Changeset d40189 for tests/integration


Ignore:
Timestamp:
Apr 23, 2021, 8:31:23 PM (5 years ago)
Author:
Frederik Heber <frederik.heber@…>
Branches:
Candidate_v1.7.0, stable
Children:
61cc0f
Parents:
cbbb6a
git-author:
Frederik Heber <frederik.heber@…> (04/28/19 22:01:20)
git-committer:
Frederik Heber <frederik.heber@…> (04/23/21 20:31:23)
Message:

OutputTemperature -> OutputEnergies, SaveTemperature -> SaveEnergies.

  • added force and momentum calculation.
  • TESTS: adapted test.ekin test file and integration/MolecularDynamics tests.
  • DOCU: Adapted userguide for changed action.
Location:
tests/integration/MolecularDynamics
Files:
8 edited

Legend:

Unmodified
Added
Removed
  • tests/integration/MolecularDynamics/post/ethane.ekin

    rcbbb6a rd40189  
    1 # Step Temperature [K] Temperature [a.u.]
    2 0       0       0
    3 1       1.401   4.43672e-06
    4 2       12.1231 3.83918e-05
    5 3       31.1417 9.86199e-05
    6 4       54.3465 0.000172105
    7 5       77.1936 0.000244458
    8 6       96.0579 0.000304198
    9 7       109.223 0.000345889
    10 8       117.142 0.000370966
    11 9       121.858 0.000385901
    12 10      125.811 0.000398422
    13 11      130.531 0.000413369
    14 12      135.791 0.000430026
    15 13      139.614 0.000442133
    16 14      139.133 0.00044061
    17 15      131.924 0.000417777
    18 16      117.233 0.000371254
    19 17      96.5924 0.00030589
    20 18      73.5771 0.000233005
    21 19      52.8126 0.000167248
    22 20      38.6023 0.000122246
    23 21      33.6441 0.000106545
    24 22      38.2553 0.000121147
    25 23      50.3448 0.000159433
    26 24      66.1376 0.000209446
    27 25      81.4161 0.00025783
    28 26      92.8668 0.000294092
    29 27      99.0622 0.000313712
    30 28      100.71  0.00031893
    31 29      100.06  0.000316871
    32 30      0       0
     1# Step  Temperature [K] Temperature [a.u.]      Momentum        Abolute Momentum        Force   Absolute Force
     20       0       0       0       0       0       0
     31       1.401   4.43672e-06     2.57954e-13     0.00504052      0.00357274      0.066264
     42       12.1231 3.83918e-05     1.12987e-12     0.01476 0.00331819      0.061694
     53       31.1417 9.86199e-05     9.9227e-13      0.0234262       0.002826        0.0529991
     64       54.3465 0.000172105     7.53833e-13     0.0304412       0.00213055      0.0430584
     75       77.1936 0.000244458     1.24229e-12     0.0353597       0.00128414      0.0322921
     86       96.0579 0.000304198     1.08248e-12     0.0398392       0.00035621      0.0213509
     97       109.223 0.000345889     1.04323e-12     0.0444114       0.000572399     0.0120274
     108       117.142 0.000370966     1.09997e-12     0.048227        0.00141165      0.0160359
     119       121.858 0.000385901     2.28758e-13     0.0514729       0.00207988      0.0195696
     1210      125.811 0.000398422     2.12031e-12     0.0543302       0.00251179      0.0175494
     1311      130.531 0.000413369     9.24642e-13     0.056918        0.00267068      0.0172561
     1412      135.791 0.000430026     1.05506e-12     0.0592588       0.00255473      0.0281656
     1513      139.614 0.000442133     1.51122e-12     0.0612817       0.00219659      0.045587
     1614      139.133 0.00044061      2.01328e-12     0.0628585       0.00165645      0.065932
     1715      131.924 0.000417777     5.34548e-13     0.0638539       0.00101084      0.0892824
     1816      117.233 0.000371254     1.51623e-12     0.0641691       0.000340559     0.114649
     1917      96.5924 0.00030589      1.42732e-12     0.0637666       0.000283701     0.136545
     2018      73.5771 0.000233005     6.88376e-13     0.0626725       0.000795992     0.152797
     2119      52.8126 0.000167248     5.84564e-13     0.0609593       0.00115536      0.161664
     2220      38.6023 0.000122246     8.37237e-12     0.0587179       0.00133364      0.161959
     2321      33.6441 0.000106545     4.44188e-12     0.0560255       0.00131885      0.153115
     2422      38.2553 0.000121147     4.45807e-12     0.056664        0.00111447      0.135211
     2523      50.3448 0.000159433     5.09646e-12     0.0657489       0.000742364     0.108977
     2624      66.1376 0.000209446     8.01076e-12     0.0753349       0.000286079     0.0757502
     2725      81.4161 0.00025783      3.96693e-12     0.0831968       0.000494922     0.0374326
     2826      92.8668 0.000294092     7.08735e-12     0.0885877       0.00112148      0.0225093
     2927      99.0622 0.000313712     9.57206e-12     0.0910247       0.00172918      0.0587604
     3028      100.71  0.00031893      4.09932e-12     0.0905912       0.00222144      0.0970089
     3129      100.06  0.000316871     6.54523e-12     0.0875692       0.00252291      0.130685
     3230      0       0       0       0       0.00257913      0.1578
  • tests/integration/MolecularDynamics/post/methane.ekin

