| 1 | /*
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| 2 |  * Project: MoleCuilder
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| 3 |  * Description: creates and alters molecular systems
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| 4 |  * Copyright (C)  2010-2011 University of Bonn. All rights reserved.
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| 5 |  * Please see the LICENSE file or "Copyright notice" in builder.cpp for details.
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| 6 |  */
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| 7 | 
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| 8 | /*
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|---|
| 9 |  * MoleculeDescriptor.cpp
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| 10 |  *
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| 11 |  *  Created on: Feb 5, 2010
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| 12 |  *      Author: crueger
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| 13 |  */
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| 14 | 
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| 15 | // include config.h
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| 16 | #ifdef HAVE_CONFIG_H
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| 17 | #include <config.h>
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|---|
| 18 | #endif
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|---|
| 19 | 
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|---|
| 20 | #include "CodePatterns/MemDebug.hpp"
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|---|
| 21 | 
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|---|
| 22 | #include "Descriptors/MoleculeDescriptor.hpp"
 | 
|---|
| 23 | #include "Descriptors/MoleculeDescriptor_impl.hpp"
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|---|
| 24 | 
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|---|
| 25 | #include "World.hpp"
 | 
|---|
| 26 | #include "CodePatterns/Observer/ObservedContainer_impl.hpp"
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|---|
| 27 | 
 | 
|---|
| 28 | #include "molecule.hpp"
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|---|
| 29 | 
 | 
|---|
| 30 | #include <boost/bind.hpp>
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|---|
| 31 | #include <iostream>
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|---|
| 32 | 
 | 
|---|
| 33 | using namespace std;
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|---|
| 34 | 
 | 
|---|
| 35 | typedef World::MoleculeSet::internal_iterator molecules_iter_t;
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|---|
| 36 | 
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|---|
| 37 | /************************ Forwarding object **************************************/
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|---|
| 38 | 
 | 
|---|
| 39 | 
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|---|
| 40 | MoleculeDescriptor::MoleculeDescriptor(impl_ptr _impl) :
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|---|
| 41 |     impl(_impl)
 | 
|---|
| 42 | {}
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|---|
| 43 | 
 | 
|---|
| 44 | MoleculeDescriptor::MoleculeDescriptor(const MoleculeDescriptor& src) :
 | 
|---|
| 45 |     impl(src.get_impl())
 | 
|---|
| 46 | {}
 | 
|---|
| 47 | 
 | 
|---|
