Changeset a8b9d61 for src


Ignore:
Timestamp:
Oct 16, 2008, 9:27:17 AM (16 years ago)
Author:
Frederik Heber <heber@…>
Branches:
Action_Thermostats, Add_AtomRandomPerturbation, Add_FitFragmentPartialChargesAction, Add_RotateAroundBondAction, Add_SelectAtomByNameAction, Added_ParseSaveFragmentResults, AddingActions_SaveParseParticleParameters, Adding_Graph_to_ChangeBondActions, Adding_MD_integration_tests, Adding_ParticleName_to_Atom, Adding_StructOpt_integration_tests, AtomFragments, Automaking_mpqc_open, AutomationFragmentation_failures, Candidate_v1.5.4, Candidate_v1.6.0, Candidate_v1.6.1, ChangeBugEmailaddress, ChangingTestPorts, ChemicalSpaceEvaluator, CombiningParticlePotentialParsing, Combining_Subpackages, Debian_Package_split, Debian_package_split_molecuildergui_only, Disabling_MemDebug, Docu_Python_wait, EmpiricalPotential_contain_HomologyGraph, EmpiricalPotential_contain_HomologyGraph_documentation, Enable_parallel_make_install, Enhance_userguide, Enhanced_StructuralOptimization, Enhanced_StructuralOptimization_continued, Example_ManyWaysToTranslateAtom, Exclude_Hydrogens_annealWithBondGraph, FitPartialCharges_GlobalError, Fix_BoundInBox_CenterInBox_MoleculeActions, Fix_ChargeSampling_PBC, Fix_ChronosMutex, Fix_FitPartialCharges, Fix_FitPotential_needs_atomicnumbers, Fix_ForceAnnealing, Fix_IndependentFragmentGrids, Fix_ParseParticles, Fix_ParseParticles_split_forward_backward_Actions, Fix_PopActions, Fix_QtFragmentList_sorted_selection, Fix_Restrictedkeyset_FragmentMolecule, Fix_StatusMsg, Fix_StepWorldTime_single_argument, Fix_Verbose_Codepatterns, Fix_fitting_potentials, Fixes, ForceAnnealing_goodresults, ForceAnnealing_oldresults, ForceAnnealing_tocheck, ForceAnnealing_with_BondGraph, ForceAnnealing_with_BondGraph_continued, ForceAnnealing_with_BondGraph_continued_betteresults, ForceAnnealing_with_BondGraph_contraction-expansion, FragmentAction_writes_AtomFragments, FragmentMolecule_checks_bonddegrees, GeometryObjects, Gui_Fixes, Gui_displays_atomic_force_velocity, ImplicitCharges, IndependentFragmentGrids, IndependentFragmentGrids_IndividualZeroInstances, IndependentFragmentGrids_IntegrationTest, IndependentFragmentGrids_Sole_NN_Calculation, JobMarket_RobustOnKillsSegFaults, JobMarket_StableWorkerPool, JobMarket_unresolvable_hostname_fix, MoreRobust_FragmentAutomation, ODR_violation_mpqc_open, PartialCharges_OrthogonalSummation, PdbParser_setsAtomName, PythonUI_with_named_parameters, QtGui_reactivate_TimeChanged_changes, Recreated_GuiChecks, Rewrite_FitPartialCharges, RotateToPrincipalAxisSystem_UndoRedo, SaturateAtoms_findBestMatching, SaturateAtoms_singleDegree, StoppableMakroAction, Subpackage_CodePatterns, Subpackage_JobMarket, Subpackage_LinearAlgebra, Subpackage_levmar, Subpackage_mpqc_open, Subpackage_vmg, Switchable_LogView, ThirdParty_MPQC_rebuilt_buildsystem, TrajectoryDependenant_MaxOrder, TremoloParser_IncreasedPrecision, TremoloParser_MultipleTimesteps, TremoloParser_setsAtomName, Ubuntu_1604_changes, stable
Children:
f00693
Parents:
52f5d5
Message:

ParseCommandLineOptions(): All cases now make thorough checks verifying the correct number of subsequent arguments.

