| 1 | /*
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| 2 | * MoleculeDescriptor.cpp
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| 3 | *
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| 4 | * Created on: Feb 5, 2010
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| 5 | * Author: crueger
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| 6 | */
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| 7 |
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| 8 | // include config.h
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| 9 | #ifdef HAVE_CONFIG_H
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| 10 | #include <config.h>
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| 11 | #endif
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| 12 |
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|---|
| 13 | #include "Helpers/MemDebug.hpp"
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| 14 |
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|---|
| 15 | #include "Descriptors/MoleculeDescriptor.hpp"
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|---|
| 16 | #include "Descriptors/MoleculeDescriptor_impl.hpp"
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|---|
| 17 |
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|---|
| 18 | #include "World.hpp"
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|---|
| 19 | #include "Patterns/ObservedContainer_impl.hpp"
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|---|
| 20 |
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|---|
| 21 | #include "molecule.hpp"
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| 22 |
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| 23 | #include <boost/bind.hpp>
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|---|
| 24 | #include <iostream>
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|---|
| 25 |
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|---|
| 26 | using namespace std;
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|---|
| 27 |
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|---|
| 28 | typedef World::MoleculeSet::internal_iterator molecules_iter_t;
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| 29 |
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|---|
| 30 | /************************ Forwarding object **************************************/
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|---|
| 31 |
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|---|
| 32 |
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|---|
| 33 | MoleculeDescriptor::MoleculeDescriptor(impl_ptr _impl) :
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|---|
| 34 | impl(_impl)
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|---|
| 35 | {}
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|---|
| 36 |
|
|---|
| 37 | MoleculeDescriptor::MoleculeDescriptor(const MoleculeDescriptor& src) :
|
|---|
| 38 | impl(src.get_impl())
|
|---|
| 39 | {}
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|---|
| 40 |
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|---|
| 41 | MoleculeDescriptor::~MoleculeDescriptor()
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|---|
| 42 | {}
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|---|
| 43 |
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|---|
| 44 | MoleculeDescriptor& MoleculeDescriptor::operator=(MoleculeDescriptor &src){
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|---|
| 45 | if(&src!=this) {
|
|---|
| 46 | impl=src.get_impl();
|
|---|
| 47 | }
|
|---|
| 48 | return *this;
|
|---|
| 49 | }
|
|---|
| 50 |
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|---|
| 51 | molecule* MoleculeDescriptor::find(){
|
|---|
| 52 | return impl->find();
|
|---|
| 53 | }
|
|---|
| 54 |
|
|---|
| 55 | std::vector<molecule*> MoleculeDescriptor::findAll(){
|
|---|
| 56 | return impl->findAll();
|
|---|
| 57 | }
|
|---|
| 58 |
|
|---|
| 59 | MoleculeDescriptor::impl_ptr MoleculeDescriptor::get_impl() const{
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|---|
| 60 | return impl;
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|---|
| 61 | }
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|---|
| 62 |
|
|---|
| 63 |
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|---|
| 64 |
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|---|
| 65 |
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|---|
| 66 | /**************************** implementation ********************/
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|---|
| 67 |
|
|---|
| 68 | MoleculeDescriptor_impl::MoleculeDescriptor_impl()
|
|---|
| 69 | {
|
|---|
| 70 | }
|
|---|
| 71 |
|
|---|
| 72 | MoleculeDescriptor_impl::~MoleculeDescriptor_impl()
|
|---|
| 73 | {
|
|---|
| 74 | }
|
|---|
| 75 |
|
|---|
| 76 | World::MoleculeSet& MoleculeDescriptor_impl::getMolecules(){
|
|---|
| 77 | return World::getInstance().molecules;
|
|---|
| 78 | }
|
|---|
| 79 |
|
|---|
