| 1 | /*
|
|---|
| 2 | * atom_bondedparticle.hpp
|
|---|
| 3 | *
|
|---|
| 4 | * Created on: Oct 19, 2009
|
|---|
| 5 | * Author: heber
|
|---|
| 6 | */
|
|---|
| 7 |
|
|---|
| 8 | #ifndef ATOM_BONDEDPARTICLE_HPP_
|
|---|
| 9 | #define ATOM_BONDEDPARTICLE_HPP_
|
|---|
| 10 |
|
|---|
| 11 |
|
|---|
| 12 | using namespace std;
|
|---|
| 13 |
|
|---|
| 14 | /*********************************************** includes ***********************************/
|
|---|
| 15 |
|
|---|
| 16 | // include config.h
|
|---|
| 17 | #ifdef HAVE_CONFIG_H
|
|---|
| 18 | #include <config.h>
|
|---|
| 19 | #endif
|
|---|
| 20 |
|
|---|
| 21 | #include <fstream>
|
|---|
| 22 | #include <list>
|
|---|
| 23 |
|
|---|
| 24 | #include "atom_atominfo.hpp"
|
|---|
| 25 | #include "atom_bondedparticleinfo.hpp"
|
|---|
| 26 | #include "atom_observable.hpp"
|
|---|
| 27 | #include "atom_particleinfo.hpp"
|
|---|
| 28 | #include "atom_observable.hpp"
|
|---|
| 29 |
|
|---|
| 30 | /****************************************** forward declarations *****************************/
|
|---|
| 31 |
|
|---|
| 32 | class bond;
|
|---|
| 33 |
|
|---|
| 34 | /********************************************** declarations *******************************/
|
|---|
| 35 |
|
|---|
| 36 | class BondedParticle :
|
|---|
| 37 | public BondedParticleInfo,
|
|---|
| 38 | public virtual ParticleInfo,
|
|---|
| 39 | public virtual AtomInfo,
|
|---|
| 40 | public virtual AtomObservable
|
|---|
| 41 | {
|
|---|
| 42 | public:
|
|---|
| 43 | BondedParticle();
|
|---|
| 44 | virtual ~BondedParticle();
|
|---|
| 45 |
|
|---|
| 46 | bond::ptr addBond(const unsigned int _step, BondedParticle* Partner);
|
|---|
| 47 | bond::ptr addBond(BondedParticle* Partner);
|
|---|
| 48 | void removeBond(const unsigned int _step, BondedParticle* Partner);
|
|---|
| 49 | void removeBond(BondedParticle* Partner);
|
|---|
| 50 | void removeBond(bond::ptr &binder);
|
|---|
| 51 | void removeAllBonds();
|
|---|
| 52 | void removeAllBonds(const unsigned int _step);
|
|---|
| 53 | bool IsBondedTo(const unsigned int _step, BondedParticle * const BondPartner) const;
|
|---|
| 54 | void ClearBondsAtStep(const unsigned int _step);
|
|---|
| 55 | int CountBonds() const;
|
|---|
| 56 | int CorrectBondDegree();
|
|---|
| 57 | void resetBondDegree();
|
|---|
| 58 | void OutputBondOfAtom(std::ostream &ost) const;
|
|---|
| 59 | void OutputBonds(ofstream * const BondFile) const;
|
|---|
| 60 | void OutputOrder(ofstream *file) const;
|
|---|
| 61 |
|
|---|
| 62 | std::ostream & operator << (std::ostream &ost) const;
|
|---|
| 63 |
|
|---|
| 64 | protected:
|
|---|
| 65 | bool RegisterBond(const unsigned int _step, bond::ptr const Binder);
|
|---|
| 66 | bool UnregisterBond(const unsigned int _step, bond::ptr const Binder);
|
|---|
| 67 |
|
|---|
| 68 | int ContainsBondAtStep(bond::ptr Binder) const;
|
|---|
| 69 |
|
|---|
| 70 | private:
|
|---|
| 71 | unsigned int findBondsStep(bond::ptr const Binder) const;
|
|---|
| 72 | BondList::const_iterator findBondPartnerAtStep(
|
|---|
| 73 | const unsigned int _step,
|
|---|
| 74 | BondedParticle * const Partner) const;
|
|---|
| 75 | };
|
|---|
| 76 |
|
|---|
| 77 | std::ostream & operator << (std::ostream &ost, const BondedParticle &a);
|
|---|
| 78 |
|
|---|
| 79 | #endif /* ATOM_BONDEDPARTICLE_HPP_ */
|
|---|