| [1c51c8] | 1 | /* | 
|---|
|  | 2 | * MoleculeDescriptor.cpp | 
|---|
|  | 3 | * | 
|---|
|  | 4 | *  Created on: Feb 5, 2010 | 
|---|
|  | 5 | *      Author: crueger | 
|---|
|  | 6 | */ | 
|---|
|  | 7 |  | 
|---|
| [112b09] | 8 | #include "Helpers/MemDebug.hpp" | 
|---|
|  | 9 |  | 
|---|
| [1c51c8] | 10 | #include "Descriptors/MoleculeDescriptor.hpp" | 
|---|
|  | 11 | #include "Descriptors/MoleculeDescriptor_impl.hpp" | 
|---|
|  | 12 |  | 
|---|
|  | 13 | #include "World.hpp" | 
|---|
| [51be2a] | 14 | #include "Patterns/ObservedContainer_impl.hpp" | 
|---|
| [1c51c8] | 15 |  | 
|---|
|  | 16 | #include "molecule.hpp" | 
|---|
|  | 17 |  | 
|---|
|  | 18 | #include <boost/bind.hpp> | 
|---|
|  | 19 | #include <iostream> | 
|---|
|  | 20 |  | 
|---|
|  | 21 | using namespace std; | 
|---|
|  | 22 |  | 
|---|
| [51be2a] | 23 | typedef World::MoleculeSet::internal_iterator molecules_iter_t; | 
|---|
| [1c51c8] | 24 |  | 
|---|
|  | 25 | /************************ Forwarding object **************************************/ | 
|---|
|  | 26 |  | 
|---|
|  | 27 |  | 
|---|
|  | 28 | MoleculeDescriptor::MoleculeDescriptor(impl_ptr _impl) : | 
|---|
|  | 29 | impl(_impl) | 
|---|
|  | 30 | {} | 
|---|
|  | 31 |  | 
|---|
|  | 32 | MoleculeDescriptor::MoleculeDescriptor(const MoleculeDescriptor& src) : | 
|---|
|  | 33 | impl(src.get_impl()) | 
|---|
|  | 34 | {} | 
|---|
|  | 35 |  | 
|---|
|  | 36 | MoleculeDescriptor::~MoleculeDescriptor() | 
|---|
|  | 37 | {} | 
|---|
|  | 38 |  | 
|---|
|  | 39 | MoleculeDescriptor& MoleculeDescriptor::operator=(MoleculeDescriptor &src){ | 
|---|
|  | 40 | if(&src!=this) { | 
|---|
|  | 41 | impl=src.get_impl(); | 
|---|
|  | 42 | } | 
|---|
|  | 43 | return *this; | 
|---|
|  | 44 | } | 
|---|
|  | 45 |  | 
|---|
|  | 46 | molecule* MoleculeDescriptor::find(){ | 
|---|
|  | 47 | return impl->find(); | 
|---|
|  | 48 | } | 
|---|
|  | 49 |  | 
|---|
|  | 50 | std::vector<molecule*> MoleculeDescriptor::findAll(){ | 
|---|
|  | 51 | return impl->findAll(); | 
|---|
|  | 52 | } | 
|---|
|  | 53 |  | 
|---|
|  | 54 | MoleculeDescriptor::impl_ptr MoleculeDescriptor::get_impl() const{ | 
|---|
|  | 55 | return impl; | 
|---|
|  | 56 | } | 
|---|
|  | 57 |  | 
|---|
|  | 58 |  | 
|---|
|  | 59 |  | 
|---|
|  | 60 |  | 
|---|
|  | 61 | /**************************** implementation ********************/ | 
|---|
|  | 62 |  | 
|---|
|  | 63 | MoleculeDescriptor_impl::MoleculeDescriptor_impl() | 
|---|
|  | 64 | { | 
|---|
|  | 65 | } | 
|---|
|  | 66 |  | 
|---|
|  | 67 | MoleculeDescriptor_impl::~MoleculeDescriptor_impl() | 
|---|
|  | 68 | { | 
|---|
|  | 69 | } | 
|---|
|  | 70 |  | 
|---|
|  | 71 | World::MoleculeSet& MoleculeDescriptor_impl::getMolecules(){ | 
|---|
| [23b547] | 72 | return World::getInstance().molecules; | 