| 48 | MoleculeDescriptor::~MoleculeDescriptor()
 | 
|---|
| 49 | {}
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|---|
| 50 | 
 | 
|---|
| 51 | MoleculeDescriptor& MoleculeDescriptor::operator=(MoleculeDescriptor &src){
 | 
|---|
| 52 |   if(&src!=this) {
 | 
|---|
| 53 |     impl=src.get_impl();
 | 
|---|
| 54 |   }
 | 
|---|
| 55 |   return *this;
 | 
|---|
| 56 | }
 | 
|---|
| 57 | 
 | 
|---|
| 58 | molecule* MoleculeDescriptor::find(){
 | 
|---|
| 59 |   return impl->find();
 | 
|---|
| 60 | }
 | 
|---|
| 61 | 
 | 
|---|
| 62 | std::vector<molecule*> MoleculeDescriptor::findAll(){
 | 
|---|
| 63 |   return impl->findAll();
 | 
|---|
| 64 | }
 | 
|---|
| 65 | 
 | 
|---|
| 66 | MoleculeDescriptor::impl_ptr MoleculeDescriptor::get_impl() const{
 | 
|---|
| 67 |   return impl;
 | 
|---|
| 68 | }
 | 
|---|
| 69 | 
 | 
|---|
| 70 | 
 | 
|---|
| 71 | 
 | 
|---|
| 72 | 
 | 
|---|
| 73 | /**************************** implementation ********************/
 | 
|---|
| 74 | 
 | 
|---|
| 75 | MoleculeDescriptor_impl::MoleculeDescriptor_impl()
 | 
|---|
| 76 | {
 | 
|---|
| 77 | }
 | 
|---|
| 78 | 
 | 
|---|
| 79 | MoleculeDescriptor_impl::~MoleculeDescriptor_impl()
 | 
|---|
| 80 | {
 | 
|---|
| 81 | }
 | 
|---|
| 82 | 
 | 
|---|
| 83 | World::MoleculeSet& MoleculeDescriptor_impl::getMolecules(){
 | 
|---|
| 84 |   return World::getInstance().molecules;
 | 
|---|
| 85 | }
 | 
|---|
| 86 | 
 | 
|---|
| 87 | molecule* MoleculeDescriptor_impl::find() {
 | 
|---|
| 88 |   World::MoleculeSet &molecules = getMolecules();
 | 
|---|
| 89 |   molecules_iter_t res = find_if(molecules.begin_internal(),molecules.end_internal(),boost::bind(&MoleculeDescriptor_impl::predicate,this,_1));
 | 
|---|
| 90 |   return (res!=molecules.end_internal())?((*res).second):0;
 | 
|---|
| 91 | }
 | 
|---|
| 92 | 
 | 
|---|
| 93 | vector<molecule*> MoleculeDescriptor_impl::findAll() {
 | 
|---|
| 94 |   vector<molecule*> res;
 | 
|---|
| 95 |   World::MoleculeSet &molecules = getMolecules();
 | 
|---|
| 96 |   for_each(molecules.begin_internal(),
 | 
|---|
| 97 |            molecules.end_internal(),
 | 
|---|
| 98 |            boost::bind(&MoleculeDescriptor_impl::checkAndAdd,
 | 
|---|
| 99 |                        this,&res,_1));
 | 
|---|
| 100 |   return res;
 | 
|---|
| 101 | }
 | 
|---|
| 102 | 
 | 
|---|
| 103 | void MoleculeDescriptor_impl::checkAndAdd(std::vector<molecule*> *v,std::pair<moleculeId_t,molecule*> p){
 | 
|---|
| 104 |   if(predicate(p)){
 | 
|---|
| 105 |     v->push_back(p.second);
 | 
|---|
| 106 |   }
 | 
|---|
| 107 | }
 | 
|---|
| 108 | 
 | 
|---|
| 109 | /************************** Universe and Emptyset *****************/
 | 
|---|
| 110 | 
 | 
|---|
| 111 | MoleculeAllDescriptor_impl::MoleculeAllDescriptor_impl()
 | 
|---|
| 112 | {}
 | 
|---|
| 113 | 
 | 
|---|
| 114 | MoleculeAllDescriptor_impl::~MoleculeAllDescriptor_impl()
 | 
|---|
| 115 | {}
 | 
|---|
| 116 | 
 | 
|---|
| 117 | bool MoleculeAllDescriptor_impl::predicate(std::pair<moleculeId_t,molecule*>){
 | 
|---|
| 118 |   return true;
 | 
|---|
| 119 | }
 | 
|---|
| 120 | 
 | 
|---|
| 121 | MoleculeDescriptor AllMolecules(){
 | 
|---|
| 122 |   return MoleculeDescriptor(MoleculeDescriptor::impl_ptr(new MoleculeAllDescriptor_impl));
 | 
|---|
| 123 | }
 | 
|---|
| 124 | 
 | 
|---|
| 125 | MoleculeNoneDescriptor_impl::MoleculeNoneDescriptor_impl()
 | 
|---|
| 126 | {}
 | 
|---|
| 127 | 
 | 