| 80 | molecule* MoleculeDescriptor_impl::find() {
|
|---|
| 81 | World::MoleculeSet &molecules = getMolecules();
|
|---|
| 82 | molecules_iter_t res = find_if(molecules.begin_internal(),molecules.end_internal(),boost::bind(&MoleculeDescriptor_impl::predicate,this,_1));
|
|---|
| 83 | return (res!=molecules.end_internal())?((*res).second):0;
|
|---|
| 84 | }
|
|---|
| 85 |
|
|---|
| 86 | vector<molecule*> MoleculeDescriptor_impl::findAll() {
|
|---|
| 87 | vector<molecule*> res;
|
|---|
| 88 | World::MoleculeSet &molecules = getMolecules();
|
|---|
| 89 | for_each(molecules.begin_internal(),
|
|---|
| 90 | molecules.end_internal(),
|
|---|
| 91 | boost::bind(&MoleculeDescriptor_impl::checkAndAdd,
|
|---|
| 92 | this,&res,_1));
|
|---|
| 93 | return res;
|
|---|
| 94 | }
|
|---|
| 95 |
|
|---|
| 96 | void MoleculeDescriptor_impl::checkAndAdd(std::vector<molecule*> *v,std::pair<moleculeId_t,molecule*> p){
|
|---|
| 97 | if(predicate(p)){
|
|---|
| 98 | v->push_back(p.second);
|
|---|
| 99 | }
|
|---|
| 100 | }
|
|---|
| 101 |
|
|---|
| 102 | /************************** Universe and Emptyset *****************/
|
|---|
| 103 |
|
|---|
| 104 | MoleculeAllDescriptor_impl::MoleculeAllDescriptor_impl()
|
|---|
| 105 | {}
|
|---|
| 106 |
|
|---|
| 107 | MoleculeAllDescriptor_impl::~MoleculeAllDescriptor_impl()
|
|---|
| 108 | {}
|
|---|
| 109 |
|
|---|
| 110 | bool MoleculeAllDescriptor_impl::predicate(std::pair<moleculeId_t,molecule*>){
|
|---|
| 111 | return true;
|
|---|
| 112 | }
|
|---|
| 113 |
|
|---|
| 114 | MoleculeDescriptor AllMolecules(){
|
|---|
| 115 | return MoleculeDescriptor(MoleculeDescriptor::impl_ptr(new MoleculeAllDescriptor_impl));
|
|---|
| 116 | }
|
|---|
| 117 |
|
|---|
| 118 | MoleculeNoneDescriptor_impl::MoleculeNoneDescriptor_impl()
|
|---|
| 119 | {}
|
|---|
| 120 |
|
|---|
| 121 | MoleculeNoneDescriptor_impl::~MoleculeNoneDescriptor_impl()
|
|---|
| 122 | {}
|
|---|
| 123 |
|
|---|
| 124 | bool MoleculeNoneDescriptor_impl::predicate(std::pair<moleculeId_t,molecule*>){
|
|---|
| 125 | return false;
|
|---|
| 126 | }
|
|---|
| 127 |
|
|---|
| 128 | MoleculeDescriptor NoMolecules(){
|
|---|
| 129 | return MoleculeDescriptor(MoleculeDescriptor::impl_ptr(new MoleculeNoneDescriptor_impl));
|
|---|
| 130 | }
|
|---|
| 131 |
|
|---|
| 132 | /************************** Operator stuff ************************/
|
|---|
| 133 |
|
|---|
| 134 | // AND
|
|---|
| 135 | MoleculeAndDescriptor_impl::MoleculeAndDescriptor_impl(MoleculeDescriptor::impl_ptr _lhs, MoleculeDescriptor::impl_ptr _rhs) :
|
|---|
| 136 | lhs(_lhs), rhs(_rhs)
|
|---|
| 137 | {}
|
|---|
| 138 |
|
|---|
| 139 | MoleculeAndDescriptor_impl::~MoleculeAndDescriptor_impl()
|
|---|
| 140 | {}
|
|---|
| 141 |
|
|---|
| 142 | bool MoleculeAndDescriptor_impl::predicate(std::pair<moleculeId_t,molecule*> molecule){
|
|---|
| 143 | return lhs->predicate(molecule) && rhs->predicate(molecule);
|
|---|
| 144 | }
|
|---|
| 145 | MoleculeDescriptor operator&&(const MoleculeDescriptor &lhs, const MoleculeDescriptor &rhs){
|
|---|
| 146 | MoleculeDescriptor::impl_ptr newImpl = MoleculeDescriptor::impl_ptr(new MoleculeAndDescriptor_impl(lhs.get_impl(),rhs.get_impl()));
|
|---|
| 147 | return MoleculeDescriptor(newImpl);
|
|---|
| 148 | }
|
|---|
| 149 |
|
|---|
| 150 | // OR
|
|---|
| 151 | MoleculeOrDescriptor_impl::MoleculeOrDescriptor_impl(MoleculeDescriptor::impl_ptr _lhs ,MoleculeDescriptor::impl_ptr _rhs) :
|
|---|
| 152 | lhs(_lhs), rhs(_rhs)
|
|---|
| 153 | {}
|
|---|
| 154 |
|
|---|
| 155 | MoleculeOrDescriptor_impl::~MoleculeOrDescriptor_impl(){
|
|---|
| 156 | }
|
|---|
| 157 |
|
|---|
| 158 | bool MoleculeOrDescriptor_impl::predicate(std::pair<moleculeId_t,molecule*> molecule){
|
|---|
| 159 | return lhs->predicate(molecule) || rhs->predicate(molecule);
|
|---|
| 160 | }
|
|---|
| 161 |
|
|---|
| 162 | MoleculeDescriptor operator||(const MoleculeDescriptor &lhs, const MoleculeDescriptor &rhs){
|
|---|
| 163 | MoleculeDescriptor::impl_ptr newImpl = MoleculeDescriptor::impl_ptr(new MoleculeOrDescriptor_impl(lhs.get_impl(),rhs.get_impl()));
|
|---|
| 164 | return MoleculeDescriptor(newImpl);
|
|---|
| 165 | }
|
|---|
| 166 |
|
|---|
| 167 | // NOT
|
|---|
| 168 |
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|---|
| 169 | MoleculeNotDescriptor_impl::MoleculeNotDescriptor_impl(MoleculeDescriptor::impl_ptr _arg) :
|
|---|
| 170 | arg(_arg)
|
|---|
| 171 | {}
|
|---|
| 172 |
|
|---|
| 173 |
|
|---|
| 174 | MoleculeNotDescriptor_impl::~MoleculeNotDescriptor_impl()
|
|---|
| 175 | {
|
|---|
| 176 | }
|
|---|
| 177 |
|
|---|
| 178 | bool MoleculeNotDescriptor_impl::predicate(std::pair<moleculeId_t,molecule*> molecule){
|
|---|
| 179 | return !(arg->predicate(molecule));
|
|---|
| 180 | }
|
|---|
| 181 |
|
|---|
| 182 | MoleculeDescriptor operator!(const MoleculeDescriptor &arg){
|
|---|
| 183 | MoleculeDescriptor::impl_ptr newImpl = MoleculeDescriptor::impl_ptr(new MoleculeNotDescriptor_impl(arg.get_impl()));
|
|---|
| 184 | return MoleculeDescriptor(newImpl);
|
|---|
| 185 | }
|
|---|