    rcbbb6a rd40189  
    1 # Step Temperature [K] Temperature [a.u.]
    2 0       0       0
    3 1       0.000863351     2.73407e-09
    4 2       0.00727496      2.30384e-08
    5 3       0.0176719       5.59635e-08
    6 4       0.0281436       8.91255e-08
    7 5       0.0348099       1.10237e-07
    8 6       0.0353158       1.11838e-07
    9 7       0.029723        9.41274e-08
    10 8       0.0204576       6.47853e-08
    11 9       0.0113367       3.59012e-08
    12 10      0.00606215      1.91977e-08
    13 11      0.00676706      2.143e-08
    14 12      0.0131817       4.17441e-08
    15 13      0.0227414       7.20177e-08
    16 14      0.0315922       1.00047e-07
    17 15      0.0361049       1.14338e-07
    18 16      0.0343052       1.08638e-07
    19 17      0.0266637       8.4439e-08
    20 18      0.0159337       5.0459e-08
    21 19      0.00609691      1.93078e-08
    22 20      0.000826957     2.61882e-09
    23 21      0.0020693       6.55309e-09
    24 22      0.00929375      2.94316e-08
    25 23      0.01971 6.2418e-08
    26 24      0.0293594       9.29757e-08
    27 25      0.034652        1.09737e-07
    28 26      0.0337483       1.06875e-07
    29 27      0.0272467       8.62853e-08
    30 28      0.0179175       5.67416e-08
    31 29      0.00959431      3.03834e-08
    32 30      0       0
     1# Step  Temperature [K] Temperature [a.u.]      Momentum        Abolute Momentum        Force   Absolute Force
     20       0       0       0       0       0       0
     31       0.000863351     2.73407e-09     1.2172e-14      0.000115081     0.00211491      0.00253608
     42       0.00727496      2.30384e-08     3.21331e-14     0.000334607     0.00191794      0.00230147
     53       0.0176719       5.59635e-08     1.98279e-14     0.000523328     0.00154631      0.00185858
     64       0.0281436       8.91255e-08     5.59618e-14     0.000664274     0.00104642      0.00126201
     75       0.0348099       1.10237e-07     4.54568e-14     0.000745497     0.000518864     0.000630743
     86       0.0353158       1.11838e-07     8.40663e-14     0.00076148      0.000449483     0.000535393
     97       0.029723        9.41274e-08     7.91427e-14     0.000714182     0.000939346     0.00112269
     108       0.0204576       6.47853e-08     3.43205e-14     0.000614094     0.00141752      0.00169359
     119       0.0113367       3.59012e-08     4.31647e-14     0.000485177     0.00176489      0.00211218
     1210      0.00606215      1.91977e-08     1.97794e-14     0.000385128     0.00193639      0.00231969
     1311      0.00676706      2.143e-08       3.66377e-14     0.000373837     0.00191298      0.00229362
     1412      0.0131817       4.17441e-08     8.46967e-14     0.000451531     0.00169796      0.00203792
     1513      0.0227414       7.20177e-08     4.71319e-14     0.000565648     0.00131631      0.0015888
     1614      0.0315922       1.00047e-07     9.59174e-15     0.000661445     0.000817211     0.000999064
     1715      0.0361049       1.14338e-07     1.16037e-14     0.000702479     0.000333106     0.000423937
     1816      0.0343052       1.08638e-07     3.19296e-14     0.00068007      0.000528082     0.000630566
     1917      0.0266637       8.4439e-08      6.53126e-14     0.000594256     0.00104725      0.00124796
     2018      0.0159337       5.0459e-08      6.06521e-14     0.000452554     0.001493        0.00178051
     2119      0.00609691      1.93078e-08     1.06581e-14     0.000273144     0.00179313      0.00213963
     2220      0.000826957     2.61882e-09     6.77149e-15     0.000118154     0.00191217      0.002283
     2321      0.0020693       6.55309e-09     9.84265e-15     0.000186594     0.00183745      0.00219537
     2422      0.00929375      2.94316e-08     5.95347e-14     0.000371295     0.00157913      0.00188856
     2523      0.01971 6.2418e-08      4.56724e-14     0.000525725     0.00117251      0.00140395
     2624      0.0293594       9.29757e-08     6.71977e-14     0.000630164     0.00069651      0.000835142
     2725      0.034652        1.09737e-07     7.16906e-14     0.000674343     0.000448469     0.000548784
     2826      0.0337483       1.06875e-07     2.79167e-14     0.000656999     0.000810418     0.000966341
     2927      0.0272467       8.62853e-08     6.08695e-14     0.00058281      0.00129905      0.00155278
     3028      0.0179175       5.67416e-08     7.79305e-14     0.000466508     0.00170109      0.00203175
     3129      0.00959431      3.03834e-08     9.81057e-14     0.0003685       0.00194895      0.00232521
     3230      0       0       0       0       0.00200927      0.00239413
  • tests/integration/MolecularDynamics/post/water-system.ekin