|---|
| 128 | MoleculeNoneDescriptor_impl::~MoleculeNoneDescriptor_impl()
 | 
|---|
| 129 | {}
 | 
|---|
| 130 | 
 | 
|---|
| 131 | bool MoleculeNoneDescriptor_impl::predicate(std::pair<moleculeId_t,molecule*>){
 | 
|---|
| 132 |   return false;
 | 
|---|
| 133 | }
 | 
|---|
| 134 | 
 | 
|---|
| 135 | MoleculeDescriptor NoMolecules(){
 | 
|---|
| 136 |   return MoleculeDescriptor(MoleculeDescriptor::impl_ptr(new MoleculeNoneDescriptor_impl));
 | 
|---|
| 137 | }
 | 
|---|
| 138 | 
 | 
|---|
| 139 | /************************** Operator stuff ************************/
 | 
|---|
| 140 | 
 | 
|---|
| 141 | // AND
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|---|
| 142 | MoleculeAndDescriptor_impl::MoleculeAndDescriptor_impl(MoleculeDescriptor::impl_ptr _lhs, MoleculeDescriptor::impl_ptr _rhs) :
 | 
|---|
| 143 |     lhs(_lhs), rhs(_rhs)
 | 
|---|
| 144 | {}
 | 
|---|
| 145 | 
 | 
|---|
| 146 | MoleculeAndDescriptor_impl::~MoleculeAndDescriptor_impl()
 | 
|---|
| 147 | {}
 | 
|---|
| 148 | 
 | 
|---|
| 149 | bool MoleculeAndDescriptor_impl::predicate(std::pair<moleculeId_t,molecule*> molecule){
 | 
|---|
| 150 |   return lhs->predicate(molecule) && rhs->predicate(molecule);
 | 
|---|
| 151 | }
 | 
|---|
| 152 | MoleculeDescriptor operator&&(const MoleculeDescriptor &lhs, const MoleculeDescriptor &rhs){
 | 
|---|
| 153 |   MoleculeDescriptor::impl_ptr newImpl = MoleculeDescriptor::impl_ptr(new MoleculeAndDescriptor_impl(lhs.get_impl(),rhs.get_impl()));
 | 
|---|
| 154 |   return MoleculeDescriptor(newImpl);
 | 
|---|
| 155 | }
 | 
|---|
| 156 | 
 | 
|---|
| 157 | // OR
 | 
|---|
| 158 | MoleculeOrDescriptor_impl::MoleculeOrDescriptor_impl(MoleculeDescriptor::impl_ptr _lhs ,MoleculeDescriptor::impl_ptr _rhs) :
 | 
|---|
| 159 |     lhs(_lhs), rhs(_rhs)
 | 
|---|
| 160 | {}
 | 
|---|
| 161 | 
 | 
|---|
| 162 | MoleculeOrDescriptor_impl::~MoleculeOrDescriptor_impl(){
 | 
|---|
| 163 | }
 | 
|---|
| 164 | 
 | 
|---|
| 165 | bool MoleculeOrDescriptor_impl::predicate(std::pair<moleculeId_t,molecule*> molecule){
 | 
|---|
| 166 |   return lhs->predicate(molecule) || rhs->predicate(molecule);
 | 
|---|
| 167 | }
 | 
|---|
| 168 | 
 | 
|---|
| 169 | MoleculeDescriptor  operator||(const MoleculeDescriptor &lhs, const MoleculeDescriptor &rhs){
 | 
|---|
| 170 |   MoleculeDescriptor::impl_ptr newImpl = MoleculeDescriptor::impl_ptr(new MoleculeOrDescriptor_impl(lhs.get_impl(),rhs.get_impl()));
 | 
|---|
| 171 |   return MoleculeDescriptor(newImpl);
 | 
|---|
| 172 | }
 | 
|---|
| 173 | 
 | 
|---|
| 174 | // NOT
 | 
|---|
| 175 | 
 | 
|---|
| 176 | MoleculeNotDescriptor_impl::MoleculeNotDescriptor_impl(MoleculeDescriptor::impl_ptr _arg) :
 | 
|---|
| 177 |     arg(_arg)
 | 
|---|
| 178 | {}
 | 
|---|
| 179 | 
 | 
|---|
| 180 | 
 | 
|---|
| 181 | MoleculeNotDescriptor_impl::~MoleculeNotDescriptor_impl()
 | 
|---|
| 182 | {
 | 
|---|
| 183 | }
 | 
|---|
| 184 | 
 | 
|---|
| 185 | bool MoleculeNotDescriptor_impl::predicate(std::pair<moleculeId_t,molecule*> molecule){
 | 
|---|
| 186 |  return !(arg->predicate(molecule));
 | 
|---|
| 187 | }
 | 
|---|
| 188 | 
 | 
|---|
| 189 | MoleculeDescriptor operator!(const MoleculeDescriptor &arg){
 | 
|---|
| 190 |   MoleculeDescriptor::impl_ptr newImpl = MoleculeDescriptor::impl_ptr(new MoleculeNotDescriptor_impl(arg.get_impl()));
 | 
|---|
| 191 |   return MoleculeDescriptor(newImpl);
 | 
|---|
| 192 | }
 | 
|---|