File:
1 edited

Legend:

Unmodified
Added
Removed

  • src/builder.cpp

    r52f5d5 ra8b9d61  
    840840            break;
    841841          case 'e':
    842             cout << "Using " << argv[argptr] << " as elements database." << endl;
    843             PathToDatabases = argv[argptr];
    844             argptr+=1;
     842            if ((argptr >= argc) || (argv[argptr][0] == '-')) {
     843              cerr << "Not enough or invalid arguments for specifying element db: -e <db file>" << endl;
     844            } else {
     845              cout << "Using " << argv[argptr] << " as elements database." << endl;
     846              PathToDatabases = argv[argptr];
     847              argptr+=1;
     848            }
    845849            break;
    846850          case 'n':
    … …  
    914918            case 'p':
    915919              ExitFlag = 1;
    916               SaveFlag = true;
    917               cout << Verbose(1) << "Parsing xyz file for new atoms." << endl;
    918               if (!mol->AddXYZFile(argv[argptr]))
    919                 cout << Verbose(2) << "File not found." << endl;
    920               else {
    921                 cout << Verbose(2) << "File found and parsed." << endl;
    922                 config_present = present;
     920              if ((argptr >= argc) || (argv[argptr][0] == '-')) {
     921                cerr << "Not enough arguments for parsing: -p <xyz file>" << endl;
     922              } else {
     923                SaveFlag = true;
     924                cout << Verbose(1) << "Parsing xyz file for new atoms." << endl;
     925                if (!mol->AddXYZFile(argv[argptr]))
     926                  cout << Verbose(2) << "File not found." << endl;
     927                else {
     928                  cout << Verbose(2) << "File found and parsed." << endl;
     929                  config_present = present;
     930                }
    923931              }
    924932              break;
    925933            case 'a':
    926934              ExitFlag = 1;
    927               SaveFlag = true;
    928               cout << Verbose(1) << "Adding new atom with element " << argv[argptr] << " at (" << argv[argptr+1] << "," << argv[argptr+2] << "," << argv[argptr+3] << "), ";
    929               first = new atom;
    930               first->type = periode->FindElement(atoi(argv[argptr]));
    931               if (first->type != NULL)
    932                 cout << Verbose(2) << "found element " << first->type->name << endl;
    933               for (int i=NDIM;i--;)
    934                 first->x.x[i] = atof(argv[argptr+1+i]);
    935               if (first->type != NULL) {
    936                 mol->AddAtom(first);  // add to molecule
    937                 if ((config_present == empty) && (mol->AtomCount != 0))
    938                   config_present = present;
    939               } else
    940                 cerr << Verbose(1) << "Could not find the specified element." << endl;
    941               argptr+=4;
     935              if ((argptr >= argc) || (argv[argptr][0] == '-') || (!IsValidNumber(argv[argptr+1]))) {
     936                cerr << "Not enough or invalid arguments for adding atom: -a <element> <x> <y> <z>" << endl;
     937              } else {
     938                SaveFlag = true;
     939                cout << Verbose(1) << "Adding new atom with element " << argv[argptr] << " at (" << argv[argptr+1] << "," << argv[argptr+2] << "," << argv[argptr+3] << "), ";
     940                first = new atom;
     941                first->type = periode->FindElement(atoi(argv[argptr]));
     942                if (first->type != NULL)
     943                  cout << Verbose(2) << "found element " << first->type->name << endl;
     944                for (int i=NDIM;i--;)
     945                  first->x.x[i] = atof(argv[argptr+1+i]);
     946                if (first->type != NULL) {
     947                  mol->AddAtom(first);  // add to molecule
     948                  if ((config_present == empty) && (mol->AtomCount != 0))
     949                    config_present = present;
     950                } else
     951                  cerr << Verbose(1) << "Could not find the specified element." << endl;
     952                argptr+=4;
     953              }
    942954              break;
    943955            default:   // no match? Don't step on (this is done in next switch's default)
    … …  
    978990                delete[](MinimumRingSize);
    979991              }
    980               argptr+=1;
     992              //argptr+=1;
    981993              break;
    982994            case 'E':
    983995              ExitFlag = 1;
    984               SaveFlag = true;
    985               cout << Verbose(1) << "Changing atom " << argv[argptr] << " to element " << argv[argptr+1] << "." << endl;
    986               first = mol->FindAtom(atoi(argv[argptr]));
    987               first->type = periode->FindElement(atoi(argv[argptr+1]));
