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Dec 26, 2025, 9:39:01 PM (2 days ago)

Author:

Frederik Heber <frederik.heber@…>

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Candidate_v1.7.1, stable

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47ebb2

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802a9d

git-author:

Frederik Heber <frederik.heber@…> (11/24/25 11:45:10)

git-committer:

Frederik Heber <frederik.heber@…> (12/26/25 21:39:01)

Message:

Adds computed bond table.

• The bond table is complete for all elements up to Calcium with exception of the noble gases.
• Bromium included because it's needed for Fragmentation test cases.
• NOTE: bondtable needs to include all elements consecutively without gaps. Hence, added a log of "-1" where no bond length is known.
• calculated at theory level CLHF, STO-3G basis set, excluding noble gases up until element "Br".
• adds README.me to explain how they have been created.

Files:

• data/bondtables/README.md (added)
• data/bondtables/bondtable.dat (modified) (1 diff, 1 prop)
• src/Graph/BondGraph.hpp (modified) (1 diff)

data/bondtables/bondtable.dat

@@ -1 @@
-        "H"     "He"    "Li"    "Be"    "B"     "C"     "N"     "O"     "F"     "Ne"    "Na"    "Mg"    "Al"    "Si"    "P"     "S"     "Cl"    "Ar"    "K"     "Ca"    "Sc"    "Ti"    "V"     "Cr"    "Mn"    "Fe"    "Co"    "Ni"    "Cu"    "Zn"    "Ga"    "Ge"    "As"    "Se"    "Br"    "Kr"    "Rb"    "Sr"    "Y"     "Zr"    "Nb"    "Mo"    "Tc"    "Ru"    "Rh"    "Pd"    "Ag"    "Cd"    "In"    "Sn"    "Sb"    "Te"    "I"     "Xe"    "Cs"    "Ba"    "Lu"    "Hf"    "Ta"    "W"     "Re"    "Os"    "Ir"    "Pt"    "Au"    "Hg"    "Tl"    "Pb"    "Bi"    "Po"    "At"    "Rn"    "Ce"    "Dy"    "Er"    "Eu"    "Gd"    "Ho"    "La"    "Nd"
-"H"     0.73    -1      1.61    1.33    1.19    1.08    0.98    0.92    0.91    -1      1.92    1.71    1.58    1.48    -1      -1      -1      -1      2.37    -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      1.57    1.52    -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1
-"He"    -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1
-"Li"    1.61    -1      2.96    1.89    2.18    1.99    1.73    1.57    1.57    -1      3.47    1.56    1.7     -1      -1      -1      -1      -1      3.52    -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      1.89    -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1
-"Be"    1.33    -1      1.89    2.14    1.87    1.68    1.49    -1      1.38    -1      1.77    1.87    2.14    -1      -1      -1      -1      -1      1.62    -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      2.3     2.25    -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1
-"B"     1.19    -1      2.18    1.87    1.75    1.57    -1      1.33    1.35    -1      2.31    -1      2.19    -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      2.36    2.05    -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1
-"C"     1.08    -1      1.99    1.68    1.57    1.54    -1      1.39    1.42    -1      2.27    2.11    1.97    1.91    -1      -1      -1      -1      2.36    -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      1.98    1.96    -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1
-"N"     0.98    -1      1.73    1.49    -1      -1      1.42    1.37    1.39    -1      2.07    1.93    1.79    -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      1.82    1.81    -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1
-"O"     0.92    -1      1.57    -1      1.33    1.39    1.37    1.32    1.36    -1      1.92    1.77    1.67    1.64    -1      -1      -1      -1      2.23    2.8     -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      1.74    1.72    -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1
-"F"     0.91    -1      1.57    1.38    1.35    1.42    1.39    1.36    1.4     -1      1.93    1.79    1.7     -1      -1      -1      -1      -1      2.23    -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      1.76    1.75    -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1
-"Ne"    -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1
-"Na"    1.92    -1      3.47    1.77    2.31    2.27    2.07    1.92    1.93    -1      3.96    1.54    1.66    -1      -1      -1      -1      -1      3.68    -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      2.05    2.18    -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1
