| 1 | /* | 
|---|
| 2 | * MoleculeDescriptor.cpp | 
|---|
| 3 | * | 
|---|
| 4 | *  Created on: Feb 5, 2010 | 
|---|
| 5 | *      Author: crueger | 
|---|
| 6 | */ | 
|---|
| 7 |  | 
|---|
| 8 | #include "Descriptors/MoleculeDescriptor.hpp" | 
|---|
| 9 | #include "Descriptors/MoleculeDescriptor_impl.hpp" | 
|---|
| 10 |  | 
|---|
| 11 | #include "World.hpp" | 
|---|
| 12 |  | 
|---|
| 13 | #include "molecule.hpp" | 
|---|
| 14 |  | 
|---|
| 15 | #include <boost/bind.hpp> | 
|---|
| 16 | #include <cassert> | 
|---|
| 17 | #include <iostream> | 
|---|
| 18 |  | 
|---|
| 19 | using namespace std; | 
|---|
| 20 |  | 
|---|
| 21 | typedef World::MoleculeSet::iterator molecules_iter_t; | 
|---|
| 22 |  | 
|---|
| 23 | /************************ Forwarding object **************************************/ | 
|---|
| 24 |  | 
|---|
| 25 |  | 
|---|
| 26 | MoleculeDescriptor::MoleculeDescriptor(impl_ptr _impl) : | 
|---|
| 27 | impl(_impl) | 
|---|
| 28 | {} | 
|---|
| 29 |  | 
|---|
| 30 | MoleculeDescriptor::MoleculeDescriptor(const MoleculeDescriptor& src) : | 
|---|
| 31 | impl(src.get_impl()) | 
|---|
| 32 | {} | 
|---|
| 33 |  | 
|---|
| 34 | MoleculeDescriptor::~MoleculeDescriptor() | 
|---|
| 35 | {} | 
|---|
| 36 |  | 
|---|
| 37 | MoleculeDescriptor& MoleculeDescriptor::operator=(MoleculeDescriptor &src){ | 
|---|
| 38 | if(&src!=this) { | 
|---|
| 39 | impl=src.get_impl(); | 
|---|
| 40 | } | 
|---|
| 41 | return *this; | 
|---|
| 42 | } | 
|---|
| 43 |  | 
|---|
| 44 | molecule* MoleculeDescriptor::find(){ | 
|---|
| 45 | return impl->find(); | 
|---|
| 46 | } | 
|---|
| 47 |  | 
|---|
| 48 | std::vector<molecule*> MoleculeDescriptor::findAll(){ | 
|---|
| 49 | return impl->findAll(); | 
|---|
| 50 | } | 
|---|
| 51 |  | 
|---|
| 52 | MoleculeDescriptor::impl_ptr MoleculeDescriptor::get_impl() const{ | 
|---|
| 53 | return impl; | 
|---|
| 54 | } | 
|---|
| 55 |  | 
|---|
| 56 |  | 
|---|
| 57 |  | 
|---|
| 58 |  | 
|---|
| 59 | /**************************** implementation ********************/ | 
|---|
| 60 |  | 
|---|
| 61 | MoleculeDescriptor_impl::MoleculeDescriptor_impl() | 
|---|
| 62 | { | 
|---|
| 63 | } | 
|---|
| 64 |  | 
|---|
| 65 | MoleculeDescriptor_impl::~MoleculeDescriptor_impl() | 
|---|
| 66 | { | 
|---|
| 67 | } | 
|---|
| 68 |  | 
|---|
| 69 | World::MoleculeSet& MoleculeDescriptor_impl::getMolecules(){ | 
|---|
| 70 | return World::getInstance().molecules; | 
|---|
| 71 | } | 
|---|
| 72 |  | 
|---|
| 73 | molecule* MoleculeDescriptor_impl::find() { | 
|---|
| 74 | World::MoleculeSet molecules = getMolecules(); | 
|---|
| 75 | molecules_iter_t res = find_if(molecules.begin(),molecules.end(),boost::bind(&MoleculeDescriptor_impl::predicate,this,_1)); | 
|---|
| 76 | return (res!=molecules.end())?((*res).second):0; | 
|---|
| 77 | } | 
|---|
| 78 |  | 
|---|
| 79 | vector<molecule*> MoleculeDescriptor_impl::findAll() { | 
|---|
| 80 | vector<molecule*> res; | 
|---|
| 81 | World::MoleculeSet molecules = getMolecules(); | 
|---|
| 82 | molecules_iter_t iter; | 
|---|
| 83 | for(iter=molecules.begin();iter!=molecules.end();++iter) { | 
|---|
| 84 | if(predicate(*iter)){ | 
|---|
| 85 | res.push_back((*iter).second); | 
|---|
| 86 | } | 
|---|
| 87 | } | 
|---|
| 88 | return res; | 
|---|
| 89 | } | 
|---|
| 90 |  | 
|---|
| 91 | /************************** Universe and Emptyset *****************/ | 
|---|
| 92 |  | 
|---|
| 93 | MoleculeAllDescriptor_impl::MoleculeAllDescriptor_impl() | 
|---|
| 94 | {} | 
|---|
| 95 |  | 
|---|
| 96 | MoleculeAllDescriptor_impl::~MoleculeAllDescriptor_impl() | 
|---|
| 97 | {} | 
|---|
| 98 |  | 
|---|
| 99 | bool MoleculeAllDescriptor_impl::predicate(std::pair<moleculeId_t,molecule*>){ | 