    988               argptr+=2;
     996              if ((argptr+1 >= argc) || (!IsValidNumber(argv[argptr])) || (argv[argptr+1][0] == '-')) {
     997                cerr << "Not enough or invalid arguments given for changing element: -E <atom nr.> <element>" << endl;
     998              } else {
     999                SaveFlag = true;
     1000                cout << Verbose(1) << "Changing atom " << argv[argptr] << " to element " << argv[argptr+1] << "." << endl;
     1001                first = mol->FindAtom(atoi(argv[argptr]));
     1002                first->type = periode->FindElement(atoi(argv[argptr+1]));
     1003                argptr+=2;
     1004              }
    9891005              break;
    9901006            case 'T':
    9911007              ExitFlag = 1;
    992               {
     1008              if ((argptr >= argc) || (argv[argptr][0] == '-')) {
     1009                cerr << "Not enough or invalid arguments given for storing tempature: -T <temperature file>" << endl;
     1010              } else {
    9931011                cout << Verbose(1) << "Storing temperatures in " << argv[argptr] << "." << endl;
    9941012                ofstream *output = new ofstream(argv[argptr], ios::trunc);
    … …  
    9991017                output->close();
    10001018                delete(output);
     1019                argptr+=1;
    10011020              }
    1002               argptr+=1;
    10031021              break;
    10041022            case 'P':
    10051023              ExitFlag = 1;
    1006               SaveFlag = true;
    1007               cout << Verbose(1) << "Parsing forces file and Verlet integrating." << endl;
    1008               if (!mol->VerletForceIntegration(argv[argptr], configuration.Deltat, configuration.GetIsAngstroem()))
    1009                 cout << Verbose(2) << "File not found." << endl;
    1010               else
    1011                 cout << Verbose(2) << "File found and parsed." << endl;
    1012               argptr+=1;
     1024              if ((argptr >= argc) || (argv[argptr][0] == '-')) {
     1025                cerr << "Not enough or invalid arguments given for parsing and integrating forces: -P <forces file>" << endl;
     1026              } else {
     1027                SaveFlag = true;
     1028                cout << Verbose(1) << "Parsing forces file and Verlet integrating." << endl;
     1029                if (!mol->VerletForceIntegration(argv[argptr], configuration.Deltat, configuration.GetIsAngstroem()))
     1030                  cout << Verbose(2) << "File not found." << endl;
     1031                else
     1032                  cout << Verbose(2) << "File found and parsed." << endl;
     1033                argptr+=1;
     1034              }
    10131035              break;
    10141036            case 't':
    10151037              ExitFlag = 1;
    1016               SaveFlag = true;
    1017               cout << Verbose(1) << "Translating all ions to new origin." << endl;
    1018               for (int i=NDIM;i--;)
    1019                 x.x[i] = atof(argv[argptr+i]);
    1020               mol->Translate((const Vector *)&x);
    1021               argptr+=3;
     1038              if ((argptr+2 >= argc) || (!IsValidNumber(argv[argptr])) || (!IsValidNumber(argv[argptr+1])) || (!IsValidNumber(argv[argptr+2])) ) {
     1039                cerr << "Not enough or invalid arguments given for translation: -t <x> <y> <z>" << endl;
     1040              } else {
     1041                ExitFlag = 1;
     1042                SaveFlag = true;
     1043                cout << Verbose(1) << "Translating all ions to new origin." << endl;
     1044                for (int i=NDIM;i--;)
     1045                  x.x[i] = atof(argv[argptr+i]);
     1046                mol->Translate((const Vector *)&x);
     1047                argptr+=3;
     1048              }
    10221049              break;
    10231050            case 's':
    10241051              ExitFlag = 1;
    1025               SaveFlag = true;
    1026               j = -1;
    1027               cout << Verbose(1) << "Scaling all ion positions by factor." << endl;
    1028               factor = new double[NDIM];
    1029               factor[0] = atof(argv[argptr]);
    1030               if (argc > argptr+1)
    1031                 argptr++;
    1032               factor[1] = atof(argv[argptr]);
    1033               if (argc > argptr+1)
    1034                 argptr++;
    1035               factor[2] = atof(argv[argptr]);
    1036               mol->Scale(&factor);
    1037               for (int i=0;i<NDIM;i++) {
    1038                 j += i+1;
    1039                 x.x[i] = atof(argv[NDIM+i]);
    1040                 mol->cell_size[j]*=factor[i];
     1052              if ((argptr >= argc) || (!IsValidNumber(argv[argptr])) ) {
     1053                cerr << "Not enough or invalid arguments given for scaling: -s <factor/[factor_x]> [factor_y] [factor_z]" << endl;