-"Mg"    1.71    -1      1.56    1.87    -1      2.11    1.93    1.77    1.79    -1      1.54    1.62    -1      -1      -1      -1      -1      -1      1.53    -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      2.16    -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1
-"Al"    1.58    -1      1.7     2.14    2.19    1.97    1.79    1.67    1.7     -1      1.66    -1      1.99    -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      2.22    2.33    -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1
-"Si"    1.48    -1      -1      -1      -1      1.91    -1      1.64    -1      -1      -1      -1      -1      2.42    -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1
-"P"     -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      2.08    -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1
-"S"     -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1
-"Cl"    -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1
-"Ar"    -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1
-"K"     2.37    -1      3.52    1.62    -1      2.36    -1      2.23    2.23    -1      3.68    1.53    -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      2.15    -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1
-"Ca"    -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      2.08    -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1
-"Sc"    -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1
-"Ti"    -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1
-"V"     -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1
-"Cr"    -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1
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-"Re"    -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1
-"Os"    -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1
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-"Au"    -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1
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-"At"    -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1
-"Rn"    -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1
-"Ce"    -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1
-"Dy"    -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1
-"Er"    -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1
-"Eu"    -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1
-"Gd"    -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1
-"Ho"    -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1
-"La"    -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1
-"Nd"    -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1
+        "H"     "He"    "Li"    "Be"    "B"     "C"     "N"     "O"     "F"     "Ne"    "Na"    "Mg"    "Al"    "Si"    "P"     "S"     "Cl"    "Ar"    "K"     "Ca"    "Sc"    "Ti"    "V"     "Cr"    "Mn"    "Fe"    "Co"    "Ni"    "Cu"    "Zn"    "Ga"    "Ge"    "As"    "Se"    "Br"    "Kr"
+"H"     0.73    -1      1.63    1.33    1.18    1.08    1       0.96    0.93    -1      1.92    1.73    1.59    1.48    1.42    1.35    1.29    -1      2.33    2.08    1.8     1.63    1.5     1.55    1.57    1.51    1.71    1.58    1.34    1.57    1.58    1.53    1.52    1.47    1.43    -1
+"He"    -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1
+"Li"    1.63    -1      2.48    2.39    2.19    1.98    1.71    1.57    1.52    -1      2.54    2.67    2.57    2.41    2.35    2.21    2.1     -1      2.76    3       1.75    2.62    1.5     1.68    1.7     2.21    1.81    2.22    2.17    2.55    2.51    2.43    2.44    2.33    2.23    -1
+"Be"    1.33    -1      2.39    2.1     1.89    1.71    1.51    1.41    1.37    -1      2.54    2.48    2.32    2.16    2.06    1.93    1.84    -1      2.96    2.9     2.63    1.5     1.91    1.71    1.67    1.5     2.15    1.71    2.1     2.3     2.29    2.19    2.16    2.06    1.97    -1
+"B"     1.18    -1      2.19    1.89    1.74    1.57    1.4     1.37    1.34    -1      2.23    2.29    2.16    2.01    1.9     1.81    1.8     -1      2.56    1.5     2.39    2.21    1.5     1.87    1.77    1.5     1.96    1.5     1.87    2.09    2.14    2.05    2.01    1.93    1.95    -1
+"C"     1.08    -1      1.98    1.71    1.57    1.55    1.47    1.44    1.4     -1      2.26    2.09    1.98    1.91    1.91    1.9     1.89    -1      2.63    1.5     2.16    2       1.72    1.53    1.77    1.5     2.03    1.82    1.78    1.92    1.96    1.95    1.98    1.99    1.99    -1
