two, three connected hydrogens." << endl;
    292     }
    293     infile.close();
    294   } else
    295     otherstatus = false;
    296  
    297   if (!otherstatus)
    298     cerr << "WARNING: Something went wrong while parsing the other databases!" << endl;
    299  
    300   return status;
     166        ifstream infile;
     167        double tmp;
     168        element *ptr;
     169        bool status = true;
     170        bool otherstatus = true;
     171        char filename[255];
     172
     173        // fill elements DB
     174        strncpy(filename, path, MAXSTRINGSIZE);
     175        strncat(filename, "/", MAXSTRINGSIZE-strlen(filename));
     176        strncat(filename, STANDARDELEMENTSDB, MAXSTRINGSIZE-strlen(filename));
     177        infile.open(filename);
     178        if (infile != NULL) {
     179                infile.getline(header1, MAXSTRINGSIZE);
     180                infile.getline(header2, MAXSTRINGSIZE); // skip first two header lines
     181                cout << "Parsed elements:";
     182                while (!infile.eof()) {
     183                        element *neues = new element;
     184                        infile >> neues->name;
     185                        //infile >> ws;
     186                        infile >> neues->symbol;
     187                        //infile >> ws;
     188                        infile >> neues->period;
     189                        //infile >> ws;
     190                        infile >> neues->group;
     191                        //infile >> ws;
     192                        infile >> neues->block;
     193                        //infile >> ws;
     194                        infile >> neues->Z;
     195                        //infile >> ws;
     196                        infile >> neues->mass;
     197                        //infile >> ws;
     198                        infile >> neues->CovalentRadius;
     199                        //infile >> ws;
     200                        infile >> neues->VanDerWaalsRadius;
     201                        //infile >> ws;
     202                        infile >> ws;
     203                        cout << " " << neues->symbol;
     204                        //neues->Output((ofstream *)&cout);
     205                        if ((neues->Z > 0) && (neues->Z < MAX_ELEMENTS))
     206                                periodentafel::AddElement(neues);
     207                        else {
     208                                cout << "Could not parse element: ";
     209                                neues->Output((ofstream *)&cout);
     210                        }
     211                }
     212                cout << endl;
     213                infile.close();
     214                infile.clear();
     215        } else
     216                status = false;
     217
     218        // fill valence DB per element
     219        strncpy(filename, path, MAXSTRINGSIZE);
     220        strncat(filename, "/", MAXSTRINGSIZE-strlen(filename));
     221        strncat(filename, STANDARDVALENCEDB, MAXSTRINGSIZE-strlen(filename));
     222        infile.open(filename);
     223        if (infile != NULL) {
     224                while (!infile.eof()) {
     225                        infile >> tmp;
     226                        infile >> ws;
     227                        infile >> FindElement((int)tmp)->Valence;
     228                        infile >> ws;
     229                        //cout << Verbose(3) << "Element " << (int)tmp << " has " << FindElement((int)tmp)->Valence << " valence electrons." << endl;
     230                }
     231                infile.close();
     232                infile.clear();
     233        } else
     234                otherstatus = false;
     235
     236        // fill valence DB per element
     237        strncpy(filename, path, MAXSTRINGSIZE);
     238        strncat(filename, "/", MAXSTRINGSIZE-strlen(filename));
     239        strncat(filename, STANDARDORBITALDB, MAXSTRINGSIZE-strlen(filename));
     240        infile.open(filename);
     241        if (infile != NULL) {
     242                while (!infile.eof()) {
     243                        infile >> tmp;
     244                        infile >> ws;
     245                        infile >> FindElement((int)tmp)->NoValenceOrbitals;
     246                        infile >> ws;
     247                        //cout << Verbose(3) << "Element " << (int)tmp << " has " << FindElement((int)tmp)->NoValenceOrbitals << " number of singly occupied valence orbitals." << endl;