     1054              } else {
     1055                SaveFlag = true;
     1056                j = -1;
     1057                cout << Verbose(1) << "Scaling all ion positions by factor." << endl;
     1058                factor = new double[NDIM];
     1059                factor[0] = atof(argv[argptr]);
     1060                if ((argptr < argc) && (IsValidNumber(argv[argptr])))
     1061                  argptr++;
     1062                factor[1] = atof(argv[argptr]);
     1063                if ((argptr < argc) && (IsValidNumber(argv[argptr])))
     1064                  argptr++;
     1065                factor[2] = atof(argv[argptr]);
     1066                mol->Scale(&factor);
     1067                for (int i=0;i<NDIM;i++) {
     1068                  j += i+1;
     1069                  x.x[i] = atof(argv[NDIM+i]);
     1070                  mol->cell_size[j]*=factor[i];
     1071                }
     1072                delete[](factor);
     1073                argptr+=1;
    10411074              }
    1042               delete[](factor);
    1043               argptr+=1;
    10441075              break;
    10451076            case 'b':
    10461077              ExitFlag = 1;
    1047               SaveFlag = true;
    1048               j = -1;
    1049               cout << Verbose(1) << "Centering atoms in config file within given simulation box." << endl;
    1050               j=-1;
    1051               for (int i=0;i<NDIM;i++) {
    1052                 j += i+1;
    1053                 x.x[i] = atof(argv[argptr++]);
    1054                 mol->cell_size[j] += x.x[i]*2.;
     1078              if ((argptr+2 >= argc) || (!IsValidNumber(argv[argptr])) || (!IsValidNumber(argv[argptr+1])) || (!IsValidNumber(argv[argptr+2])) ) {
     1079                cerr << "Not enough or invalid arguments given for centering in box: -b <length_x> <length_y> <length_z>" << endl;
     1080              } else {
     1081                SaveFlag = true;
     1082                j = -1;
     1083                cout << Verbose(1) << "Centering atoms in config file within given simulation box." << endl;
     1084                j=-1;
     1085                for (int i=0;i<NDIM;i++) {
     1086                  j += i+1;
     1087                  x.x[i] = atof(argv[argptr++]);
     1088                  mol->cell_size[j] += x.x[i]*2.;
     1089                }
     1090                // center
     1091                mol->CenterInBox((ofstream *)&cout, &x);
     1092                // update Box of atoms by boundary
     1093                mol->SetBoxDimension(&x);
    10551094              }
    1056               // center
    1057               mol->CenterInBox((ofstream *)&cout, &x);
    1058               // update Box of atoms by boundary
    1059               mol->SetBoxDimension(&x);
    10601095              break;
    10611096            case 'c':
    10621097              ExitFlag = 1;
    1063               SaveFlag = true;
    1064               j = -1;
    1065               cout << Verbose(1) << "Centering atoms in config file within given additional boundary." << endl;
    1066               // make every coordinate positive
    1067               mol->CenterEdge((ofstream *)&cout, &x);
    1068               // update Box of atoms by boundary
    1069               mol->SetBoxDimension(&x);
    1070               // translate each coordinate by boundary
    1071               j=-1;
    1072               for (int i=0;i<NDIM;i++) {
    1073                 j += i+1;
    1074                 x.x[i] = atof(argv[argptr++]);
    1075                 mol->cell_size[j] += x.x[i]*2.;
     1098              if ((argptr+2 >= argc) || (!IsValidNumber(argv[argptr])) || (!IsValidNumber(argv[argptr+1])) || (!IsValidNumber(argv[argptr+2])) ) {
     1099                cerr << "Not enough or invalid arguments given for centering with boundary: -c <boundary_x> <boundary_y> <boundary_z>" << endl;
     1100              } else {
     1101                SaveFlag = true;
     1102                j = -1;
     1103                cout << Verbose(1) << "Centering atoms in config file within given additional boundary." << endl;
     1104                // make every coordinate positive
     1105                mol->CenterEdge((ofstream *)&cout, &x);
     1106                // update Box of atoms by boundary
     1107                mol->SetBoxDimension(&x);
     1108                // translate each coordinate by boundary
     1109                j=-1;
     1110                for (int i=0;i<NDIM;i++) {
     1111                  j += i+1;
     1112                  x.x[i] = atof(argv[argptr++]);
     1113                  mol->cell_size[j] += x.x[i]*2.;
     1114                }
     1115                mol->Translate((const Vector *)&x);
    10761116              }
    1077               mol->Translate((const Vector *)&x);
    10781117              break;
    10791118            case 'O':
    … …  
    10921131            case 'f':