|---|
| 100 | return true; | 
|---|
| 101 | } | 
|---|
| 102 |  | 
|---|
| 103 | MoleculeDescriptor AllMolecules(){ | 
|---|
| 104 | return MoleculeDescriptor(MoleculeDescriptor::impl_ptr(new MoleculeAllDescriptor_impl)); | 
|---|
| 105 | } | 
|---|
| 106 |  | 
|---|
| 107 | MoleculeNoneDescriptor_impl::MoleculeNoneDescriptor_impl() | 
|---|
| 108 | {} | 
|---|
| 109 |  | 
|---|
| 110 | MoleculeNoneDescriptor_impl::~MoleculeNoneDescriptor_impl() | 
|---|
| 111 | {} | 
|---|
| 112 |  | 
|---|
| 113 | bool MoleculeNoneDescriptor_impl::predicate(std::pair<moleculeId_t,molecule*>){ | 
|---|
| 114 | return false; | 
|---|
| 115 | } | 
|---|
| 116 |  | 
|---|
| 117 | MoleculeDescriptor NoMolecules(){ | 
|---|
| 118 | return MoleculeDescriptor(MoleculeDescriptor::impl_ptr(new MoleculeNoneDescriptor_impl)); | 
|---|
| 119 | } | 
|---|
| 120 |  | 
|---|
| 121 | /************************** Operator stuff ************************/ | 
|---|
| 122 |  | 
|---|
| 123 | // AND | 
|---|
| 124 | MoleculeAndDescriptor_impl::MoleculeAndDescriptor_impl(MoleculeDescriptor::impl_ptr _lhs, MoleculeDescriptor::impl_ptr _rhs) : | 
|---|
| 125 | lhs(_lhs), rhs(_rhs) | 
|---|
| 126 | {} | 
|---|
| 127 |  | 
|---|
| 128 | MoleculeAndDescriptor_impl::~MoleculeAndDescriptor_impl() | 
|---|
| 129 | {} | 
|---|
| 130 |  | 
|---|
| 131 | bool MoleculeAndDescriptor_impl::predicate(std::pair<moleculeId_t,molecule*> molecule){ | 
|---|
| 132 | return lhs->predicate(molecule) && rhs->predicate(molecule); | 
|---|
| 133 | } | 
|---|
| 134 | MoleculeDescriptor operator&&(const MoleculeDescriptor &lhs, const MoleculeDescriptor &rhs){ | 
|---|
| 135 | MoleculeDescriptor::impl_ptr newImpl = MoleculeDescriptor::impl_ptr(new MoleculeAndDescriptor_impl(lhs.get_impl(),rhs.get_impl())); | 
|---|
| 136 | return MoleculeDescriptor(newImpl); | 
|---|
| 137 | } | 
|---|
| 138 |  | 
|---|
| 139 | // OR | 
|---|
| 140 | MoleculeOrDescriptor_impl::MoleculeOrDescriptor_impl(MoleculeDescriptor::impl_ptr _lhs ,MoleculeDescriptor::impl_ptr _rhs) : | 
|---|
| 141 | lhs(_lhs), rhs(_rhs) | 
|---|
| 142 | {} | 
|---|
| 143 |  | 
|---|
| 144 | MoleculeOrDescriptor_impl::~MoleculeOrDescriptor_impl(){ | 
|---|
| 145 | } | 
|---|
| 146 |  | 
|---|
| 147 | bool MoleculeOrDescriptor_impl::predicate(std::pair<moleculeId_t,molecule*> molecule){ | 
|---|
| 148 | return lhs->predicate(molecule) || rhs->predicate(molecule); | 
|---|
| 149 | } | 
|---|
| 150 |  | 
|---|
| 151 | MoleculeDescriptor  operator||(const MoleculeDescriptor &lhs, const MoleculeDescriptor &rhs){ | 
|---|
| 152 | MoleculeDescriptor::impl_ptr newImpl = MoleculeDescriptor::impl_ptr(new MoleculeOrDescriptor_impl(lhs.get_impl(),rhs.get_impl())); | 
|---|
| 153 | return MoleculeDescriptor(newImpl); | 
|---|
| 154 | } | 
|---|
| 155 |  | 
|---|
| 156 | // NOT | 
|---|
| 157 |  | 
|---|
| 158 | MoleculeNotDescriptor_impl::MoleculeNotDescriptor_impl(MoleculeDescriptor::impl_ptr _arg) : | 
|---|
| 159 | arg(_arg) | 
|---|
| 160 | {} | 
|---|
| 161 |  | 
|---|
| 162 |  | 
|---|
| 163 | MoleculeNotDescriptor_impl::~MoleculeNotDescriptor_impl() | 
|---|
| 164 | { | 
|---|
| 165 | } | 
|---|
| 166 |  | 
|---|
| 167 | bool MoleculeNotDescriptor_impl::predicate(std::pair<moleculeId_t,molecule*> molecule){ | 
|---|
| 168 | return !(arg->predicate(molecule)); | 
|---|
| 169 | } | 
|---|
| 170 |  | 
|---|
| 171 | MoleculeDescriptor operator!(const MoleculeDescriptor &arg){ | 
|---|
| 172 | MoleculeDescriptor::impl_ptr newImpl = MoleculeDescriptor::impl_ptr(new MoleculeNotDescriptor_impl(arg.get_impl())); | 
|---|
| 173 | return MoleculeDescriptor(newImpl); | 
|---|
| 174 | } | 
|---|