|---|
| [1c51c8] | 73 | } | 
|---|
|  | 74 |  | 
|---|
|  | 75 | molecule* MoleculeDescriptor_impl::find() { | 
|---|
| [a1e0b6] | 76 | World::MoleculeSet &molecules = getMolecules(); | 
|---|
| [51be2a] | 77 | molecules_iter_t res = find_if(molecules.begin_internal(),molecules.end_internal(),boost::bind(&MoleculeDescriptor_impl::predicate,this,_1)); | 
|---|
|  | 78 | return (res!=molecules.end_internal())?((*res).second):0; | 
|---|
| [1c51c8] | 79 | } | 
|---|
|  | 80 |  | 
|---|
|  | 81 | vector<molecule*> MoleculeDescriptor_impl::findAll() { | 
|---|
|  | 82 | vector<molecule*> res; | 
|---|
| [a1e0b6] | 83 | World::MoleculeSet &molecules = getMolecules(); | 
|---|
| [8cce2b] | 84 | for_each(molecules.begin_internal(), | 
|---|
|  | 85 | molecules.end_internal(), | 
|---|
|  | 86 | boost::bind(&MoleculeDescriptor_impl::checkAndAdd, | 
|---|
|  | 87 | this,&res,_1)); | 
|---|
| [1c51c8] | 88 | return res; | 
|---|
|  | 89 | } | 
|---|
|  | 90 |  | 
|---|
| [8cce2b] | 91 | void MoleculeDescriptor_impl::checkAndAdd(std::vector<molecule*> *v,std::pair<moleculeId_t,molecule*> p){ | 
|---|
|  | 92 | if(predicate(p)){ | 
|---|
|  | 93 | v->push_back(p.second); | 
|---|
|  | 94 | } | 
|---|
|  | 95 | } | 
|---|
|  | 96 |  | 
|---|
| [1c51c8] | 97 | /************************** Universe and Emptyset *****************/ | 
|---|
|  | 98 |  | 
|---|
|  | 99 | MoleculeAllDescriptor_impl::MoleculeAllDescriptor_impl() | 
|---|
|  | 100 | {} | 
|---|
|  | 101 |  | 
|---|
|  | 102 | MoleculeAllDescriptor_impl::~MoleculeAllDescriptor_impl() | 
|---|
|  | 103 | {} | 
|---|
|  | 104 |  | 
|---|
|  | 105 | bool MoleculeAllDescriptor_impl::predicate(std::pair<moleculeId_t,molecule*>){ | 
|---|
|  | 106 | return true; | 
|---|
|  | 107 | } | 
|---|
|  | 108 |  | 
|---|
|  | 109 | MoleculeDescriptor AllMolecules(){ | 
|---|
|  | 110 | return MoleculeDescriptor(MoleculeDescriptor::impl_ptr(new MoleculeAllDescriptor_impl)); | 
|---|
|  | 111 | } | 
|---|
|  | 112 |  | 
|---|
|  | 113 | MoleculeNoneDescriptor_impl::MoleculeNoneDescriptor_impl() | 
|---|
|  | 114 | {} | 
|---|
|  | 115 |  | 
|---|
|  | 116 | MoleculeNoneDescriptor_impl::~MoleculeNoneDescriptor_impl() | 
|---|
|  | 117 | {} | 
|---|
|  | 118 |  | 
|---|
|  | 119 | bool MoleculeNoneDescriptor_impl::predicate(std::pair<moleculeId_t,molecule*>){ | 
|---|
|  | 120 | return false; | 
|---|
|  | 121 | } | 
|---|
|  | 122 |  | 
|---|
|  | 123 | MoleculeDescriptor NoMolecules(){ | 
|---|
|  | 124 | return MoleculeDescriptor(MoleculeDescriptor::impl_ptr(new MoleculeNoneDescriptor_impl)); | 
|---|
|  | 125 | } | 
|---|
|  | 126 |  | 
|---|
|  | 127 | /************************** Operator stuff ************************/ | 
|---|
|  | 128 |  | 
|---|
|  | 129 | // AND | 
|---|