    10931132              ExitFlag = 1;
    1094               cout << "Fragmenting molecule with bond distance " << argv[argptr] << " angstroem, order of " << argv[argptr+1] << "." << endl;
    1095               if (argc >= argptr+2) {
     1133              if ((argptr+1 >= argc) || (!IsValidNumber(argv[argptr])) || (!IsValidNumber(argv[argptr+1]))) {
     1134                cerr << "Not enough or invalid arguments for fragmentation: -f <max. bond distance> <bond order>" << endl;
     1135              } else {
     1136                cout << "Fragmenting molecule with bond distance " << argv[argptr] << " angstroem, order of " << argv[argptr+1] << "." << endl;
    10961137                cout << Verbose(0) << "Creating connection matrix..." << endl;
    10971138                start = clock();
    … …  
    11031144                end = clock();
    11041145                cout << Verbose(0) << "Clocks for this operation: " << (end-start) << ", time: " << ((double)(end-start)/CLOCKS_PER_SEC) << "s." << endl;
    1105                 argptr+=1;
    1106               } else {
    1107                 cerr << "Not enough arguments for fragmentation: -f <max. bond distance> <bond order>" << endl;
     1146                argptr+=2;
    11081147              }
    11091148              break;
    … …  
    11301169            case 'U':
    11311170              ExitFlag = 1;
    1132               volume = atof(argv[argptr++]);
    1133               cout << Verbose(0) << "Using " << volume << " angstrom^3 as the volume instead of convex envelope one's." << endl; 
     1171              if ((argptr+1 >= argc) || (!IsValidNumber(argv[argptr])) || (!IsValidNumber(argv[argptr+1])) ) {
     1172                cerr << "Not enough or invalid arguments given for suspension with specified volume: -U <volume> <density>" << endl;
     1173                volume = -1; // for case 'u': don't print error again
     1174              } else {
     1175                volume = atof(argv[argptr++]);
     1176                cout << Verbose(0) << "Using " << volume << " angstrom^3 as the volume instead of convex envelope one's." << endl;
     1177              }
    11341178            case 'u':
    11351179              ExitFlag = 1;
    1136               {
     1180              if ((argptr >= argc) || (!IsValidNumber(argv[argptr])) ) {
     1181                if (volume != -1)
     1182                  cerr << "Not enough arguments given for suspension: -u <density>" << endl;
     1183              } else {
    11371184                double density;
    11381185                SaveFlag = true;
    … …  
    11491196//                  repetition[i] = 1;
    11501197//                }
    1151                 PrepareClustersinWater((ofstream *)&cout, &configuration, mol, volume, density);
     1198                PrepareClustersinWater((ofstream *)&cout, &configuration, mol, volume, density);  // if volume == 0, will calculate from ConvexEnvelope
    11521199              }
    11531200              break;
    11541201            case 'd':
    11551202              ExitFlag = 1;
    1156               SaveFlag = true;
    1157               for (int axis = 1; axis <= NDIM; axis++) {
    1158                 int faktor = atoi(argv[argptr++]);
    1159                 int count;
    1160                 element ** Elements;
    1161                 Vector ** vectors;
    1162                 if (faktor < 1) {
    1163                   cerr << Verbose(0) << "ERROR: Repetition faktor mus be greater than 1!" << endl;
    1164                   faktor = 1;
    1165                 }
    1166                 mol->CountAtoms((ofstream *)&cout);  // recount atoms
    1167                 if (mol->AtomCount != 0) {  // if there is more than none
    1168                   count = mol->AtomCount;   // is changed becausing of adding, thus has to be stored away beforehand
    1169                   Elements = new element *[count];
    1170                   vectors = new Vector *[count];
    1171                   j = 0;
    1172                   first = mol->start;
    1173                   while (first->next != mol->end) {  // make a list of all atoms with coordinates and element
    1174                     first = first->next;
    1175                     Elements[j] = first->type;
    1176                     vectors[j] = &first->x;
    1177                     j++;
     1203              if ((argptr+2 >= argc) || (!IsValidNumber(argv[argptr])) || (!IsValidNumber(argv[argptr+1])) || (!IsValidNumber(argv[argptr+2])) ) {
     1204                cerr << "Not enough or invalid arguments given for repeating cells: -d <repeat_x> <repeat_y> <repeat_z>" << endl;
     1205              } else {
     1206                SaveFlag = true;
     1207                for (int axis = 1; axis <= NDIM; axis++) {
     1208                  int faktor = atoi(argv[argptr++]);
     1209                  int count;
     1210                  element ** Elements;
     1211                  Vector ** vectors;