    rcbbb6a rd40189  
    1 # Step Temperature [K] Temperature [a.u.]
    2 0       0       0
    3 1       1578.89 0.00500004
    4 2       12430.2 0.0393643
    5 3       26507   0.0839426
    6 4       35077.8 0.111085
    7 5       34197.5 0.108297
    8 6       25566.8 0.0809654
    9 7       14001.2 0.0443391
    10 8       4595.58 0.0145533
    11 9       950.219 0.00300917
    12 10      4381.29 0.0138747
    13 11      13703.6 0.0433968
    14 12      25399.1 0.0804342
    15 13      34352.3 0.108787
    16 14      35593.2 0.112717
    17 15      27188.8 0.0861018
    18 16      12958.7 0.0410377
    19 17      1781.96 0.00564314
    20 18      1581.75 0.00500911
    21 19      12456.1 0.0394463
    22 20      26589.9 0.0842054
    23 21      35058.7 0.111024
    24 22      33936.3 0.10747
    25 23      25087.4 0.0794472
    26 24      13471.1 0.0426605
    27 25      4223.04 0.0133736
    28 26      884.701 0.00280169
    29 27      4652.61 0.014734
    30 28      14204.6 0.0449835
    31 29      25917.7 0.0820765
    32 30      0       0
     1# Step  Temperature [K] Temperature [a.u.]      Momentum        Abolute Momentum        Force   Absolute Force
     20       0       0       0       0       0       0
     31       1578.89 0.00500004      9.06188e-13     0.661194        14.3685 16.4039
     42       12430.2 0.0393643       1.9935e-11      1.8488  11.2087 12.8036
     53       26507   0.0839426       1.1623e-10      2.68058 6.05849 6.93555
     64       35077.8 0.111085        6.10614e-11     3.0483  0.450909        0.589246
     75       34197.5 0.108297        2.96961e-11     2.95677 4.48443 5.09569
     86       25566.8 0.0809654       5.21259e-11     2.48409 8.23102 9.36826
     97       14001.2 0.0443391       1.38478e-10     1.74411 10.7021 12.1896
     108       4595.58 0.0145533       7.27373e-12     0.902779        11.9922 13.6653
     119       950.219 0.00300917      1.43578e-12     0.66937 12.2121 13.9211
     1210      4381.29 0.0138747       1.17613e-11     1.48253 11.4138 13.0157
     1311      13703.6 0.0433968       3.34285e-11     2.3626  9.57008 10.9182
     1412      25399.1 0.0804342       2.33371e-10     3.0736  6.59631 7.53183
     1513      34352.3 0.108787        4.53296e-11     3.49339 2.42475 2.78136
     1614      35593.2 0.112717        3.60412e-11     3.51559 2.83721 3.22266
     1715      27188.8 0.0861018       1.36896e-11     3.06485 8.66953 9.86756
     1816      12958.7 0.0410377       1.19465e-10     2.13853 13.9648 15.9024
     1917      1781.96 0.00564314      3.33153e-12     0.852408        17.2297 19.6231
     2018      1581.75 0.00500911      1.3196e-11      0.617324        17.3252 19.731
     2119      12456.1 0.0394463       8.97504e-11     1.90791 14.2467 16.221
     2220      26589.9 0.0842054       7.12127e-11     2.85094 9.12579 10.3833
     2321      35058.7 0.111024        2.67518e-11     3.32459 3.45039 3.91714
     2422      33936.3 0.10747 1.4832e-10      3.32963 1.67646 1.95061
     2523      25087.4 0.0794472       1.25843e-10     2.94034 5.73859 6.57007
     2624      13471.1 0.0426605       7.45507e-11     2.26257 8.63146 9.86449
     2725      4223.04 0.0133736       2.98024e-11     1.4189  10.4245 11.9047
     2826      884.701 0.00280169      2.83742e-12     0.652115        11.2034 12.7879
     2927      4652.61 0.014734        6.45068e-12     0.90172 10.996  12.5457
     3028      14204.6 0.0449835       5.23856e-11     1.71093 9.75127 11.1202
     3129      25917.7 0.0820765       1.64928e-10     2.41862 7.35857 8.38604
     3230      0       0       0       0       3.72276 4.23596
  • tests/integration/MolecularDynamics/post/water.ekin