+"N"     1       -1      1.71    1.51    1.4     1.47    1.46    1.47    1.44    -1      2.06    1.87    1.77    1.74    1.74    1.79    1.83    -1      2.46    1.5     1.93    1.81    1.5     1.5     1.67    1.66    1.76    1.83    1.68    1.77    1.78    1.79    1.81    1.85    1.9     -1
+"O"     0.96    -1      1.57    1.41    1.37    1.44    1.47    1.47    1.43    -1      1.94    1.78    1.68    1.67    1.7     1.75    1.76    -1      2.31    1.32    1.81    1.72    1.53    1.53    1.68    1.74    1.71    1.73    1.61    1.71    1.72    1.73    1.76    1.81    1.84    -1
+"F"     0.93    -1      1.52    1.37    1.34    1.4     1.44    1.43    1.4     -1      1.86    1.72    1.65    1.63    1.65    1.68    1.68    -1      2.21    1.96    1.78    1.71    1.7     1.56    1.7     1.75    1.7     1.74    1.58    1.7     1.7     1.69    1.72    1.75    1.77    -1
+"Ne"    -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1
+"Na"    1.92    -1      2.54    2.54    2.23    2.26    2.06    1.94    1.86    -1      2.54    2.82    2.78    2.64    2.63    2.51    2.41    -1      2.87    2.5     3.07    1.5     1.75    2.47    1.69    3.09    1.94    2.77    2.21    2.76    2.75    2.68    2.74    2.64    2.55    -1
+"Mg"    1.73    -1      2.67    2.48    2.29    2.09    1.87    1.78    1.72    -1      2.82    2.76    2.68    2.53    2.49    2.36    2.27    -1      3.11    3.16    2.98    2.96    2.15    0       2.07    1.7     2.61    1.9     2.49    2.66    2.63    2.55    2.59    2.48    2.4     -1
+"Al"    1.59    -1      2.57    2.32    2.16    1.98    1.77    1.68    1.65    -1      2.78    2.68    2.56    2.42    2.36    2.26    2.2     -1      3.08    3.12    2.86    0       0       0       0       0       0       2.71    0       2.54    2.53    2.45    2.46    2.38    2.33    -1
+"Si"    1.48    -1      2.41    2.16    2.01    1.91    1.74    1.67    1.63    -1      2.64    2.53    2.42    2.33    2.33    2.25    2.18    -1      3       2.69    2.66    0       0       0       0       0       0       0       0       2.41    2.41    0       2.43    0       0       -1
+"P"     1.42    -1      2.35    2.06    1.9     1.91    1.74    1.7     1.65    -1      2.63    2.49    2.36    2.33    2.36    2.32    2.26    -1      3.04    2.61    2.55    0       1.5     1.5     0       1.5     2.24    1.97    2.22    2.38    2.37    2.38    2.45    2.44    2.4     -1
+"S"     1.35    -1      2.21    1.93    1.81    1.9     1.79    1.75    1.68    -1      2.51    2.36    2.26    2.25    2.32    2.3     2.23    -1      2.9     2.73    2.41    2.27    0       1.5     1.79    1.93    2.3     2.31    1.5     2.28    2.28    2.3     2.39    2.4     2.37    -1
+"Cl"    1.29    -1      2.1     1.84    1.8     1.89    1.83    1.76    1.68    -1      2.41    2.27    2.2     2.18    2.26    2.23    2.19    -1      2.79    2.63    2.33    2.19    1.5     1.6     1.68    2.17    2.22    2.25    2       2.2     2.23    2.24    2.32    2.33    2.31    -1
+"Ar"    -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1
+"K"     2.33    -1      2.76    2.96    2.56    2.63    2.46    2.31    2.21    -1      2.87    3.11    3.08    3       3.04    2.9     2.79    -1      3.11    3.43    3.38    2.45    2.59    1.65    2.28    2.32    2.91    3.09    1.5     3.12    3.11    3.04    3.15    3.04    2.94    -1
+"Ca"    2.08    -1      3       2.9     1.5     1.5     1.5     1.32    1.96    -1      2.5     3.16    3.12    2.69    2.61    2.73    2.63    -1      3.43    1.5     1.67    1.5     1.5     1.5     1.5     2       2.26    1.5     1.5     2.75    3.08    3.02    3.02    2.64    2.78    -1
+"Sc"    1.8     -1      1.75    2.63    2.39    2.16    1.93    1.81    1.78    -1      3.07    2.98    2.86    2.66    2.55    2.41    2.33    -1      3.38    1.67    3.21    0       2.26    1.64    2.25    1.77    2.36    1.66    1.99    2.68    2.82    2.7     2.68    2.56    2.47    -1
+"Ti"    1.63    -1      2.62    1.5     2.21    2       1.81    1.72    1.71    -1      1.5     2.96    0       0       0       2.27    2.19    -1      2.45    1.5     0       1.87    0       0       0       0       0       1.64    0       2.68    0       2.6     2.54    2.42    2.33    -1
+"V"     1.5     -1      1.5     1.91    1.5     1.72    1.5     1.53    1.7     -1      1.75    2.15    0       0       1.5     0       1.5     -1      2.59    1.5     2.26    0       0       0       0       0       0       0       0       0       0       0       0       0       0       -1
+"Cr"    1.55    -1      1.68    1.71    1.87    1.53    1.5     1.53    1.56    -1      2.47    0       0       0       1.5     1.5     1.6     -1      1.65    1.5     1.64    0       0       0       0       0       0       0       0       0       0       0       0       0       0       -1
