| [1c51c8] | 1 | /*
 | 
|---|
 | 2 |  * MoleculeDescriptor.cpp
 | 
|---|
 | 3 |  *
 | 
|---|
 | 4 |  *  Created on: Feb 5, 2010
 | 
|---|
 | 5 |  *      Author: crueger
 | 
|---|
 | 6 |  */
 | 
|---|
 | 7 | 
 | 
|---|
| [112b09] | 8 | #include "Helpers/MemDebug.hpp"
 | 
|---|
 | 9 | 
 | 
|---|
| [1c51c8] | 10 | #include "Descriptors/MoleculeDescriptor.hpp"
 | 
|---|
 | 11 | #include "Descriptors/MoleculeDescriptor_impl.hpp"
 | 
|---|
 | 12 | 
 | 
|---|
 | 13 | #include "World.hpp"
 | 
|---|
 | 14 | 
 | 
|---|
 | 15 | #include "molecule.hpp"
 | 
|---|
 | 16 | 
 | 
|---|
 | 17 | #include <boost/bind.hpp>
 | 
|---|
 | 18 | #include <iostream>
 | 
|---|
 | 19 | 
 | 
|---|
 | 20 | using namespace std;
 | 
|---|
 | 21 | 
 | 
|---|
 | 22 | typedef World::MoleculeSet::iterator molecules_iter_t;
 | 
|---|
 | 23 | 
 | 
|---|
 | 24 | /************************ Forwarding object **************************************/
 | 
|---|
 | 25 | 
 | 
|---|
 | 26 | 
 | 
|---|
 | 27 | MoleculeDescriptor::MoleculeDescriptor(impl_ptr _impl) :
 | 
|---|
 | 28 |     impl(_impl)
 | 
|---|
 | 29 | {}
 | 
|---|
 | 30 | 
 | 
|---|
 | 31 | MoleculeDescriptor::MoleculeDescriptor(const MoleculeDescriptor& src) :
 | 
|---|
 | 32 |     impl(src.get_impl())
 | 
|---|
 | 33 | {}
 | 
|---|
 | 34 | 
 | 
|---|
 | 35 | MoleculeDescriptor::~MoleculeDescriptor()
 | 
|---|
 | 36 | {}
 | 
|---|
 | 37 | 
 | 
|---|
 | 38 | MoleculeDescriptor& MoleculeDescriptor::operator=(MoleculeDescriptor &src){
 | 
|---|
 | 39 |   if(&src!=this) {
 | 
|---|
 | 40 |     impl=src.get_impl();
 | 
|---|
 | 41 |   }
 | 
|---|
 | 42 |   return *this;
 | 
|---|
 | 43 | }
 | 
|---|
 | 44 | 
 | 
|---|
 | 45 | molecule* MoleculeDescriptor::find(){
 | 
|---|
 | 46 |   return impl->find();
 | 
|---|
 | 47 | }
 | 
|---|
 | 48 | 
 | 
|---|
 | 49 | std::vector<molecule*> MoleculeDescriptor::findAll(){
 | 
|---|
 | 50 |   return impl->findAll();
 | 
|---|
 | 51 | }
 | 
|---|
 | 52 | 
 | 
|---|
 | 53 | MoleculeDescriptor::impl_ptr MoleculeDescriptor::get_impl() const{
 | 
|---|
 | 54 |   return impl;
 | 
|---|
 | 55 | }
 | 
|---|
 | 56 | 
 | 
|---|
 | 57 | 
 | 
|---|
 | 58 | 
 | 
|---|
 | 59 | 
 | 
|---|
 | 60 | /**************************** implementation ********************/
 | 
|---|
 | 61 | 
 | 
|---|
 | 62 | MoleculeDescriptor_impl::MoleculeDescriptor_impl()
 | 
|---|
 | 63 | {
 | 
|---|
 | 64 | }
 | 
|---|
 | 65 | 
 | 
|---|
 | 66 | MoleculeDescriptor_impl::~MoleculeDescriptor_impl()
 | 
|---|
 | 67 | {
 | 
|---|
 | 68 | }
 | 
|---|
 | 69 | 
 | 
|---|
 | 70 | World::MoleculeSet& MoleculeDescriptor_impl::getMolecules(){
 | 
|---|