    rcbbb6a rd40189  
    1 # Step Temperature [K] Temperature [a.u.]
    2 0       0       0
    3 1       58.4772 0.000185187
    4 2       460.379 0.00145794
    5 3       981.739 0.00310899
    6 4       1299.18 0.00411426
    7 5       1266.57 0.004011
    8 6       946.919 0.00299872
    9 7       518.562 0.00164219
    10 8       170.207 0.000539013
    11 9       35.1933 0.000111451
    12 10      162.27  0.000513879
    13 11      507.542 0.00160729
    14 12      940.707 0.00297904
    15 13      1272.31 0.00402916
    16 14      1318.27 0.00417471
    17 15      1006.99 0.00318896
    18 16      479.95  0.00151991
    19 17      65.9985 0.000209005
    20 18      58.5834 0.000185523
    21 19      461.338 0.00146097
    22 20      984.812 0.00311872
    23 21      1298.47 0.00411202
    24 22      1256.9  0.00398037
    25 23      929.163 0.00294249
    26 24      498.929 0.00158002
    27 25      156.409 0.000495318
    28 26      32.7667 0.000103766
    29 27      172.319 0.000545702
    30 28      526.098 0.00166605
    31 29      959.914 0.00303987
    32 30      0       0
     1# Step  Temperature [K] Temperature [a.u.]      Momentum        Abolute Momentum        Force   Absolute Force
     20       0       0       0       0       0       0
     31       58.4772 0.000185187     3.3674e-14      0.0244887       0.532165        0.607551
     42       460.379 0.00145794      7.38394e-13     0.0684741       0.415137        0.474208
     53       981.739 0.00310899      7.8601e-12      0.0992806       0.224388        0.256872
     64       1299.18 0.00411426      6.69922e-12     0.1129  0.0167003       0.0218239
     75       1266.57 0.004011        1.10014e-12     0.10951 0.16609 0.188729
     86       946.919 0.00299872      1.9307e-12      0.0920035       0.304852        0.346972
     97       518.562 0.00164219      6.69666e-12     0.0645965       0.396375        0.451468
     108       170.207 0.000539013     1.47926e-13     0.0334362       0.444154        0.506122
     119       35.1933 0.000111451     1.34127e-12     0.0247915       0.4523  0.515597
     1210      162.27  0.000513879     4.46311e-13     0.0549084       0.422732        0.482065
     1311      507.542 0.00160729      7.78896e-13     0.0875038       0.354448        0.404376
     1412      940.707 0.00297904      8.64447e-12     0.113837        0.244308        0.278957
     1513      1272.31 0.00402916      1.42651e-12     0.129385        0.0898054       0.103013
     1614      1318.27 0.00417471      9.42611e-13     0.130207        0.105082        0.119358
     1715      1006.99 0.00318896      3.23733e-12     0.113513        0.321094        0.365465
     1816      479.95  0.00151991      4.40349e-12     0.0792048       0.517215        0.588976
     1917      65.9985 0.000209005     8.65235e-13     0.0315707       0.638138        0.726781
     2018      58.5834 0.000185523     5.16138e-13     0.0228638       0.641673        0.730779
     2119      461.338 0.00146097      1.39973e-11     0.0706635       0.527655        0.600779
     2220      984.812 0.00311872      6.45097e-12     0.105591        0.337992        0.384565
     2321      1298.47 0.00411202      2.55576e-12     0.123133        0.127792        0.145079
     2422      1256.9  0.00398037      1.49027e-11     0.12332 0.0620911       0.072245
     2523      929.163 0.00294249      4.59533e-12     0.108901        0.21254 0.243336
     2624      498.929 0.00158002      1.65184e-12     0.0837989       0.319684        0.365351
     2725      156.409 0.000495318     2.48902e-12     0.0525517       0.386093        0.440915
     2826      32.7667 0.000103766     1.15889e-12     0.0241524       0.414942        0.473624
     2927      172.319 0.000545702     4.35334e-13     0.033397        0.407261        0.464654
     3028      526.098 0.00166605      4.60045e-13     0.063368        0.361158        0.41186
     3129      959.914 0.00303987      6.08612e-12     0.0895786       0.27254 0.310594
     3230      0       0       0       0       0.13788 0.156887
  • tests/integration/MolecularDynamics/testsuite-integration-moleculardynamics-ethane.at