     248                }
     249                infile.close();
     250                infile.clear();
     251        } else
     252                otherstatus = false;
     253
     254        // fill H-BondDistance DB per element
     255        strncpy(filename, path, MAXSTRINGSIZE);
     256        strncat(filename, "/", MAXSTRINGSIZE-strlen(filename));
     257        strncat(filename, STANDARDHBONDDISTANCEDB, MAXSTRINGSIZE-strlen(filename));
     258        infile.open(filename);
     259        if (infile != NULL) {
     260                while (!infile.eof()) {
     261                        infile >> tmp;
     262                        ptr = FindElement((int)tmp);
     263                        infile >> ws;
     264                        infile >> ptr->HBondDistance[0];
     265                        infile >> ptr->HBondDistance[1];
     266                        infile >> ptr->HBondDistance[2];
     267                        infile >> ws;
     268                        //cout << Verbose(3) << "Element " << (int)tmp << " has " << FindElement((int)tmp)->HBondDistance[0] << " Angstrom typical distance to hydrogen." << endl;
     269                }
     270                infile.close();
     271                infile.clear();
     272        } else
     273                otherstatus = false;
     274
     275        // fill H-BondAngle DB per element
     276        strncpy(filename, path, MAXSTRINGSIZE);
     277        strncat(filename, "/", MAXSTRINGSIZE-strlen(filename));
     278        strncat(filename, STANDARDHBONDANGLEDB, MAXSTRINGSIZE-strlen(filename));
     279        infile.open(filename);
     280        if (infile != NULL) {
     281                while (!infile.eof()) {
     282                        infile >> tmp;
     283                        ptr = FindElement((int)tmp);
     284                        infile >> ws;
     285                        infile >> ptr->HBondAngle[0];
     286                        infile >> ptr->HBondAngle[1];
     287                        infile >> ptr->HBondAngle[2];
     288                        infile >> ws;
     289                        //cout << Verbose(3) << "Element " << (int)tmp << " has " << FindElement((int)tmp)->HBondAngle[0] << ", " << FindElement((int)tmp)->HBondAngle[1] << ", " << FindElement((int)tmp)->HBondAngle[2] << " degrees bond angle for one, two, three connected hydrogens." << endl;
     290                }
     291                infile.close();
     292        } else
     293                otherstatus = false;
     294
     295        if (!otherstatus)
     296                cerr << "WARNING: Something went wrong while parsing the other databases!" << endl;
     297
     298        return status;
    301299};
    302300
    … …  
    305303bool periodentafel::StorePeriodentafel(char *path) const
    306304{
    307   bool result = true;
    308   ofstream f;
    309   char filename[MAXSTRINGSIZE];
    310  
    311   strncpy(filename, path, MAXSTRINGSIZE);
    312   strncat(filename, "/", MAXSTRINGSIZE-strlen(filename));
    313   strncat(filename, STANDARDELEMENTSDB, MAXSTRINGSIZE-strlen(filename));
    314   f.open(filename);
    315   if (f != NULL) {
    316     f << header1 << endl;
    317     f << header2 << endl;
    318     element *walker = periodentafel::start;
    319     while (walker->next != periodentafel::end) {
    320       walker = walker->next;
    321       result = result && walker->Output(&f);
    322     }
    323     f.close();
    324   } else
    325     result = false;
    326   return result;
    327 };
     305        bool result = true;
     306        ofstream f;
     307        char filename[MAXSTRINGSIZE];
     308
     309        strncpy(filename, path, MAXSTRINGSIZE);
     310        strncat(filename, "/", MAXSTRINGSIZE-strlen(filename));
     311        strncat(filename, STANDARDELEMENTSDB, MAXSTRINGSIZE-strlen(filename));
     312        f.open(filename);
     313        if (f != NULL) {
     314                f << header1 << endl;
     315                f << header2 << endl;
     316                element *walker = periodentafel::start;
     317                while (walker->next != periodentafel::end) {
     318                        walker = walker->next;
     319                        result = result && walker->Output(&f);
     320                }
     321                f.close();
     322        } else
     323                result = false;
     324        return result;
     325};
Note: See TracChangeset for help on using the changeset viewer.