+"Mn"    1.57    -1      1.7     1.67    1.77    1.77    1.67    1.68    1.7     -1      1.69    2.07    0       0       0       1.79    1.68    -1      2.28    1.5     2.25    0       0       0       0       0       0       0       0       0       0       0       0       0       1.93    -1
+"Fe"    1.51    -1      2.21    1.5     1.5     1.5     1.66    1.74    1.75    -1      3.09    1.7     0       0       1.5     1.93    2.17    -1      2.32    2       1.77    0       0       0       0       0       2.12    0       2.6     2.3     0       0       2.24    2.42    0       -1
+"Co"    1.71    -1      1.81    2.15    1.96    2.03    1.76    1.71    1.7     -1      1.94    2.61    0       0       2.24    2.3     2.22    -1      2.91    2.26    2.36    0       0       0       0       2.12    0       0       0       0       0       0       0       0       0       -1
+"Ni"    1.58    -1      2.22    1.71    1.5     1.82    1.83    1.73    1.74    -1      2.77    1.9     2.71    0       1.97    2.31    2.25    -1      3.09    1.5     1.66    1.64    0       0       0       0       0       0       0       0       0       0       0       0       0       -1
+"Cu"    1.34    -1      2.17    2.1     1.87    1.78    1.68    1.61    1.58    -1      2.21    2.49    0       0       2.22    1.5     2       -1      1.5     1.5     1.99    0       0       0       0       2.6     0       0       0       0       0       0       0       0       0       -1
+"Zn"    1.57    -1      2.55    2.3     2.09    1.92    1.77    1.71    1.7     -1      2.76    2.66    2.54    2.41    2.38    2.28    2.2     -1      3.12    2.75    2.68    2.68    0       0       0       2.3     0       0       0       0       0       0       0       2.4     2.33    -1
+"Ga"    1.58    -1      2.51    2.29    2.14    1.96    1.78    1.72    1.7     -1      2.75    2.63    2.53    2.41    2.37    2.28    2.23    -1      3.11    3.08    2.82    0       0       0       0       0       0       0       0       0       2.48    2.43    2.46    2.39    2.36    -1
+"Ge"    1.53    -1      2.43    2.19    2.05    1.95    1.79    1.73    1.69    -1      2.68    2.55    2.45    0       2.38    2.3     2.24    -1      3.04    3.02    2.7     2.6     0       0       0       0       0       0       0       0       2.43    2.4     2.48    2.43    2.38    -1
+"As"    1.52    -1      2.44    2.16    2.01    1.98    1.81    1.76    1.72    -1      2.74    2.59    2.46    2.43    2.45    2.39    2.32    -1      3.15    3.02    2.68    2.54    0       0       0       2.24    0       0       0       0       2.46    2.48    2.54    2.52    2.47    -1
+"Se"    1.47    -1      2.33    2.06    1.93    1.99    1.85    1.81    1.75    -1      2.64    2.48    2.38    0       2.44    2.4     2.33    -1      3.04    2.64    2.56    2.42    0       0       0       2.42    0       0       0       2.4     2.39    2.43    2.52    2.52    2.46    -1
+"Br"    1.43    -1      2.23    1.97    1.95    1.99    1.9     1.84    1.77    -1      2.55    2.4     2.33    0       2.4     2.37    2.31    -1      2.94    2.78    2.47    2.33    0       0       1.93    0       0       0       0       2.33    2.36    2.38    2.47    2.46    2.44    -1
+"Kr"    -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1

src/Graph/BondGraph.hpp

@@ -194 +194 @@
     // get all elements
     const std::set< const element *> PresentElements = getElementSetFromNumbers(elements);
+    LOG(2, "INFO: Present elememts are " << PresentElements << ".");
 
     // count atoms in molecule = dimension of matrix (also give each unique name and continuous numbering)
     const unsigned int counter = Set.size();
     if (counter > 1) {
-      LOG(1, "STATUS: Setting max bond distance.");
-      LOG(1, "STATUS: Creating LinkedCell structure for given " << counter << " atoms.");
-      LinkedCell::LinkedCell_View LC = getLinkedCell(getMaxPossibleBondDistance(PresentElements));
+      const double linkedCellLength = getMaxPossibleBondDistance(PresentElements) + BondThreshold;
+      LOG(1, "STATUS: Using max bond distance plus threshold as linked cell edge length of " << linkedCellLength << ".");
+      LOG(1, "STATUS: Creating LinkedCell structure for givenlinkedCellLength" << counter << " atoms.");
+      LinkedCell::LinkedCell_View LC = getLinkedCell(linkedCellLength);
+
 
       LOG(1, "STATUS: Evaluating distance criterion for each atom.");