|  | 130 | MoleculeAndDescriptor_impl::MoleculeAndDescriptor_impl(MoleculeDescriptor::impl_ptr _lhs, MoleculeDescriptor::impl_ptr _rhs) : | 
|---|
|  | 131 | lhs(_lhs), rhs(_rhs) | 
|---|
|  | 132 | {} | 
|---|
|  | 133 |  | 
|---|
|  | 134 | MoleculeAndDescriptor_impl::~MoleculeAndDescriptor_impl() | 
|---|
|  | 135 | {} | 
|---|
|  | 136 |  | 
|---|
|  | 137 | bool MoleculeAndDescriptor_impl::predicate(std::pair<moleculeId_t,molecule*> molecule){ | 
|---|
|  | 138 | return lhs->predicate(molecule) && rhs->predicate(molecule); | 
|---|
|  | 139 | } | 
|---|
|  | 140 | MoleculeDescriptor operator&&(const MoleculeDescriptor &lhs, const MoleculeDescriptor &rhs){ | 
|---|
|  | 141 | MoleculeDescriptor::impl_ptr newImpl = MoleculeDescriptor::impl_ptr(new MoleculeAndDescriptor_impl(lhs.get_impl(),rhs.get_impl())); | 
|---|
|  | 142 | return MoleculeDescriptor(newImpl); | 
|---|
|  | 143 | } | 
|---|
|  | 144 |  | 
|---|
|  | 145 | // OR | 
|---|
|  | 146 | MoleculeOrDescriptor_impl::MoleculeOrDescriptor_impl(MoleculeDescriptor::impl_ptr _lhs ,MoleculeDescriptor::impl_ptr _rhs) : | 
|---|
|  | 147 | lhs(_lhs), rhs(_rhs) | 
|---|
|  | 148 | {} | 
|---|
|  | 149 |  | 
|---|
|  | 150 | MoleculeOrDescriptor_impl::~MoleculeOrDescriptor_impl(){ | 
|---|
|  | 151 | } | 
|---|
|  | 152 |  | 
|---|
|  | 153 | bool MoleculeOrDescriptor_impl::predicate(std::pair<moleculeId_t,molecule*> molecule){ | 
|---|
|  | 154 | return lhs->predicate(molecule) || rhs->predicate(molecule); | 
|---|
|  | 155 | } | 
|---|
|  | 156 |  | 
|---|
|  | 157 | MoleculeDescriptor  operator||(const MoleculeDescriptor &lhs, const MoleculeDescriptor &rhs){ | 
|---|
|  | 158 | MoleculeDescriptor::impl_ptr newImpl = MoleculeDescriptor::impl_ptr(new MoleculeOrDescriptor_impl(lhs.get_impl(),rhs.get_impl())); | 
|---|
|  | 159 | return MoleculeDescriptor(newImpl); | 
|---|
|  | 160 | } | 
|---|
|  | 161 |  | 
|---|
|  | 162 | // NOT | 
|---|
|  | 163 |  | 
|---|
|  | 164 | MoleculeNotDescriptor_impl::MoleculeNotDescriptor_impl(MoleculeDescriptor::impl_ptr _arg) : | 
|---|
|  | 165 | arg(_arg) | 
|---|
|  | 166 | {} | 
|---|
|  | 167 |  | 
|---|
|  | 168 |  | 
|---|
|  | 169 | MoleculeNotDescriptor_impl::~MoleculeNotDescriptor_impl() | 
|---|
|  | 170 | { | 
|---|
|  | 171 | } | 
|---|
|  | 172 |  | 
|---|
|  | 173 | bool MoleculeNotDescriptor_impl::predicate(std::pair<moleculeId_t,molecule*> molecule){ | 
|---|
|  | 174 | return !(arg->predicate(molecule)); | 
|---|
|  | 175 | } | 
|---|
|  | 176 |  | 
|---|
|  | 177 | MoleculeDescriptor operator!(const MoleculeDescriptor &arg){ | 
|---|
|  | 178 | MoleculeDescriptor::impl_ptr newImpl = MoleculeDescriptor::impl_ptr(new MoleculeNotDescriptor_impl(arg.get_impl())); | 
|---|
|  | 179 | return MoleculeDescriptor(newImpl); | 
|---|
|  | 180 | } | 
|---|