     1212                  if (faktor < 1) {
     1213                    cerr << Verbose(0) << "ERROR: Repetition faktor mus be greater than 1!" << endl;
     1214                    faktor = 1;
    11781215                  }
    1179                   if (count != j)
    1180                     cout << Verbose(0) << "ERROR: AtomCount " << count << " is not equal to number of atoms in molecule " << j << "!" << endl;
    1181                   x.Zero();
    1182                   y.Zero();
    1183                   y.x[abs(axis)-1] = mol->cell_size[(abs(axis) == 2) ? 2 : ((abs(axis) == 3) ? 5 : 0)] * abs(axis)/axis; // last term is for sign, first is for magnitude
    1184                   for (int i=1;i<faktor;i++) {  // then add this list with respective translation factor times
    1185                     x.AddVector(&y); // per factor one cell width further
    1186                     for (int k=count;k--;) { // go through every atom of the original cell
    1187                       first = new atom(); // create a new body
    1188                       first->x.CopyVector(vectors[k]);  // use coordinate of original atom
    1189                       first->x.AddVector(&x);      // translate the coordinates
    1190                       first->type = Elements[k];  // insert original element
    1191                       mol->AddAtom(first);        // and add to the molecule (which increments ElementsInMolecule, AtomCount, ...)
     1216                  mol->CountAtoms((ofstream *)&cout);  // recount atoms
     1217                  if (mol->AtomCount != 0) {  // if there is more than none
     1218                    count = mol->AtomCount;   // is changed becausing of adding, thus has to be stored away beforehand
     1219                    Elements = new element *[count];
     1220                    vectors = new Vector *[count];
     1221                    j = 0;
     1222                    first = mol->start;
     1223                    while (first->next != mol->end) {  // make a list of all atoms with coordinates and element
     1224                      first = first->next;
     1225                      Elements[j] = first->type;
     1226                      vectors[j] = &first->x;
     1227                      j++;
    11921228                    }
     1229                    if (count != j)
     1230                      cout << Verbose(0) << "ERROR: AtomCount " << count << " is not equal to number of atoms in molecule " << j << "!" << endl;
     1231                    x.Zero();
     1232                    y.Zero();
     1233                    y.x[abs(axis)-1] = mol->cell_size[(abs(axis) == 2) ? 2 : ((abs(axis) == 3) ? 5 : 0)] * abs(axis)/axis; // last term is for sign, first is for magnitude
     1234                    for (int i=1;i<faktor;i++) {  // then add this list with respective translation factor times
     1235                      x.AddVector(&y); // per factor one cell width further
     1236                      for (int k=count;k--;) { // go through every atom of the original cell
     1237                        first = new atom(); // create a new body
     1238                        first->x.CopyVector(vectors[k]);  // use coordinate of original atom
     1239                        first->x.AddVector(&x);      // translate the coordinates
     1240                        first->type = Elements[k];  // insert original element
     1241                        mol->AddAtom(first);        // and add to the molecule (which increments ElementsInMolecule, AtomCount, ...)
     1242                      }
     1243                    }
     1244                    // free memory
     1245                    delete[](Elements);
     1246                    delete[](vectors);
     1247                    // correct cell size
     1248                    if (axis < 0) { // if sign was negative, we have to translate everything
     1249                      x.Zero();
     1250                      x.AddVector(&y);
     1251                      x.Scale(-(faktor-1));
     1252                      mol->Translate(&x);
     1253                    }
     1254                    mol->cell_size[(abs(axis) == 2) ? 2 : ((abs(axis) == 3) ? 5 : 0)] *= faktor;
    11931255                  }
    1194                   // free memory
    1195                   delete[](Elements);
    1196                   delete[](vectors);
    1197                   // correct cell size
    1198                   if (axis < 0) { // if sign was negative, we have to translate everything
    1199                     x.Zero();
    1200                     x.AddVector(&y);
    1201                     x.Scale(-(faktor-1));
    1202                     mol->Translate(&x);
    1203                   }
    1204                   mol->cell_size[(abs(axis) == 2) ? 2 : ((abs(axis) == 3) ? 5 : 0)] *= faktor;
    12051256                }
    12061257              }
Note: See TracChangeset for help on using the changeset viewer.