| [23b547] | 71 |   return World::getInstance().molecules;
 | 
|---|
| [1c51c8] | 72 | }
 | 
|---|
 | 73 | 
 | 
|---|
 | 74 | molecule* MoleculeDescriptor_impl::find() {
 | 
|---|
 | 75 |   World::MoleculeSet molecules = getMolecules();
 | 
|---|
 | 76 |   molecules_iter_t res = find_if(molecules.begin(),molecules.end(),boost::bind(&MoleculeDescriptor_impl::predicate,this,_1));
 | 
|---|
 | 77 |   return (res!=molecules.end())?((*res).second):0;
 | 
|---|
 | 78 | }
 | 
|---|
 | 79 | 
 | 
|---|
 | 80 | vector<molecule*> MoleculeDescriptor_impl::findAll() {
 | 
|---|
 | 81 |   vector<molecule*> res;
 | 
|---|
 | 82 |   World::MoleculeSet molecules = getMolecules();
 | 
|---|
 | 83 |   molecules_iter_t iter;
 | 
|---|
 | 84 |   for(iter=molecules.begin();iter!=molecules.end();++iter) {
 | 
|---|
 | 85 |     if(predicate(*iter)){
 | 
|---|
 | 86 |       res.push_back((*iter).second);
 | 
|---|
 | 87 |     }
 | 
|---|
 | 88 |   }
 | 
|---|
 | 89 |   return res;
 | 
|---|
 | 90 | }
 | 
|---|
 | 91 | 
 | 
|---|
 | 92 | /************************** Universe and Emptyset *****************/
 | 
|---|
 | 93 | 
 | 
|---|
 | 94 | MoleculeAllDescriptor_impl::MoleculeAllDescriptor_impl()
 | 
|---|
 | 95 | {}
 | 
|---|
 | 96 | 
 | 
|---|
 | 97 | MoleculeAllDescriptor_impl::~MoleculeAllDescriptor_impl()
 | 
|---|
 | 98 | {}
 | 
|---|
 | 99 | 
 | 
|---|
 | 100 | bool MoleculeAllDescriptor_impl::predicate(std::pair<moleculeId_t,molecule*>){
 | 
|---|
 | 101 |   return true;
 | 
|---|
 | 102 | }
 | 
|---|
 | 103 | 
 | 
|---|
 | 104 | MoleculeDescriptor AllMolecules(){
 | 
|---|
 | 105 |   return MoleculeDescriptor(MoleculeDescriptor::impl_ptr(new MoleculeAllDescriptor_impl));
 | 
|---|
 | 106 | }
 | 
|---|
 | 107 | 
 | 
|---|
 | 108 | MoleculeNoneDescriptor_impl::MoleculeNoneDescriptor_impl()
 | 
|---|
 | 109 | {}
 | 
|---|
 | 110 | 
 | 
|---|
 | 111 | MoleculeNoneDescriptor_impl::~MoleculeNoneDescriptor_impl()
 | 
|---|
 | 112 | {}
 | 
|---|
 | 113 | 
 | 
|---|
 | 114 | bool MoleculeNoneDescriptor_impl::predicate(std::pair<moleculeId_t,molecule*>){
 | 
|---|
 | 115 |   return false;
 | 
|---|
 | 116 | }
 | 
|---|
 | 117 | 
 | 
|---|
 | 118 | MoleculeDescriptor NoMolecules(){
 | 
|---|
 | 119 |   return MoleculeDescriptor(MoleculeDescriptor::impl_ptr(new MoleculeNoneDescriptor_impl));
 | 
|---|
 | 120 | }
 | 
|---|
 | 121 | 
 | 
|---|
 | 122 | /************************** Operator stuff ************************/
 | 
|---|
 | 123 | 
 | 
|---|
 | 124 | // AND
 | 
|---|
 | 125 | MoleculeAndDescriptor_impl::MoleculeAndDescriptor_impl(MoleculeDescriptor::impl_ptr _lhs, MoleculeDescriptor::impl_ptr _rhs) :
 | 
|---|