    rcbbb6a rd40189  
    8888        -i $outputfile \
    8989        --select-all-atoms \
    90         --save-temperature $tempfile], 0, [ignore], [ignore])
     90        --save-energies $tempfile], 0, [ignore], [ignore])
    9191AT_CHECK([diff $tempfile ${abs_top_srcdir}/tests/integration/MolecularDynamics/post/$tempfile], 0)
    9292
  • tests/integration/MolecularDynamics/testsuite-integration-moleculardynamics-methane.at

    rcbbb6a rd40189  
    8888        -i $outputfile \
    8989        --select-all-atoms \
    90         --save-temperature $tempfile], 0, [ignore], [ignore])
     90        --save-energies $tempfile], 0, [ignore], [ignore])
    9191AT_CHECK([diff $tempfile ${abs_top_srcdir}/tests/integration/MolecularDynamics/post/$tempfile], 0)
    9292
  • tests/integration/MolecularDynamics/testsuite-integration-moleculardynamics-water-system.at

    rcbbb6a rd40189  
    9393        -i $outputfile \
    9494        --select-all-atoms \
    95         --save-temperature $tempfile], 0, [ignore], [ignore])
     95        --save-energies $tempfile], 0, [ignore], [ignore])
    9696AT_CHECK([diff $tempfile ${abs_top_srcdir}/tests/integration/MolecularDynamics/post/$tempfile], 0)
    9797
  • tests/integration/MolecularDynamics/testsuite-integration-moleculardynamics-water.at

    rcbbb6a rd40189  
    8888        -i $outputfile \
    8989        --select-all-atoms \
    90         --save-temperature $tempfile], 0, [ignore], [ignore])
     90        --save-energies $tempfile], 0, [ignore], [ignore])
    9191AT_CHECK([diff $tempfile ${abs_top_srcdir}/tests/integration/MolecularDynamics/post/$tempfile], 0)
    9292
Note: See TracChangeset for help on using the changeset viewer.