 | 126 |     lhs(_lhs), rhs(_rhs)
 | 
|---|
 | 127 | {}
 | 
|---|
 | 128 | 
 | 
|---|
 | 129 | MoleculeAndDescriptor_impl::~MoleculeAndDescriptor_impl()
 | 
|---|
 | 130 | {}
 | 
|---|
 | 131 | 
 | 
|---|
 | 132 | bool MoleculeAndDescriptor_impl::predicate(std::pair<moleculeId_t,molecule*> molecule){
 | 
|---|
 | 133 |   return lhs->predicate(molecule) && rhs->predicate(molecule);
 | 
|---|
 | 134 | }
 | 
|---|
 | 135 | MoleculeDescriptor operator&&(const MoleculeDescriptor &lhs, const MoleculeDescriptor &rhs){
 | 
|---|
 | 136 |   MoleculeDescriptor::impl_ptr newImpl = MoleculeDescriptor::impl_ptr(new MoleculeAndDescriptor_impl(lhs.get_impl(),rhs.get_impl()));
 | 
|---|
 | 137 |   return MoleculeDescriptor(newImpl);
 | 
|---|
 | 138 | }
 | 
|---|
 | 139 | 
 | 
|---|
 | 140 | // OR
 | 
|---|
 | 141 | MoleculeOrDescriptor_impl::MoleculeOrDescriptor_impl(MoleculeDescriptor::impl_ptr _lhs ,MoleculeDescriptor::impl_ptr _rhs) :
 | 
|---|
 | 142 |     lhs(_lhs), rhs(_rhs)
 | 
|---|
 | 143 | {}
 | 
|---|
 | 144 | 
 | 
|---|
 | 145 | MoleculeOrDescriptor_impl::~MoleculeOrDescriptor_impl(){
 | 
|---|
 | 146 | }
 | 
|---|
 | 147 | 
 | 
|---|
 | 148 | bool MoleculeOrDescriptor_impl::predicate(std::pair<moleculeId_t,molecule*> molecule){
 | 
|---|
 | 149 |   return lhs->predicate(molecule) || rhs->predicate(molecule);
 | 
|---|
 | 150 | }
 | 
|---|
 | 151 | 
 | 
|---|
 | 152 | MoleculeDescriptor  operator||(const MoleculeDescriptor &lhs, const MoleculeDescriptor &rhs){
 | 
|---|
 | 153 |   MoleculeDescriptor::impl_ptr newImpl = MoleculeDescriptor::impl_ptr(new MoleculeOrDescriptor_impl(lhs.get_impl(),rhs.get_impl()));
 | 
|---|
 | 154 |   return MoleculeDescriptor(newImpl);
 | 
|---|
 | 155 | }
 | 
|---|
 | 156 | 
 | 
|---|
 | 157 | // NOT
 | 
|---|
 | 158 | 
 | 
|---|
 | 159 | MoleculeNotDescriptor_impl::MoleculeNotDescriptor_impl(MoleculeDescriptor::impl_ptr _arg) :
 | 
|---|
 | 160 |     arg(_arg)
 | 
|---|
 | 161 | {}
 | 
|---|
 | 162 | 
 | 
|---|
 | 163 | 
 | 
|---|
 | 164 | MoleculeNotDescriptor_impl::~MoleculeNotDescriptor_impl()
 | 
|---|
 | 165 | {
 | 
|---|
 | 166 | }
 | 
|---|
 | 167 | 
 | 
|---|
 | 168 | bool MoleculeNotDescriptor_impl::predicate(std::pair<moleculeId_t,molecule*> molecule){
 | 
|---|
 | 169 |  return !(arg->predicate(molecule));
 | 
|---|
 | 170 | }
 | 
|---|
 | 171 | 
 | 
|---|
 | 172 | MoleculeDescriptor operator!(const MoleculeDescriptor &arg){
 | 
|---|
 | 173 |   MoleculeDescriptor::impl_ptr newImpl = MoleculeDescriptor::impl_ptr(new MoleculeNotDescriptor_impl(arg.get_impl()));
 | 
|---|
 | 174 |   return MoleculeDescriptor(newImpl);
 | 
|---|
 | 175 | }
 | 
|---|